Luận án Khảo sát đặc tính gây bệnh và biến đổi di truyền của virus cúm gia cầm type a H5N1 lưu hành tại đồng bằng sông Cửu Long giai đoạn 2014-2016

dịch trên thực địa có thể có nhiều chủng virus cùng tấn 
công gây bệnh cùng lúc và có nhiều loài vật chủ có thể bị lây nhiễm cùng một 
thời điểm. Bên cạnh đó, nghiên cứu của Tian et al. (2015) đã chứng minh 
được khả năng biến đổi (tiến hóa) của virus cúm gia cầm type A H5N1 tăng 
lên sau khi áp dụng các biện pháp tiêm phòng vaccine phòng bệnh cho gia 
cầm tại Trung Quốc. 
Như vậy, trong giai đoạn 2014-2016 tại các tỉnh vùng Đồng bằng sông 
Cửu Long luôn có sự lưu hành của virus cúm gia cầm và các đàn gia cầm mắc 
bệnh cúm gia cầm type A H5N1; đồng thời đang áp dụng biện pháp tiêm 
phòng vaccine để phòng bệnh cho các đàn gia cầm là những yếu tố nguy cơ 
làm tăng khả năng biến đổi về di truyền ở mức độ nucleotide của virus cúm 
gia cầm type A H5N1. 
Các vị trị sai khác của các nucleotide giữa các chủng virus cúm gia cầm 
phân lâp được năm 2015 và 2016 được minh họa qua Hình 4.12. 
94 
10 20 30 40 50 60 70 80 
 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| 
A/Duck/CM/1502/2015 GTTGACACAATAATGGAAAAGAATGTTACTGTTACACATGCTCAAGACATACTGGAAAAGACACACAACGGGAAGCTCTG 
A/Chick/CT/1503/2015 .......................C.................C...................................... 
A/Chick/KG/1505/2015 .......................C.................C...................................... 
A/Chick/CM/1508/2015 ..G....................C.................C...................................... 
A/Duck/VL/1515/2015 ..G....................C.................C...................................... 
A/Duck/VL/7/2015 ..G....................C.................C...................................... 
A/Chick/KG/26/2015 .......................C.................C...................................... 
A/Chick/VL/178/2015 ..G....................C.................C...................................... 
A/Duck/VL/186/2015 ..G....................C.................C...................................... 
A/Chick/HG/210/2015 ..G....................C..C..............C...................................... 
A/Duck/ST/259/2015 ..G....................C..C..............C...................................... 
A/Duck/AG/676/2015 ........C.G............C.................C...................................... 
A/Duck/CM/3311/2015 ...........T.............................C...A.............AG.............A..... 
A/Duck/BL/4633/2015 .......................C.................C...................................... 
A/Duck/CT/1604/2016 .......................C.....A...........C...................................... 
A/Duck/TV/1605/2016 .......................C.................C...................................... 
A/Chick/ST/1607/2016 .......................C.................C...................................... 
A/Chick/CT/1613/2016 .......................C.................C...................................... 
A/Chick/KG/1619/2016 .......................C.................C...................................... 
A/Chick/ST/1625/2016 .......................C.................C.........T......................A..... 
A/Chick/CM/1635/2016 .......................C...................................A.................... 
A/Chick/AG/0010/2016 ....G.C.............AG.C.................C................GC.................... 
A/Chick/CM/0062/2016 ......C................C.................C....T.............T.............A..... 
A/Enviroment/CM/1662/2016 .......................C.................C................................A..... 
A/Duck/DT/1760/2016 .......................C.................C...................................... 
410 420 430 440 450 460 470 480 
 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| 
A/Duck/CM/1502/2015 GGCTTATCAAAAAGAACAATGCATACCCAACAATAAAGAAAGGCTACAATAACACCAATCGAGAAGATCTCCTGATACTG 
A/Chick/CT/1503/2015 .................G.....................................................T........ 
A/Chick/KG/1505/2015 ................................................T......................T........ 
A/Chick/CM/1508/2015 ..............G......................A....A.........T.....C............T.....T.. 
A/Duck/VL/1515/2015 ..............G...........................A.........T.....C............T..G..... 
A/Duck/VL/7/2015 ..............G.....................................T.....C............T........ 
A/Chick/KG/26/2015 .......................................................................T........ 
A/Chick/VL/178/2015 ..............G.....................................T.....C............T........ 
A/Duck/VL/186/2015 ..............GG..........................A.........T.....C............T........ 
A/Chick/HG/210/2015 ....................................................T.....C............T........ 
A/Duck/ST/259/2015 ....................................................T.....C............T........ 
