Luận án Chọn lọc nâng cao năng suất sinh sản của cút Nhật Bản bằng chỉ thị phân tử

 trứng lại (Sockman et al., 2000), từ đó làm giảm năng suất trứng (Reddy et al., 2002). Nghiên cứu của Lotfi et al. (2013) được tiến hành nhằm đánh giá ảnh hưởng của các điểm đột biến từ intron 3 đến exon 3, trong đó có chứa một đột biến indel 24 bp tại vị trí 358. Tần số xuất hiện của indel này đã được xác định. Thêm vào đó, nghiên cứu còn chỉ ra rằng đột biến indel này có mối liên kết chặt chẽ với sự gia tăng số lượng trứng (P<0,01) và vị trí này được đề nghị sử dụng để cải thiện năng suất trứng trên đàn cút Nhật Bản thông qua việc chọn lựa dựa vào sự hỗ trợ của các chỉ thị phân tử MAS (Marker Assisted Selection).
Đánh giá mối liên kết giữa đa hình gen PRL-1 (Indel-358) đến khả năng sản xuất trứng và các đặc điểm của trứng của cút thí nghiệm qua 48 tuần đẻ được trình bày trong Bảng 4.9. Kết quả cho thấy cút mang kiểu gen II thể hiện vượt trội so với các kiểu gen ID và DD ở tất cả các chỉ tiêu tổng số trứng, trứng có phôi, số con nở ra, tỷ lệ đẻ và tỷ lệ nở. Trong đó kiểu gen II thể hiện tổng số trứng, số trứng có phôi, số con nở ra tương ứng là 272,3 quả, 234,2 quả và 202,8 con (P<0,05) cao hơn so với ID và khác biệt có ý nghĩa đáng kể với kiểu gen DD. 
Bảng 4.9: Mối liên quan giữa các đa hình với năng suất trứng và các đặc điểm của trứng
Chỉ tiêu
PRL/Indel-358
GH/A237B
II
(n=180)
ID
(n=210)
DD
(n=15)
P
AA
(n=107)
AB
(n=173)
BB
(n=108)
P
Tổng số trứng
272,3a± 4,3
254,6b±3,9
235,3b±14,9
0,002
249,5b±5,5
254,4ab±4,3
267,9a±5,5
0,046
Số trứng có phôi
234,2a+3,4
217,7b±3,2
207,3b±11,9
0,001
213,1b±4,5
218,9ab±3,5
229,1a±4,4
0,036
Số con nở
202,8a±2,9
190,2b±2,7
187,1b±10,0
0,004
183,9b±3,7
190,3ab±2,9
198,9a±3,7
0,017
Tỷ lệ có phôi (%)
86,6±0,5
85,9±0,5
88,5±1,8
0,320
85,7±0,7
86,7±0,5
85,9±0,7
0,396
Tỷ lệ nở/trứng có phôi (%)
86,9±0,5
87,8±0,5
90,1±1,9
0,181
86,4±0,7
87,3±0,5
87,3±0,7
0,528
a, b những chữ trên cùng một hàng giống nhau thì khác biệt không có ý nghĩa thống kê (P>0,05).
Kết quả này tương đồng với nghiên cứu của Lotfi et al., (2013), nhóm tác giả chứng minh rằng kiểu gen II có ảnh hưởng tích cực đến năng suất trứng của cút hơn so với kiểu gen ID và DD trong 6 tuần thí nghiệm (P<0,01). Qua đó, cút mang kiểu gen II (27,4 quả) và ID (28,6 quả) cao hơn cút có kiểu gen DD (22,7 quả). Ngoài ra, kết quả hiện tại cũng phù hợp với phát hiện của Begli et al., (2010), nhóm tác giả cũng tìm thấy sự ảnh hưởng của đa hình gen PRL sản lượng trứng ở gà bản địa, trong đó, kiểu gen II và ID có liên quan đáng kể đến việc tích lũy số lượng trứng (P<0,01). Bên cạnh đó, Bagheri et al. (2013) cũng xác định mối liên hệ có ý nghĩa giữa đa hình gen PRL-indel với sản xuất trứng của gà Fars (P<0,01), trong đó kiểu gen II và ID tốt hơn DD về việc cải thiện khả năng sản xuất trứng. Thêm vào đó, Cui et al. (2006) cũng chỉ ra rằng đa hình 24-bp indel (II 154 bp và DD 130 bp) có liên quan đến sản lượng trứng (P<0,01) và H3 (CCTCTG) là haplotype thuận lợi nhất cho sản xuất trứng. Tuy nhiên, kết quả nghiên cứu hiện tại trái với báo cáo trước đây của Bagheri et al. (2013), qua đó nhóm tác giả tìm thấy ảnh hưởng của đa hình này đến tỷ lệ nở ở gà Fars, trong đó kiểu gen cho tỷ lệ nở II và ID cao và khác biệt có ý nghĩa so với kiểu gen DD (P<0,01). Các kết quả này cho thấy alen I trong đa hình PRL có vai trò quan trọng đến các đặc điểm sản xuất trứng và chất lượng trứng.
