Luận án Một số đặc điểm di truyền ở mức độ phân tử của 15 giống lợn nội Việt Nam

en MX2 
dài 2680 bp với vùng khung đọc mở (ORF) dài 2136 bp (trình tự trên ngân 
hàng gen NCBI là AB258432) mã hóa phân tử protein có chiều dài 711 axit 
amin. Gen MX2 có 14 exon và có sự tương đồng về trình tự nucleotide với 
gen MX1 là 64,3%. Sasaki và cs. (2014) đã nghiên cứu đa hình gen MX2 của 
lợn cho thấy tồn tại một đột biến điểm có vai trò rất quan trọng trong khả 
năng kháng vi rút giống như đột biến đổi axit amin ở vị trí 631 ở trên gà. 
Bằng phương pháp PCR-RFLP, tác giả đã nhân thành công đoạn gen MX2 
trên lợn dài 214 bp nằm trong vùng intron 10 và exon 11 của gen MX2. Sử 
dụng enzyme XhoI để cắt sản phảm PCR, kết quả cho thấy xuất hiện đột biến 
gây biến đổi axit amin Arg tại vị trí 514 thành Gly ( AGG bị thay thế bằng 
GGG) tại vị trí nhận biết của enzyme nên bị cắt thành 2 phân đoạn 191 và 23 
43 
bp. Kết quả nghiên cứu cho thấy các cá thể không mang đột biến (mang alen 
A không bị enzyme cắt) xuất hiện trong các giống lợn bản địa của Trung 
Quốc có khả năng kháng vi rút viêm nhiệt miệng hơn so với các giống lợn 
châu Âu mang alen G. 
1.3.2. Nghiên cứu về di truyền phân tử trên lợn nội Việt Nam 
1.3.2.1. Một số nghiên cứu đa dạng di truyền bằng chỉ thị microsatellite 
Một số nghiên cứu ban đầu ở mức phân tử để đánh giá những đặc tính 
di tryuền và sự đa dạng di truyền của một giống lợn nội của Việt Nam đã 
được một số tác giả trong và ngoài nước tiến hành. Thuy và cs. (2006) đã 
nghiên cứu, ứng dụng chỉ thị microsatellite trong phân tích, so sánh đa dạng 
nguồn gen của một số giống lợn Việt Nam với một số giống lợn châu Âu. Hai 
mươi microsatellite đã được sử dụng để đánh giá đa dạng nguồn gen và 
khoảng cách di truyền của 5 giống lợn nuôi tại phía Bắc, 2 giống ngoại nhập 
(Landrace và Yorkshire), 3 giống ngoại châu Âu (Landrace dòng Đức, 
Pietrain và Large Whitte), lợn rừng châu Âu và lợn Meishan Trung Quốc. Kết 
quả phân tích chỉ ra mức độ đa dạng di truyền của các giống lợn nội Việt Nam 
là rất khác với các giống lợn ngoại thể hiện ở số lượng cũng như khoảng phân 
bố các alen, độ dị hợp tử. Nguyễn Văn Ba và cs. (2008) đã nghiên cứu xác 
định được 4 nhóm lợn màu trắng, lang trắng đen, nâu và đen nuôi tại tỉnh tại 
Hà giang, kết quả cho thấy có sự khác nhau rõ rệt về di truyền giữa các nhóm 
lợn này và chúng đều có tính đa dạng di truyền cao thông qua phân tích đa 
hình 19 microsatellite. Đánh giá thực trạng về tính đa dạng di truyền của lợn 
đen Hà Giang thông qua một số chỉ thị microsatellite cũng được báo cáo bởi 
Berthouly và cs. (2012). Nghiên cứu cho thấy sự suy giảm đa dạng di truyền 
trong một số quần thể lợn ở tỉnh Hà Giang do giao phối không kiểm soát giữa 
lợn bản địa với lợn ngoại và cận huyết. Pham và cs. (2014) đã sử dụng 16 chỉ 
thị microsatellite để đánh giá đặc điểm di truyền và cấu trúc di truyền ở mức 
44 
độ phân tử của 5 giống lợn nội phía bắc Việt Nam. Kết quả cho thấy mức độ 
đa dạng di truyền cao của một số giống lợn ở các tỉnh phía Bắc Việt Nam (lợn 
Lững Pù ở Hà Giang, lợn Mường Tè ở Lai Châu, lợn Lửng ở Phú Thọ và lợn 
Ha Lang ở Cao Bằng). 