95 
A/Duck/AG/676/2015 .........................................C.............................T........ 
A/Duck/CM/3311/2015 .............A...................................A.....................T....C... 
A/Duck/BL/4633/2015 .......................................................................T........ 
A/Duck/CT/1604/2016 .........................T..........G..................................T....C... 
A/Duck/TV/1605/2016 .................G...................A.................................T....C... 
A/Chick/ST/1607/2016 ..........................................T............................T........ 
A/Chick/CT/1613/2016 ....................................G..................................T....C... 
A/Chick/KG/1619/2016 .............................................................C.........T........ 
A/Chick/ST/1625/2016 .......................................................................T....C... 
A/Chick/CM/1635/2016 .......................................................................T....C... 
A/Chick/AG/0010/2016 .................G...................A.................................T....C.G. 
A/Chick/CM/0062/2016 ...............G..........................T....T..TG..............T....T..T.C... 
A/Enviroment/CM/1662/2016 .......................................................................T....C... 
A/Duck/DT/1760/2016 .......................................................................T........ 
1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 
 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| 
A/Duck/CM/1502/2015 AAATGTCAAGAACCTTTACGATAAGGTCCGACTACAGCTTAAGGATAATGCAAAAGAGCTGGGAAACGGTTGTTTCGAGT 
A/Chick/CT/1503/2015 .............................................C.................................. 
A/Chick/KG/1505/2015 .......................G.....................C.................................. 
A/Chick/CM/1508/2015 ..................T.................A.............................T............. 
A/Duck/VL/1515/2015 ....................................A........................................... 
A/Duck/VL/7/2015 ....................................A........................................... 
A/Chick/KG/26/2015 .............................................C.................................. 
A/Chick/VL/178/2015 ....................................A........................................... 
A/Duck/VL/186/2015 ....................................A........................................... 
A/Chick/HG/210/2015 ....................................A........................................... 
A/Duck/ST/259/2015 ....................................A.....................T..................... 
A/Duck/AG/676/2015 ................................................................................ 
A/Duck/CM/3311/2015 ................................................................................ 
A/Duck/BL/4633/2015 ...........................T.................................................... 
A/Duck/CT/1604/2016 ...............................T.G.............................G................ 
A/Duck/TV/1605/2016 ...............................T.G.............................G................ 
A/Chick/ST/1607/2016 ...............C...........T.................................................... 
A/Chick/CT/1613/2016 ...............................T.G.............................G................ 
A/Chick/KG/1619/2016 ............................................................A................... 
A/Chick/ST/1625/2016 ................................................................................ 
A/Chick/CM/1635/2016 ...............................T.G.............................G................ 
A/Chick/AG/0010/2016 ...............................T.G.............................G................ 
A/Chick/CM/0062/2016 ..T.........T................................................................... 
A/Enviroment/CM/1662/2016 ................................................................................ 
A/Duck/DT/1760/2016 ..................T............................................................. 
96 
1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 
 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| 
A/Duck/CM/1502/2015 AGATTAAAAAGAGAGGAAATAAGTGGAGTAAAACTGGAATCAATAGGAATCTACCAAATACTGTCAATTTATTCAACAGT 
A/Chick/CT/1503/2015 ................................................................................ 
A/Chick/KG/1505/2015 ................................................................................ 
A/Chick/CM/1508/2015 ..........................................C..................................... 
A/Duck/VL/1515/2015 ..................................................T............................. 
A/Duck/VL/7/2015 ................................................................................ 
A/Chick/KG/26/2015 ................................................................................ 
A/Chick/VL/178/2015 ................................................................................ 
A/Duck/VL/186/2015 ..................................................T............................. 
A/Chick/HG/210/2015 ................................................................................ 
A/Duck/ST/259/2015 ................................................................................ 
A/Duck/AG/676/2015 ................................................................................ 
A/Duck/CM/3311/2015 ................................................G................G.............. 
A/Duck/BL/4633/2015 ...............................................G................................ 
A/Duck/CT/1604/2016 ................................................G................G.............. 
A/Duck/TV/1605/2016 .................................................................G.............. 
A/Chick/ST/1607/2016 ................................G............................................... 
A/Chick/CT/1613/2016 ................................................G................G.............. 
A/Chick/KG/1619/2016 ................................................................................ 
A/Chick/ST/1625/2016 ................................................G................G.............. 
A/Chick/CM/1635/2016 ......................C.........G...............G................G.............. 
A/Chick/AG/0010/2016 .................................................................G.............. 
A/Chick/CM/0062/2016 .................................................................G.............. 