Growth hormone (GH) và yếu tố tăng trưởng thuộc nhóm β là nhóm hormone đóng vai trò quan trọng đối với chức năng sinh lý và sinh sản (Samaneh et al., 2013). Các nghiên cứu gần đây cho rằng, trước và sau khi bắt đầu đẻ trứng, GH đóng vai trò sinh lý trong sự phát triển, trưởng thành và hoạt động nội tiết của nang buồng trứng ở gà bằng cách điều tiết steroid, quá trình tăng sinh và chu trình chết của tế bào trong giai đoạn trưởng thành (Hrabia et al., 2011; Ahumada-Solorzano et al., 2012). Johari (2013) đã xác định được ảnh hưởng của gen GH đối với tính trạng khối lượng cơ thể và sản lượng trứng trên 3 nhóm cút mái (Coturnix japonica): (Q-H), (Q-L) và (Q-R). Kết quả phân tích cho thấy gen GH ảnh hưởng mạnh trên nhóm cút Q-H.
Kết quả trong Bảng 4.9 cho thấy có sự khác biệt đáng kể giữa gen GH/MspI (A237B) và các tính trạng sản xuất trứng (P<0,05) qua 48 tuần theo dõi. Đặc biệt, kiểu gen BB ở đa hình GH/MspI cho tổng số trứng, số trứng có phối, số con nở cao nhất tương ứng là 267,9 quả, 229,1 quả và 198,9 con. Trong khi đó, ở hai chỉ tiêu tỷ lệ đẻ và tỷ lệ nở không tìm thấy sự khác biệt giữa các kiểu gen ở đa hình GH/MspI. Trái với nghiên cứu hiện tại, kết quả của Johari et al. (2013) cho thấy đa hình này có ảnh hưởng đến tỷ lệ nở của cút Nhật Bản, theo đó ở nhóm cút Q-R (cút có khối lượng ngẫu nhiên) và nhóm cút Q-L (cút có khối lượng thấp) các cá thể mang kiểu gen AA cho tỷ lệ nở cao nhất (90,3% và 83,4%), ở nhóm cút Q-H (cút có khối lượng cao) tỷ lệ nở cao nhất thuộc về kiểu gen BB (63,5%). Tuy nhiên, nghiên cứu của Johari et al. (2013) không tìm thấy sự ảnh hưởng của đa hình GH/MspI đến tính trạng năng suất trứng. 
Sự đa hình gen GH cũng đã được quan sát thấy trên gà, dựa vào kết quả thu được, kiểu gen BB ở đa hình gen GH/MspI đóng một vai trò quan trọng để giúp tăng số lượng trứng, trứng thụ tinh, số gà con nở ra. Một kết quả khác cũng tìm thấy gen GH ảnh hưởng đáng kể đến số lượng trứng và tỷ lệ các đặc điểm ở gà (Rashidi et al., 2012; Makhsous et al., 2013).) đã cho thấy mối liên quan giữa SNP trong exon 5 với số trứng trên gà mái. Các cá thể có kiểu gen AA tạo ra số lượng trứng cao hơn so với kiểu gen BB (P<0,05). Hơn nữa, nghiên cứu này cũng đồng ý với nghiên cứu trước đó rằng tính đa hình nucleotide trên GH cũng liên quan đến các đặc điểm sản xuất trứng gà ở thời gian đẻ trứng, khối lượng trứng và số trứng ở 300 ngày (Su et al., 2014). Một kết quả khác trên quần thể gà Trung Quốc cũng cho thấy, một alen trên intron 1 có thể liên quan đến hiệu suất đẻ (Mou et al., 1995). Ngoài ra, khi nghiên cứu trên giống gà Kadaknath, Thakur et al. (2009) tìm thấy sự ảnh hưởng của đa hình GH/MspI trên tổng số trứng trong 40 tuần theo dõi. Theo nghiên cứu này, kiểu gen AA và AB cho năng suất trứng cao hơn kiểu gen BB và alen A đóng vai trò quan trọng trong việc nâng cao năng suất trứng gà. Trong khi đó nghiên cứu hiện tại tìm thấy alen B là alen tìm năng trong việc nâng cao năng suất trứng của cút. Điều này cho thấy đa hình gen GH/MspI tác động đến khả năng sản xuất của gà và cút khác nhau. 