1.3.2.2. Những nghiên cứu đa dạng di truyền ty thể ở các giống lợn ở Việt 
Nam 
Nguyễn Thị Phương Mai và cs. (2012) sử dụng trình tự gene 
Cytochrome B dài 552bp (từ vị trí 14750 đến 15301 của ADN ty thể) để đánh 
giá tính đa hình và mối quan hệ di truyền giữa các cá thể lợn rừng Tây 
Nguyên, lợn rừng lai và các cá thể lợn rừng khác trên thế giới. Kết quả sắp 
xếp cho thấy có 9 vị trí đa hình trong các haplotype lợn rừng, trong đó 3 vị trí 
đa hình đặc trưng cho các haplotype lợn rừng Tây Nguyên. Các vị trí đa hình 
593, 621, 804 có thể tạo thành bộ đa hình đặc trưng cho lợn rừng Tây Nguyên 
và giúp phân biệt với các cá thể lợn rừng khác trên thế giới. So sánh trình tự 
Cytochrome B ty thể và đánh giá mối quan hệ phát sinh loài cho thấy lợn rừng 
Tây Nguyên (ở Bảo Lộc, Lạc Dương, tỉnh Lâm Đồng và Tánh Linh, tỉnh Bình 
Thuận) là một nhóm phân biệt với các quần thể lợn rừng khác trên thế giới 
như Hàn Quốc, Tây Ban Nha hay Uruguay thông qua việc các haplotype lợn 
rừng bản địa Việt Nam chứa các đa hình nucleotide đơn đặc trưng tại các vị 
trí 593. Để đánh giá mối quan hệ di truyền các cá thể lợn nội Việt Nam khu 
vực Tây Nguyên, Lê Ngọc Châu (2012) đã so sánh trình tự Cytochrome B 
giữa các cá thể lợn rừng Việt nam và các cá thể lợn nội với các cá thể lợn 
rừng Châu Á và Châu Âu. Kết quả chỉ ra rằng có 2 quần thể lợn rừng Tây 
Nguyên (Nhóm I và II). Nhóm II và nhóm lợn nội Việt Nam có đặc điểm di 
truyền gần với lợn rừng Châu Á. Nhóm I có sự khác biệt về mặt di truyền với 
so với nhóm lợn rừng Châu Á và Châu Âu. Hoàng Nghĩa Sơn và cs. (2013) đã 
so sánh các trình tự lợn rừng Việt Nam và lợn rừng châu Á dựa trên đánh giá 
45 
các vị trí biến đổi trên vùng D-loop cho thấy có 2 nhóm lợn rừng Việt Nam 
trong nghiên cứu này. Chín trong 19 cá thể lợn rừng Việt Nam có các vị trí 
nucleotide biến đổi giống với lợn rừng Thái Lan và nhóm này được gọi là 
lợn lai (VN12-VN20). Các cá thể còn lại được gọi là nhóm lợn rừng bản địa 
Việt Nam (VN1-VN5, VN7-VN11). Mười tám điểm đa hình được xác định ở 
10 cá thể lợn rừng bản địa Việt Nam và 3 điểm là các điểm đa hình mới. 
Mười trình tự của lợn rừng bản địa Việt Nam đã được công bố trên cơ sở dữ 
liệu của DDBJ/EMBL/Gen Bank (Accession Number JQ898530-
JQ898539). Bùi Anh Tuấn và cs. (2018) đã phân tích thành phần và cấu trúc 
hệ gen ty thể hoàn chỉnh của 6 giống lợn bản địa gồm Ỉ, Móng Cái, Mường 
Khương, Mường Lay, Hương và Hạ Lang có 13 gen mã protein, 22 gen ARN 
vận chuyển (tARN), 2 gen ARN ribosome (rARN) và các vùng không mã 
hóa. Toàn bộ 22 gen tARN của cả 6 giống bản địa đã được dự đoán có chung 
cấu trúc bậc hai (cỏ ba lá) với các gen tARN có chiều dài từ 59 đến 75 bp. 