A/Enviroment/CM/1662/2016 ......................A.........................G................G.............. 
A/Duck/DT/1760/2016 .................................T.............................................. 
A/Duck/DT/1763/2016 .................................T.............................................. 
A/Muscovy_duck/CM/1834/2016 .A.....................................................................C........ 
Hình 4.9: Vị trí sai khác trên đoạn gene HA của virus cúm gia cầm type A H5N1 gây bệnh và lưu hành trên gia cầm tại các tỉnh, thành 
phố vùng Đồng bằng sông Cửu Long năm 2015 và 2016 
Ghi chú: (.)những dấu chấm trên hình thể hiện sự giống với trình tự nucleotide tương ứng của gene HA đầu tiên (A/Duck/CM/1502/2015), sự sai khác về nucleotide 
được thể hiện bằng các chữ cái ký hiệu của chúng với A: Adenine; G: Guanine; T: Thymine; C: Cytosine 
97 
Bảng 4.16: Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn gene 
HA của virus cúm gia cầm type A H5N1 giải trình tự được năm 2014 với các chủng virus lưu hành tại Việt Nam và trên thế giới với chiều 
dài đoạn so sánh là 1.649 nucleotide 
Chủng 
virus 
H5N1 
Tỷ lệ nucleotide sai khác (%) 
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 
1 1,3 1,8 8,5 7,5 7,5 7,7 10,0 5,5 3,7 9,4 3,9 10,0 1,2 1,2 1,7 2,2 2,4 3,0 
2 22 1,2 8,6 7,6 7,4 7,5 10,2 5,2 3,5 9,5 3,8 10,1 1,2 1,2 1,7 2,1 2,3 3,0 
3 29 19 8,6 7,6 7,5 7,7 10,2 5,5 3,9 9,5 4,0 10,1 1,6 1,6 2,0 2,5 2,6 3,3 
4 140 141 141 3,5 5,0 4,8 6,4 7,0 6,9 6,8 7,5 7,4 8,0 7,8 8,3 8,5 8,6 9,1 
5 123 125 125 57 4,3 4,1 6,8 6,2 5,7 4,0 6,6 4,9 6,9 6,8 7,2 7,7 7,8 8,2 
6 124 122 124 83 70 4,7 7,4 6,3 5,8 6,8 6,7 7,7 6,9 6,8 7,2 7,5 7,6 7,8 
7 127 124 127 79 68 77 7,7 6,6 6,0 6,9 7,0 7,8 6,9 6,7 7,4 7,8 7,9 8,3 
8 165 169 168 105 112 122 127 8,8 9,1 9,2 9,6 9,5 9,8 9,7 10,0 10,2 10,2 10,3 
9 91 86 90 115 102 103 108 145 4,0 8,4 4,7 8,9 4,7 4,6 5,2 5,5 5,6 5,9 
10 61 58 64 113 93 95 98 149 66 8,0 2,6 8,7 2,8 2,7 3,3 3,6 3,8 4,4 
11 155 156 156 111 66 112 114 152 138 131 9,1 1,6 8,8 8,7 8,8 9,3 9,4 9,5 
12 64 62 65 124 108 110 115 158 77 43 149 9,7 3,0 2,9 3,6 4,0 4,1 4,7 
13 165 166 166 122 81 126 129 156 147 143 27 159 9,4 9,3 9,4 9,7 9,8 9,9 
14 19 19 26 131 114 113 114 161 78 46 145 50 155 0,2 0,8 1,3 1,5 2,2 
15 19 19 26 129 112 111 110 159 76 44 143 48 153 4 0,8 1,3 1,5 2,2 
16 28 28 33 137 118 118 122 164 85 55 145 59 155 13 13 1,2 1,5 2,0 
17 36 34 41 140 126 123 128 169 90 60 153 65 159 21 21 20 0,2 0,9 
16 40 38 43 142 128 125 130 169 92 62 155 67 161 25 25 24 4 1,0 
19 49 49 54 149 135 128 137 170 97 73 156 78 162 36 36 33 15 17 
(1) A/Chick/VL/1483/2014; (2) A/Chick/TV/1484/2014; (3) A/Duck/TV/1485/2014; (4) A/goose/Guangdong/1/1996(H5N1); (5) A/Chicken/VietNam/1/2004; 
(6) A/chicken/Vietnam/NCVD/44/2007/H5N1; (7) A/Duck/Egypt/D1Br12/2007(H5N1); (8) A/chicken/Vietnam/NCVD/swab15/2008-H5N1; 
(9) A/barn swallow/Hong Kong/1161/2010(H5N1); (10) A/Hubei/1/2010(H5N1); (11) A/duck/Cambodia/PV027D1/2010 (H5N1); (12) A/chicken/Korea/IC546/2011(H5N1); 
(13) A/chicken/Vietnam/NCVD/A937/2011(H5N1); (14) A/duck/Vietnam/OIE/2202/2012(H5N1); (15) A/duck/Vietnam/NCVD/0004/2013(H5N1); 