4.2.4.6 Mối tương quan giữa đa hình trên PRL-indel và GH/MspI với các chỉ tiêu chất lượng trứng
Kết quả phân tích mối tương quan giữa hai đa hình PRL-indel và GH/MspI đến các đặc tính chất lượng trứng trên đàn cút thí nghiệm (Bảng 4.10) cho thấy, chỉ có chỉ tiêu chiều cao lòng đỏ bị ảnh hưởng bởi đa hình PRL-indel. Qua đó, trong tất cả các tính trạng chất lượng trứng của đa hình trên PRL-indel trên cút Nhật Bản, chiều cao lòng đỏ cao nhất được ghi nhận ở kiểu gen II (11,2 mm) và có sự khác biệt có ý nghĩa với kiểu gen ID. Mặc dù không tìm thấy sự ảnh hưởng của hai đa hình đến tất cả các chỉ tiêu chất lượng trứng của cút thí nghiệm, nhưng nhìn chung kết quả ở Bảng 4.10 cho thấy kiểu gen II và BB ở cả hai đa hình đều thể hiện giá trị cao nhất của tính trạng chất lượng trứng. Bên cạnh đó, trong nghiên cứu hiện tại cũng tìm thấy kiểu gen II (gen prolactin) và BB (gen Growth Hormone) đã có hiệu quả trong việc tăng năng suất trứng. Vì vậy, có thể thấy alen I và B có vai trò quan trọng đối với việc sản xuất trứng và các đặc tính chất lượng trứng.
Khối lượng trứng không những là một trong những chỉ tiêu quan trọng để đánh giá chất lượng trứng mà còn là một chỉ tiêu đánh giá sản lượng trứng. Sản lượng trứng giống nhau nhưng khối lượng trứng khác nhau thì tổng khối lượng trứng rất khác nhau, do đó ảnh hưởng đến thu nhập, sản lượng và giá cả. Vì vậy khối lượng trứng là chỉ tiêu để đánh giá sản lượng trứng tuyệt đối của chim (Bùi Hữu Đoàn, 2009). Tuy nhiên, trong nghiên cứu hiện tại không tìm thấy ảnh hưởng của hai đa hình khảo sát đến khối lượng của trứng cút thí nghiệm cũng như tất cả các chỉ tiêu chất lượng trứng, ngoại trừ chỉ tiêu chiều cao lòng đỏ. Tương tự với kết quả hiện tại, khi nghiên cứu trên 100 cá thể cút Nhật Bản, Lotfi et al. (2013) cũng không tìm thấy sự liên kết của đa hình PRL-indel đến khối lượng trứng. Trên thủy cầm, Begli et al. (2010) cũng tìm thấy kết quả tương tự.
Bên cạnh đó, Kuhnlein et al. (1997) cũng đã báo cáo rằng không có ảnh hưởng đáng kể nào của đa hình gen GH đối với khối lượng trứng của gà. Makhsous et al. (2013) cũng chỉ ra rằng hiệu suất đẻ (số trứng và tỷ lệ đẻ) và khối lượng trứng trung bình (28, 30, và 32 tuần tuổi) của tất cả các kiểu gen không khác biệt đáng kể so với nhau. Tuy nhiên, có thể giả định rằng gen GH ảnh hưởng đến sự sản xuất trứng bằng cách điều chỉnh sinh sản ở gà. Gen GH được báo cáo là có liên quan đến tuổi điểm đẻ trứng đầu tiên và tỷ lệ đẻ trứng (Makhsous et al., 2013).