Thành phần và cấu trúc hệ gen ty thể của 6 giống lợn nội: Ỉ, Móng Cái, 
Mường Khương, Mường Lay, Hương và Hạ Lang tương tự như của các giống 
lợn nhà khác. Kết quả nghiên cứu cũng chỉ ra được mối quan hệ nguồn gốc 
giữa lợn Hương, lợn Hạ Lang và Móng Cái với giống lợn Lantang miền nam 
Trung Quốc. 
1.3.2.3. Một số nghiên cứu các gen kháng bệnh 
Nghiên cứu đánh giá các gen kháng bệnh trên lợn ở Việt Nam mới chỉ 
thực hiện trong vài năm trở lại đây với những kết quả hạn chế. Đỗ Võ Anh 
Khoa và Klaus Wimmer (2011) sử dụng phương pháp giải trình tự và PCR- 
FRLP để phân tích đa hình gen pC8B ở một số giống lợn ngoại và lợn Mường 
Khương. Kết quả cho thấy gen pC8B nằm trên vùng q3,3 – 3,5 của nhiễm sắc 
thể số 6 mã hóa 611 amino acid. Sự đa hình được tìm thấy tại vị trí 1244 (A bị 
thay thế bằng G). Tần số alen G của lợn Mường Khương (0,92) cao vượt trội 
46 
so với lợn ngoại (0,45 và 0,5). Kết quả nghiên cứu gợi ý rằng gen pC8B là 
ứng viên tiềm năng cho hệ thống phòng vệ tự nhiên chống lại mầm bệnh xâm 
nhiễm trên lợn. Cuong và cs. (2012) nghiên cứu đa hình các gen FUT1 và 
BPI) được cho là có liên quan đến khả năng kháng vi khuẩn) trên một số 
giống lợn nội và lợn ngoại bằng PCR- RFLP. Kết quả cho thấy không có đột 
biến trong gen FUT1 ở 4 giống lợn nội và xuất hiện đột biến gen BPI ở giống 
lợn Táp Ná. Tần số alen kháng vi khuẩn của các gen FUT1 và BPI sai khác có 
ý nghĩa trên các giống lợn ngoại hơn so với lợn nội. 
1.4. CÁC VẤN ĐỀ CÒN TỒN TẠI 
Như đã trình bày ở trên việc ứng dụng các chỉ thị phân tử nhằm nghiên 
cứu sai khác di truyền, đa dạng di truyền và hỗ trợ bảo tồn, duy trì, sử dụng 
hợp lý nguồn tài nguyên di truyền và cho chọn lọc các giống vật nuôi có năng 
suất, chất lượng cao đã được tiến hành rất nhiều trên thế giới. Tuy nhiên ở 
Việt Nam các nghiên cứu này chưa mang tính bài bản hệ thống. Các dự án 
bảo tồn nguồn gen vật nuôi ở Việt Nam mặc dù cũng đã mang lại nhiều thành 
công và lợi ích quý báu tuy vậy vẫn còn thiếu những kết quả về đánh giá sự 
đa dạng và sai khác di truyền của các giống được bảo tồn ở mức độ phân tử, 
đây là một yêu cầu cần thiết phải tiến hành đối với những dự án và những 
nghiên cứu vì mục đích bảo tồn, duy trì, sử dụng hợp lý và phát huy những 
tính trạng quý của các giống bản địa. Chương trình quỹ gen đã phân loại các 
giống lợn dựa trên đặc điểm ngoại hình và đưa ra 26 giống lợn nội của Việt 
Nam được nuôi giữ tại các địa phương, vùng miền khác nhau trên cả nước (Tạ 
Thị Bích Duyên và cs., 2013), thực tế thì còn nhiều giống nữa do cách gọi tên 
và đặt tên theo từng vùng của người dân địa phương nơi chúng đang được 
nuôi giữ, mỗi giống mang những nét đặc trưng riêng được chọn lọc theo sở 
thích của người dân và đáp ứng với điều kiện khí hậu ở từng vùng. Các giống 
này thường có khả năng tăng trọng và có năng suất cho thịt thấp nhưng khả 
47 
năng kháng bệnh và thích nghi tốt với các điều kiện chăn nuôi của các nông 
hộ và khí hậu tại địa phương. Đây cũng là những ưu thế về những đặc tính di 
truyền của các giống lợn nội của Việt Nam. Tuy nhiên với sự phát triển của 
nền kinh tế thị trường và nhu cầu về việc cung cấp lương thực, thực phẩm cho 
con người đã và đang đánh mất đần các nguồn gen quý có khả năng thích 
nghi cao với điều kiện sinh sống của chúng. 