(16) A/duck/Vietnam/NCVD14/A387/2014(H5N1); (17) A/chicken/Vietnam/HU3/737/2015(H5N1); (18) A/duck/Vietnam/HU5/1571/2016(H5N1); 
(19) A/duck/Vietnam/HU8/1817/2017(H5N1) 
98 
Kết quả so sánh trình tự nucleotide đoạn gene HA của các chủng virus 
cúm type A H5N1 gây bệnh trên gia cầm năm 2014 với các chủng virus lưu 
hành tại Việt Nam và một số nước trên thế giới cho thấy tỷ lệ khác biệt từ 1,2-
10,2%. Trong đó, chủng virus A/Chick/VL/1483/2014 gây bệnh trên gà tại 
Vĩnh Long năm 2014 có tỷ lệ tương đồng cao với các chủng virus 
A/duck/Vietnam/OIE/2202/2012(H5N1); A/duck/Vietnam/NCVD/0004/2013(H5N1); 
A/duck/Vietnam/NCVD14/A387/2014 (H5N1) lưu hành tại Việt Năm từ năm 2012 
đến 2014 lần lượt là 98,8%; 98,8% và 98,3%. Tương tự, chủng virus 
A/Chick/TV/1484/2014 gây bệnh trên gà năm 2014 tại Trà Vinh cũng có tỷ lệ 
tương đồng cao với các chủng virus A/duck/Vietnam/OIE/2202/2012(H5N1); 
A/duck/Vietnam/NCVD/0004/2013(H5N1); A/duck/Vietnam/NCVD14/A387/2014 
(H5N1) lưu hành tại Việt Năm từ năm 2012 đến 2014 lần lượt là 98,8%; 98,8% 
và 98,3% và chủng virus A/Duck/TV/1485/2014 gây bệnh trên vịt tại Trà Vinh 
năm 2014 có tỷ lệ tương đồng cao với các chủng virus 
A/duck/Vietnam/OIE/2202/2012(H5N1); A/duck/Vietnam/NCVD/0004/2013(H5N1); 
A/duck/Vietnam/NCVD14/A387/2014 (H5N1) lưu hành tại Việt Nam từ năm 2012 
đến 2014 lần lượt là 98,4%; 98,4% và 98,0%. 
 Các chủng virus gây bệnh cúm trên gia cầm năm 2014 có tỷ lệ khác biệt 
cao nhất ở mức độ nucleotide từ 10,0-10,2% với chủng virus 
A/chicken/Vietnam/NCVD/swab15/2008-H5N1; Điều này có thể là do chủng 
virus này thuộc phân nhánh 7.2 chỉ lưu hành ở miền Bắc Việt Nam không phát 
tán ra các vùng, miền còn lại tại Việt Nam (Nguyễn Tùng, 2011). 
Bên cạnh đó, các chủng virus gây bệnh cúm gia cầm tại ĐBSCL cũng có 
tỷ lệ khác biệt khá cao so với chủng virus A/goose/Guangdong/1/1996(H5N1) 
được phân lập tại Trung Quốc năm 1996 (chủng virus thủy tổ) từ 8,5-8,6%. 
Tương tự, sự khác biệt của ba chủng virus phân lập năm 2014 so với các chủng 
virus thuộc phân nhánh 1.1.2 gồm A/duck/Cambodia/PV027D1/2010 (H5N1) 
lưu hành tại Campuchia năm 2010 từ 9,4-9,5% và chủng virus 
A/chicken/Vietnam/NCVD/A937/2011(H5N1) lưu hành tại Việt Nam năm 
2011 từ 10,0-10,1%. Kết quả này cho thấy các chủng virus gây bệnh trên gia 
cầm tại các tỉnh ĐBSCL có tỷ lệ tương đồng cao hơn với chủng virus phân lập 
được tại Campuchia. Điều này có thể là do các tỉnh ĐBSCL có tập quán chăn 
nuôi vịt chạy đồng và có một khoảng thời gian trong năm chăn nuôi vịt chạy 
đồng sang các tỉnh của Campuchia giáp biên giới với Việt Nam sau đó lại quay 
về Việt Nam đã tạo điều kiện cho việc tiếp xúc giữa hai quần thể gia cầm tăng 
nguy cơ lây nhiễm chéo virus cúm gia cầm type A H5N1. Mặt khác, khi so 
sánh với chủng virus A/chicken/Korea/IC546/2011(H5N1) lưu hành tại Hàn 
Quốc năm 2011 thuộc phân nhánh 2.3.2.1c thì có tỷ lệ khác biệt từ 3,8-4,0%; 
kết quả này giúp dự đoán rằng các chủng virus cúm type A H5N1 gây bệnh trên 
gia cầm ở 10 tỉnh, thành của ĐBSCL năm 2014 có mối quan hệ gần với phân 
nhánh 2.3.2.1c. 