Nhìn chung, kết quả nghiên cứu ảnh hưởng của hai đa hình gen GH/MspI và PRL-1/Indel-358 đến năng suất sinh sản của cút thí nghiệm cho thấy, những cá thể mang kiểu gen BB ở đa hình GH/MspI và kiểu gen II ở đa hình PRL-1/Indel-358 luôn thể hiện năng suất sinh sản vượt trội hơn so với các kiểu gen còn lại. Do đó, các kết quả hiện tại cho thấy các đa hình PRL và GH có thể được sử dụng cho việc cải thiện sản lượng trứng và các đặc điểm sinh sản trên cút của Nhật Bản.
Trong nghiên cứu hiện tại, do những cá thể mang kiểu gen II ở đa hình PRL-1/Indel-358 thể hiện năng suất sinh sản cao hơn những cá thể mang kiểu gen BB ở đa hình GH/MspI, vì vậy, chúng tôi tiến hành chọn lọc các cá thể cút mang cả kiểu gen II để lại tạo và tạo ra dòng cút thế hệ 1 đồng nhất với kiểu gen II. Bên cạnh việc theo dõi năng suất sinh sản của dòng cút thế hệ 1 này, tiến hành khảo sát ảnh hưởng của hai đa hình BMPR-1B/HindIII và MTNR-1C đến năng suất sinh sản của nhóm cút thế hệ 1.
Bảng 4.10: Mối liên hệ giữa các đa hình với chất lượng trứng
Chỉ tiêu
PRL/Indel-358
GH/A237B
II
(n=169)
ID
(n=205)
DD
(n=15)
P
AA
(n=107)
AB
(n=173)
BB
(n=108)
P
Khối lượng trứng (g)
12,0±0,1
11,9±0,2
11,8±0,1
0,256
11,8±0,07
11,9±0,06
11,9±007
0,803
Chỉ số hình dáng
76,3±0,3
75,9±0,3
74,3±1,2
0,220
75,9±0,4
75,9±0,3
76,7±0,4
0,317
Khối lượng vỏ (g)
1,59±0,0
1,57±0,0
1,53±0,0
0,189
1,56±0,01
1,57±0,01
1,56±0,01
0,694
Tỷ lệ vỏ (%)
13,2±0,1
13,2±0,0
12,8±0,2
0,291
13,2±0,09
13,3±0,07
13,2±0,09
0,641
Khối lượng lòng trắng (g)
6,64±0,0
6,56±0,1
6,69±0,1
0,279
6,57±0,05
6,58±0,04
6,64±0,05
0,614
Tỷ lệ lòng trắng (%)
55,3±0,1
55,2±0,1
55,7±0,5
0,639
55,3±0,19
55,3±0,15
55,5±0,19
0,640
Chiều cao lòng trắng (mm)
4,35±0,02
4,33±0,02
4,35±0,07
0,957
4,34±0,03
4,32±0,02
4,35±0,03
0,788
Chỉ số lòng trắng(%)
10,5±0,12
10,5±0,10
10,6±0,40
0,899
10,5±0,15
10,4±0,12
10,4±0,15
0,854
Khối lượng lòng đỏ (g)
3,77±0,02
3,74±0,02
3,76±0,07
0,612
3,75±0,03
3,74±0,02
3,74±0,03
0,938
Tỷ lệ lòng đỏ (%)
31,5±0,13
31,5±0,11
31,4±0,43
0,855
31,5±0,16
31,4±0,13
31,3±0,16
0,556
Chiều cao lòng đỏ (mm)
11,2a±0,44
11,0b±0,04
11,1ab±0,15
0,006
11,1±0,06
11,1±0,04
11,1±0,06
0,786
Đường kính (mm)
24,0±0,08
23,8±0,07
24,0±0,28
0,606
23,7±0,11
23,9±0,08
23,9±0,11
0,427
Chỉ số lòng đỏ (%)
47,0±0,21
46,4±0,19
46,3±0,71
0,087
46,9±0,28
46,5±0,23
46,7±0,28
0,563
Màu lòng đỏ
6,68±0,06
6,61±0,06
6,62±0,22
0,742
6,77±0,08
6,61±0,06
6,64±0,08
0,317
Đơn vị Haugh 
88,5±0,13
88,5±±0,11
88,6±0,43
0,981
88,5±0,16
88,4±0,13
88,5±0,16
0,873

4.3 Năng suất trứng của cút thế hệ 1 và mối liên quan của một số gen ứng viên với năng suất trứng 
4.3.1 Năng suất trứng qua 20 tuần đẻ 
Năng suất trứng là số lượng trứng của một chim mái đẻ ra trong một chu kỳ đẻ hoặc trong một thời gian nhất định có thể tính theo tuần, tháng hoặc năm (Bùi Hữu Đoàn và Hoàng Thanh, 2010). Kết quả nghiên cứu hiện tại cho thấy, tổng số trứng thể hiện cao nhất ở tuần đẻ 9-12 với 26,3 quả và thấp nhất ở tuần đẻ 1-4. Tương tự, đối với các chỉ tiêu tổng số trứng có phôi và số con nở ra cũng thể hiện cao nhất ở tuần đẻ 9-12 (lần lượt là 24,2 quả và 21,8 con) và thấp nhất ở tuần đẻ 1-4. Kết quả này cho thấy, cút thế hệ 1 ở tuần đẻ 9-12 cho năng suất sinh sản cao và ổn định hơn so với các tuần đẻ còn lại.