Việt Nam những năm gần, đây các nhà nghiên cứu về sinh học chăn 
nuôi cũng đã bước đầu áp dụng các kỹ thuật này vào nghiên cứu nhằm xác 
định đa dạng di truyền và sai khác di truyền bằng các chỉ thị phân tử như 
microsatellite, đa hình mtADN trong ty thể và một số gen liên quan tới các 
tính trạng kinh tế và khả năng chống chịu với bệnh tật của vật nuôi. Điều này 
sẽ góp phần tích cực vào việc xác định nguồn tài nguyên di truyền, giúp rút 
ngắn thời gian chọn lọc, lai tạo và chọn giống vật nuôi theo hướng chuyên 
dụng có năng suất, chất lượng, và có khả năng kháng bệnh cao. Xác định 
được sự đa dạng di truyền của vật nuôi còn giúp cho các nhà chăn nuôi có 
chính sách bảo tồn, duy trì và phát triển nguồn gen quý của các giống lợn nội 
ở Việt Nam và sử dụng hợp lý bền vững nguồn tài nguyên di truyền của vật 
nuôi. Đã có một số kết quả nghiên cứu về di truyền phân tử ở một số giống 
lợn bản địa. Tuy nhiên các nghiên cứu vẫn chỉ khảo sát đánh giá được một vài 
giống nên chưa thể có cái nhìn toàn cảnh về các giống bản địa Việt Nam. 
48 
CHƯƠNG 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 
2.1. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 
Đối tượng nghiên cứu của luận án là 15 giống lợn nội phân bố trên toàn 
quốc (chi tiết trong bảng 2.1). Ngoài ra một giống lợn ngoại (Landrace thu 
thập tại Trung tâm Nghiên cứu Lợn Thụy Phương) và các mẫu lợn rừng Việt 
Nam và Thái Lan ( thu thập tại trang trại chăn nuôi ở Ba Vì) cũng được sử 
dụng cho một số nội dung nghiên cứu của luận án. 
Bảng 2.1. Danh sách 15 giống lợn nội được sử dụng trong nghiên cứu 
STT Tên giống lợn Viết tắt Địa điểm thu mẫu Thời gian 
1 Móng Cái MCA 
Đông Triều – Quảng 
Ninh 
2012 
2 Hạ Lang HLA Hạ Lang – Cao Bằng 2012 
3 Hương HUO Hòa An – Cao Bằng 2012 
4 Táp Ná TNA Thông Nông – Cao Bằng 2012 
5 Hung HUN 
Hoàng
Su Phì – Hà 
Giang 
2012 
6 Lũng Pù LPU Mèo Vạc – Hà Giang 2012 
7 Mường Khương MKH 
Mường Khương – Lào 
Cai 
2012 
8 Lửng LUN Thanh Sơn – Phú Thọ 2012 
9 Bản BAN Mai Sơn – Sơn La 2013 
10 Mẹo MEO Kỳ Sơn – Nghệ An 2013 
11 Vân Pa VPA Gio Linh – Quảng Trị 2013 
12 Cỏ CAL 
A Lưới – Thừa Thiên 
Huế 
2013 
13 Chư Prông CPR Chư Prông – Gia Lai 2013 
14 Sóc SOC 
Buôn Ma Thuột – Đắc 
Lắc 
2013 
15 Ba Xuyên BAX Kế Sách – Sóc Trăng 2013 
49 
2.2. THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU 
 Mẫu mô tai của 15 giống lợn nội (danh sách chi tiết trong bảng 
2.1) được thu thập từ năm 2012 -2013. Các thí nghiệm phân tích đa hình các 
chỉ thị được tiến hành tại Phòng Thí nghiệm trọng điểm Công nghệ Tế bào 
Động vật - Viện Chăn nuôi trong 4 năm từ 2014 đến 2018. Trong đó nội dung 
Nghiên cứu đa dạng di truyền, khoảng cách di truyền và cấu trúc di truyền của 
15 giống lợn nội bằng 19 chỉ thị microsatellite tiến hành năm 2014-2015. Nội 
dung nghiên cứu đa dạng di truyền gen Cytocrome B ở 15 giống lợn nội và 
mối quan hệ phát sinh loài với một số giống lợn trên thế giới tiến hành từ năm 
2017-2018. Nội dung nghiên cứu đa hình di truyền gen MX1 và MX2 ở 15 
giống lợn nội tiến hành năm 2015-2016. 