99 
Bảng 4.17: Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn gene 
HA của virus cúm gia cầm type A H5N1 giải trình tự được năm 2015 với các chủng virus lưu hành tại Việt Nam và trên thế giới với chiều 
dài đoạn so sánh là 1.600 nucleotide 
Chủng 
virus 
H5N1 
Tỷ lệ nucleotide sai khác (%) 
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 
1 0,7 3,3 2,2 0,4 2,2 2,9 2,6 1,6 4,1 1,3 8,5 7,4 7,3 7,8 10,3 5,7 3,9 9,1 3,9 9,8 1,3 1,3 1,1 1,4 
2 11 3,3 2,3 0,6 2,3 3,0 2,6 1,6 4,1 1,4 8,6 7,7 7,5 8,0 10,3 5,8 4,0 9,3 3,9 10,0 1,4 1,4 1,2 1,4 
3 52 53 2,2 3,1 2,2 3,2 2,7 3,1 5,7 3,1 9,1 8,2 8,2 8,6 11,2 6,2 4,6 10,0 4,8 10,5 2,2 2,2 2,8 3,1 
4 35 36 35 2,1 0,1 1,6 1,1 2,0 4,8 2,1 8,5 7,5 7,3 7,5 10,2 5,2 3,6 9,4 3,8 10,0 1,1 1,1 1,7 2,1 
5 6 9 50 33 2,1 2,8 2,4 1,4 3,9 1,2 8,5 7,5 7,5 7,8 10,3 5,6 3,8 9,3 3,8 9,9 1,2 1,2 1,0 1,3 
6 35 36 35 2 33 1,8 1,3 2,0 4,8 2,1 8,6 7,6 7,5 7,6 10,3 5,2 3,6 9,4 3,8 10,0 1,1 1,1 1,7 2,1 
7 47 48 51 26 45 28 1,0 2,8 5,4 2,9 9,0 8,1 7,8 8,0 10,6 5,8 4,3 9,8 4,4 10,5 2,0 2,0 2,4 2,9 
8 41 42 43 18 39 20 16 2,4 5,0 2,5 8,6 7,6 7,6 7,6 10,4 5,5 3,9 9,5 3,9 10,1 1,6 1,6 2,1 2,6 
9 25 26 49 32 23 32 44 38 4,3 1,5 8,6 7,5 7,3 7,6 10,3 5,2 3,6 9,1 3,8 9,7 1,1 1,1 1,1 1,6 
10 65 66 91 77 63 77 87 80 69 4,0 11,1 10,2 10,1 10,1 12,4 8,0 6,6 11,6 6,8 12,1 4,0 3,9 3,9 3,6 
11 21 22 49 34 19 34 46 40 24 64 8,6 7,7 7,5 8,0 10,3 5,6 3,9 9,5 3,9 10,0 1,3 1,3 1,2 1,3 
12 136 137 146 136 136 138 144 137 137 177 137 3,6 5,2 4,9 6,5 7,1 6,9 6,9 7,5 7,6 8,0 7,9 8,4 8,6 
13 118 123 131 120 120 122 129 121 120 163 123 57 4,4 4,3 7,0 6,3 5,6 4,1 6,5 5,0 7,0 6,8 7,2 7,7 
14 117 120 131 117 119 119 124 122 117 162 120 83 70 4,8 7,6 6,4 5,8 7,0 6,6 7,8 6,9 6,8 7,2 7,5 
15 124 127 137 119 124 121 127 121 122 162 127 79 68 77 7,9 6,7 5,9 7,1 7,0 8,0 7,0 6,7 7,5 7,8 
16 164 164 179 163 164 165 169 166 164 198 164 104 111 121 126 9,0 9,1 9,4 9,6 9,6 9,8 9,7 10,0 10,3 
17 91 92 99 83 89 83 92 88 83 127 90 114 101 102 107 143 4,0 8,5 4,6 9,1 4,8 4,6 5,2 5,5 
16 63 64 73 57 61 57 69 63 58 106 62 110 90