Hình 4.12: Tổng số trứng, số trứng có phôi và số con nở ra
Theo kết quả nghiên cứu của Bùi Hữu Đoàn và Hoàng Thanh (2010), tỷ lệ đẻ của giống cút Nhật Bản đạt 81,6%. Theo Tô Du và Đào Đức Long (1996) cút có tỷ lệ đẻ cao, bình quân từ 85-90%. So với các kết quả nghiên cứu trên, tỷ lệ đẻ của đàn cút thế hệ 1 khá cao, dao động từ 82,5% đến 93,8% trong 20 tuần khảo sát, qua đó, tỷ lệ đẻ đạt cao nhất thuộc về tuần đẻ 9-12 (Hình 4.13). 
Theo Bùi Quang Tiến và Nguyễn Hoài Tao (1985), khối lượng trứng phụ thuộc vào giống và tuổi thành thục về tính dục của gia cầm. Gia cầm đẻ sớm thì trứng nhỏ, tuổi gia cầm càng cao thì khối lượng trứng lớn hơn. Kết quả nghiên cứu (Hình 4.14) hiện tại cho thấy, khối lượng trứng giữa các tuần có sự chênh lệch nhau, trong đó khối lượng trứng ở tuần 5-8 và 9-12 cao hơn các tuần còn lại.
Hình 4.13: Tỷ lệ đẻ qua 20 tuần thí nghiệm
Trong nghiên cứu của Bùi Xuân Mến và Trần Hồng Định (2012), các tác giả tìm thấy khối lượng trứng của nhóm cút nuôi tại ĐBSCL là 10,4-10,9 g, Jatoi et al. (2013) cho biết khối lượng trứng cút khoảng 8-10 g/quả, Nasrollah et al, (2006) cho thấy khối lượng trứng trung bình của cút Nhật Bản là 11,23 g thấp hơn so với nhóm cút Nhật Bản đang nghiên cứu. Bên cạnh đó, nghiên cứu của Bùi Quang Tiến và Nguyễn Hoài Tao (1985), Bùi Hữu Đoàn và Hoàng Thanh (2010) cho thấy khối lượng trứng trung bình trên giống cút Nhật Bản là 11,7 g gần tương đương với nghiên cứu hiện tại. Kết quả ở Hình 4.14 cũng cho thấy, chỉ số hình dáng trứng ở cút thế hệ 1 tương đối ổn định qua các tuần đẻ khảo sát dao động từ 76,7% đến 77,4%.
Hình 4.14: Khối lượng trứng và chỉ số hình dáng
Trong công tác giống, tỷ lệ thụ tinh và tỷ lệ ấp nở là các chỉ tiêu quan trọng để đánh giá khả năng sinh sản của gia cầm nói chung và đánh giá giá trị giống của mỗi cá thể, gia đình, dòng, giống gia cầm nói riêng (Nguyễn Thị Mai và ctv., 2009). Trong nghiên cứu của Bùi Hữu Đoàn và ctv. (2010) về khả năng sinh sản của cút Nhật Bản tại Bắc Ninh tỷ lệ có phôi và tỷ lệ nở là 94,8 và 91,3%. Trần Huê Viên (2003) nghiên cứu về đặc điểm sinh sản của cút nuôi tại Thái Nguyên thì hai chỉ tiêu này là 92 và 91%. Kết quả nghiên cứu hiện tại cho thấy tỷ lệ trứng có phôi qua 20 tuần đẻ dao động lần lượt từ 82,5-93,8% và cao nhất ở tuần đẻ 9-12 với tỷ lệ trứng có phôi và tỷ lệ nở lần lượt là 93,8% và 92,0% gần tương đương với công bố các tác giả trên. 