2.3. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 
2.3.1. Phương pháp thu mẫu và bảo quản mẫu 
Các cá thể lợn của mỗi giống được tiến hành lựa chọn để thu mẫu dựa 
trên đặc điểm hình thái đặc trưng cho giống đã được công bố từ chương trình 
bảo tồn quỹ gen. Các cá thể lựa chọn lấy mẫu trong mỗi giống không cùng 
huyết thống (thông qua phỏng vấn trực tiếp) tại nơi chúng đang được nuôi 
giữ. Sử dụng kìm lấy mẫu chuyên dụng cắt một miếng mô tai khoảng 0,5 g, 
sau đó để trong ống eppendoft có chứa sẵn 1,5 ml cồn (99%). Mẫu được vận 
chuyển về phòng thí nghiệm và bảo quản trong tủ lạnh sâu (-20oC) đến khi 
tiến hành tách chiết ADN. 
2.3.2. Phương pháp tách chiết và xác định nồng độ ADN 
Trước khi tách chiết ADN, mẫu mô tai của các cá thể lợn được rửa lại 
bằng dung dịch muối 1X PBS (Phosphate Buffered Saline) từ 3 đến 4 lần cho 
sạch. Sau đó thực hiện theo quy trình tách chiết ADN của bộ kít Bioneer K-
3032 (Hàn Quốc). Các bước tiến hành cụ thể như sau: 
50 
1. Lấy khoảng 25 mg mẫu mô tai cắt nhỏ rồi cho vào ống eppendof 1.5ml. 
Thêm 200 µl đệm TL (Tissue Lysis buffer). 
2. Thêm 20 µl Proteinase K, mix đều bằng vortex, ủ ở 600 C trong 3h hoặc 
qua đêm. 
3. Lấy ra vortex rồi cho thêm 200 µl đệm GC (Binding buffer), ủ tiếp ở 600 C 
trong 10 phút. 
4. Thêm 100 µl Isopropanol, trộn đều bằng vortex. Sau đó ly tâm nhẹ 3000 
vòng trong 1 phút. 
5. Hút toàn bộ phần dịch cho sang ống cột lọc 2ml. Ly tâm 8000 vòng trong 1 
phút. 
6. Chuyển cột lọc sang ống 2 ml khác rồi cho thêm 500 µl đệm rửa W1 
(Washing buffer 1), ly tâm 8000 vòng trong 1 phút. 
7. Tiếp tục chuyển cột lọc sang ống 2 ml khác rồi cho thêm 500 µl đệm rửa 
W2 (Washing buffer 2), ly tâm 12000 vòng trong 3 phút. 
8. Lấy cột lọc cho sang ống 1.5 ml rồi cho thêm 200-300 µl đệm EL (Elution 
buffer) để hòa tan ADN. Để ở nhiệt độ phòng khoảng 5-10 phút rồi ly tâm 
8000 vòng trong 1 phút để thu lấy ADN hòa tan. Loại bỏ cột lọc và bảo quản 
ADN lâu dài trong tủ lạnh sâu -200 C 
Xác định nồng độ và độ sạch của ADN tách chiết được 
Sử dụng phương pháp điện di trên gel Agarose 1% để xác định định 
tính kết quả tách chiết ADN. Tiếp theo sẽ dùng máy Nanodrop 2000 để định 
lượng độ sạch và nồng độ các mẫu ADN thu được. Để xác định nồng độ của 
ADN, dựa trên nguyên tắc sự hấp phụ mạnh ánh sáng tử ngoại của ADN ở 
bước sóng 260 nanô mét (nm). Giá trị mật độ quang (OD) ở bước sóng 
51 
260nm của mẫu đo cho phép xác định nồng độ ADN Một đơn vị (1.0) giá trị 
hấp thụ bước sóng 260 nm (A260) tương đương với nồng độ ADN là 
50mg/ml. Để kiểm tra độ sạch của dung dịch ADN tách chiết được, người ta 
đo thêm giá trị OD ở bước sóng 280 nm (bước sóng hấp thụ cao nhất của 
protein). Tỷ lệ A260/A280 là chỉ số để xác định độ tinh sạch của mẫu ADN 
tách chiết được. Nếu tỷ lệ A260/A280 từ 1.8 - 2.0 thì chất lượng ADN tách 
được đủ độ tinh khiết. 
2.3.3. Phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền, khoảng cách di truyền 
và cấu trúc di truyền bằng các chỉ thị microsatellite 
Mẫu sử dụng phân tích: 
Sáu trăm linh tám (608) mẫu thuộc 15 giống lợn nội: Móng Cái (48 
mẫu), Hạ Lang (47 mẫu), Hương (40 mẫu), Táp Ná (48 mẫu), Hung (35 mẫu), 
Lũng Pù (48 mẫu), Mường Khương (48 mẫu), Lửng (42 mẫu), Bản (48 mẫu), 
Mẹo (42 mẫu), Vân Pa (33 mẫu), Cỏ (34 mẫu), Chư Prông (24 mẫu), Sóc (39 
mẫu) và Ba Xuyên (32 mẫu). Giống lợn ngoại Landrace (15 mẫu) và hai 
giống lợn rừng (Việt Nam-6 mẫu và Thái Lan-9 mẫu) được sử dụng để so 
sánh đối chiếu (đối chứng). 
Các chỉ thị microsatellite: 
Trong nghiên cứu này, 19 chỉ thị microsatellite có đa hình cao được sử 
dụng và lựa chọn theo khuyến cáo của FAO/ISAG (2011) sẽ được chuẩn hoá 
trong 4 tổ hợp phản ứng PCR đa mồi (bảng 2.2). Mỗi phản ứng PCR đa mồi 
được thực hiện với thành phần phản ứng: Đệm PCR 10X: 2,0 µl, dNTP mix 
(2mM mỗi loại) 2,5 µl, Mg2+(25mM) 2,0-2,5 µl , mồi (mồi xuôi và mồi ngược 
10 pM mỗi loại) 0,1-1µl, ADN Taq polymerase 0,3 µl, mẫu ADN lợn 1,0 µl, 
H2O vô trùng được thêm vào sao cho tổng thể tích cuối cùng là 20 µl. 
52 
Bảng 2.2. Thông tin 19 chỉ thị microsatellite được sử dụng 
Chỉ thị Trình tự 
Nhiễm 
sắc thể 
Mã ngân 
hàng gen 
Tm 
(độ 
C) 
Sw2410 
ATTTGCCCCCAAGGTATTTC 
CAGGGTGTGGAGGGTAGAAG 
8 AF207836 50 
S0226 
GCACTTTTAACTTTCATGATACTCC 
GGTTAAACTTTTNCCCCAATACA 
2 L29230 55 
Sw2008 
CAGGCCAGAGTAGCGTGC 
CAGTCCTCCCAAAAATAACATG 
11 AF253773 55 
Sw911 
CTCAGTTCTTTGGGACTGAACC 
CATCTGTGGAAAAAAAAAGCC 
9 AF225106 60 
Sw1067 
TGCTGGCCAGTGACTCTG 
CCGGGGGATTAAACAAAAAG 
6 AF235183 55 
S0215 
TAGGCTCAGACCCTGCTGCAT 
TGGGAGGCTGAAGGATTGGGT 
13 L31358 55 
S0355 
CTCTGGCTCCTACACTCCTTCTTGATG 
TTGGGTGGGTGCTGAAAAATAGGA 
15 L29049 50 
S0225 
GCTAATGCCAGAGAAATGCAGA 
CAGGTGGAAAGAATGGAATGAA 
8 L29000.1 55 
S0227 
GATCCATTTATAATTTTAGCACAAAGT 
GCATGGTGTGATGCTATGTCAAGC 
4 L29196.2 55 
S0026 
AACCTTCCCTTCCCAATCAC 
CACAGACTGCTTTTTACTCC 
16 L30152 55 
S0155 
TGTTCTCTGTTTCTCCTCTGTTTG 
AAAGTGGAAAGAGTCAATGGCTAT 
1 JQ342091.1 55 
Sw632 TGGGTTGAAAGATTTCCCAA 7 AF225099 55 
53 
GGAGTCAGTACTTTGGCTTGA 
Sw936 
TCTGGAGCTAGCATAAGTGCC 
GTGCAAGTACACATGCAGGG 
15 AF225107 55 
S0068 
CCTTCAACCTTTGAGCAAGAAC 
AGTGGTCTCTCTCCCTCTTGCT 
13 Không có 55 
Sw122 
CAAAAAAGGCAAAAGATTGACA 