Hình 4.15: Tỷ lệ trứng có phôi và tỷ lệ nở
4.3.2 Mối liên quan giữa một số gen ứng viên với năng suất trứng của cút thế hệ 1
4.3.2.1 Kết quả nhân gen trên quần thể cút thế hệ 1
Sử dụng phương pháp PCR với các cặp mồi đặc hiệu cho từng đoạn gen riêng biệt đã nhân thành công các đoạn gen nghiên cứu. Sản phẩm PCR được kiểm tra trên gel agarose 1,5% cho thấy các cặp mồi được sử dụng có tính đặc hiệu cao, thể hiện qua một băng duy nhất trên gel. Sản phẩm PCR có kích thước 557 bp với cặp mồi BMPR-1B, 372 với cặp mồi MTNR-1Ca và 164 bp với cặp mồi MTNR-1Cb, thể hiện qua Hình 4.16

b

c

Hình 4.16: Sản phẩm PCR của bốn cặp mồi trong nghiên cứu
M: Thang chuẩn 100 bp; 1,2,3,4,5,6,7: Sản phẩm PCR; a: Sản phẩm PCR của cặp mồi BMPR-1B; b: Sản phẩm PCR của cặp mồi MTNR-1Ca; c: Sản phẩm PCR của cặp mồi MTNR-1Cb
	Cặp mồi BMPR-1B được Zhang et al. (2008) thiết kế để khuếch đại gen BMPR-1B trên gà với sản phẩm PCR có kích thước 581 bp. Vu and Ngu (2016) cũng đã khuếch đại thành công đoạn gen có kích thước tương tự khi sử dụng cặp mồi BMPR-1B trên gà Nòi. Tuy nhiên, theo Mahmoud et al. (2014) khi sử dụng cặp mồi BMPR-1B khuếch đại trình tự gen BMPR-1B trên cút, sản phẩm PCR có kích thước 557 bp do một số nucleotide trên vùng intron bị mất đi, điều này phù hợp với kết quả nghiên cứu hiện tại. Ngoài ra, Mahmoud et al. (2014) đã đề nghị ứng dụng đột biến này như một dấu phân tử để phân biệt cút và gà. 
Cặp mồi MTNR-1Ca được thiết kế để khuếch đại các đoạn gen tương ứng trên gà, chưa có nghiên cứu về việc sử dụng các cặp mồi này trên cút. Báo cáo của Li et al. (2013) và Vu and Ngu (2016) khi sử dụng cặp mồi MTNR-1Ca trên gà đều cho sản phẩm PCR có kích thước 372 bp. Các báo cáo trên phù hợp với kết quả trong nghiên cứu hiện tại. Riêng cặp mồi MTNR-1Cb được thiết kế dựa trên kết quả giải trình tự gen MTNR-1C trên cút. Sản phẩm được khuếch đại có chiều dài 164 bp, phù hợp với thiết kế ban đầu.
4.3.2.2 Xác định đa hình gen trên quần thể cút thế hệ 1
a. Xác định kiểu gen bằng kỹ thuật PCR-RFLP
Sản phẩm PCR từ các cặp mồi BMPR-1B và MTNR-1Ca được xác định đa hình bằng kỹ thuật PCR-RFLP. Các sản phẩm PCR đạt chất lượng tốt được ủ với enzyme chuyên biệt cho từng cặp mồi. Sản phẩm cắt enzyme sau đó được kiểm tra trên gel agarose 3% và kết quả được đọc dựa vào kích thước các đoạn ADN trên gel.
b. Đa hình Melatonin receptor-Type 1C (MTNR-1C)
Tiến hành xác định điểm đa hình JQ249896:G.294A trên gen Melatonin receptor-Type 1C với cặp mồi MTNR-1Ca. Kết quả điện di trên gel agarose 3% (Hình 4.17) sản phẩm cắt bởi enzyme MboI cho thấy chỉ có duy nhất một kiểu gen AA (372 bp). Khi nghiên cứu thế hệ 2 của hai giống gà bố White Leghorn và mẹ Rhode Island Red, Li et al. (2013) đã sử dụng cặp mồi MTNR-1Ca khuếch đại vùng gen MTNR-1C có kích thước 372 bp nằm trên nhiễm sắc thể số 4. Li et al. (2013) đã xác định điểm đa hình JQ249896:G.294A bằng kỹ thuật PCR-RFLP với enzyme MboI. Kết quả cho thấy có 3 kiểu gen AA (372 bp), AG (372 bp và 333 bp) và GG (333 bp). Nghiên cứu của Vu and Ngu (2016) cũng ghi nhận đa hình tương tự trên giống gà Nòi của Việt Nam. 
Hình 4.17: Sản phẩm PCR-RFLP đa hình gen MTNR-1Ca/MboI
M: Thang chuẩn 100 bp
Mặc dù gà và cút có quan hệ di truyền gần gũi trong hệ thống phát sinh loài (Stock and Bunch, 1982), thêm vào đó cặp mồi MTNR-1Ca được thiết kế cho gà cũng có tính đặc hiệu cao trên cút nhưng đa hình MTNR-1C/MboI trên gà không tìm thấy trên cút. 
c. Đa hình gen Bone Morphogentic Protein Receptor-Type IB (BMPR-IB)
Trên gen BMPR-IB, tiến hành nghiên cứu điểm đa hình A290T (Mahmoud et al., 2014). Cặp mồi chuyên biệt được sử dụng để khuếch đại một phân đoạn của gen BMPR-1B trên cút có kích thước 557 bp gồm một phần exon 6, toàn bộ intron 6 và một phần exon 7 (Mahmoud et al., 2014). Sản phẩm PCR đạt chất lượng tốt được cắt với enzyme HindIII. Kết quả điện di trên gel agarose 3% (Hình 4.18) cho thấy có 2 alen A và T tương ứng với 3 kiểu gen AA (290 bp, 190 bp và 95 bp) AT (385 bp, 190 bp và 95 bp) và TT (385 bp và 190 bp). Kết quả này phù hợp với nghiên cứu của Mahmoud et al. (2014) khi so sánh trình tự nucleotide từ hai dòng cút thịt và cút lấy trứng đã tìm thấy 4 dấu SNP tại các vị trí: A165G, C 211T, A290T và A430G. Tuy nhiên, kết quả này khác so với nghiên cứu của Zhang et al. (2008) và Vu and Ngu (2016) thực hiện trên gà. Theo các tác giả này, kết quả cắt sản phẩm PCR với cặp mồi BMPR-1B bằng enzyme HindIII cho thấy trên gà có điểm đa hình A287G thay vì A290T như trên cút.
Hình 4.18: Sản phẩm PCR-RFLP đa hình gen BMPR-1B/HindIII
M: Thang chuẩn 100 bp
Sản phẩm PCR từ các mẫu tương ứng với 3 kiểu gen (AA, AT, TT) được tinh sạch và giải trình tự hai chiều bằng phương pháp Sanger để xác định vị trí đa hình. Kết quả giải trình tự gen BMPR-1B ở cút được so sánh với trình tự sẵn có trên Ngân hàng gen. Mặc dù có độ tương đồng cao (92%) nhưng đa hình A287G trên gà không tìm thấy trên cút. Vị trí đa hình A290T thể hiện qua kết quả giải trình tự được trình bày trong Hình 4.21. 
c. Xác định đa hình gen MTNR-1C bằng kỹ thuật PCR-SSCP 
Sản phẩm PCR từ cặp mồi MTNR-1Cb được xác định đa hình bằng kỹ thuật PCR-SSCP. Các sản phẩm PCR đạt chất lượng tốt được biến tính thành sợi đơn ADN. Gel polyacrylamide 10% được sử dụng để phân tách các sợi đơn ADN khác nhau và kết quả được đọc dựa vào vị trí các đoạn ADN trên gel.
Cặp mồi MTNR-1Cb được thiết kế khuếch đại gen MTNR-1C trên cút với sản phẩm PCR có kích thước 164 bp. Kết quả PCR-SSCP và giải trình tự cho thấy trên đoạn gen nghiên cứu chứa một điểm đa hình ở vị trí nucleotide thứ 27, gồm 3 alen: A,