TTGTCTTTTTATTTTGCTTTTGG 
6 AF235206 55 
Sw857 
TGAGAGGTCAGTTACAGAAGACC 
GATCCTCCTCCAAATCCCAT 
14 AF225105 55 
S0097 
GACCTATCTAATGTCATTATAGT 
TTCCTCCTAGAGTTGACAAACTT 
4 M95020 55 
Sw240 
AGAAATTAGTGCCTCAAATTGG 
AAACCATTAAGTCCCTAGCAAA 
2 AF235246 55 
Sw72 
ATCAGAACAGTGCGCCGT 
TTTGAAAATGGGGTCTTTCC 
3 AF235346 55 
Phân tích đa hình các chỉ thị microsatellite: 1µl của tất cả các sản 
phẩm multiplex-PCR sau khi bổ sung 25µl đệm SLS (Sample Loading 
Solution Beckman Coulter) và 0,15µl thang ADN chuẩn (ADN Size standard 
400 - Beckman Coulter) được tiến hành phân tách bằng hệ thống điện di mao 
quản trên máy giải trình tự tự động CEQ8000 của hãng Beckman Coulter. 
Kích thước các alen được phân tích tự động bằng phần mềm Genetics analysis 
system cho máy CEQ 8000 (phiên bản 9.0) được minh họa trên hình 2.1. 
54 
Hình 2.1. Hệ thống máy CEQ 8000 
Ước lượng một số chỉ số liên quan đến đa dạng di truyền 
Số lượng alen của mỗi chỉ thị, trung bình số alen trên mỗi chỉ thị của 
toàn bộ quần thể và độ phong phú alen (Alenlic Richness - Rs) được ước 
lượng bằng phần mềm FSTAT phiên bản 2.9.3.2 (Goudet J. 2002) 
Tần số dị hợp tử lý thuyết (He), dị hợp tử quan sát (Ho) được ước 
lượng bằng phần mềm Genetix phiên bản 4.0.5.2 (Belkhir và cs., 2004). 
Hệ số F (Fis, Fst) của từng chỉ thị và trung bình của toàn bộ các chỉ thị 
trên quần thể được ước lượng bằng phần mềm Genetix (phiên bản 4.0.5.2). 
Giá trị thông tin đa hình (PIC) của mỗi chỉ thị được tính theo Botstein 
và cs. (1980). 
55 
Bảng 2.3. Công thức tính một số giá trị thống kê của quần thể 
Chỉ số Công thức tính 
Độ phong phú alen 
(Rs) 
Trong đó Ni là số alen thứ i của 2N gen 
Tần số alen của chỉ 
thị 
2N
A2
k
1j
j
iii
i
AAA
p 
Trong đó: pi là tần số của alen i ; AiAi, AiAj tương ứng 
là số cá thể mang đồng hợp tử và dị hợp tử với alen i; 
k là số lượng alen của chỉ thị ; N là số lượng cá thể 
Tần số dị hợp tử lý 
thuyết (mong đợi) 
12
12
1
2

N
pN
H
k
i
i
ep 
Trong đó: Hep là tần số dị hợp tử lý thuyết của một 
chỉ thị; pi là tần số của alen i; k là số lượng alen của 
chỉ thị; N là số lượng cá thể. 
Giá trị thông tin đa 
hình (PIC) của mỗi 
chỉ thị 

1
1 1
22
1
2
21
k
i
k
ij
ji
k
i
i
pppPIC 
Trong đó: pi, pj là tần số của alen i và j; k là số lượng 
alen của mỗi chỉ thị 
Hệ số cận huyết 
Fis = 
Hep
HobHep 
Trong đó: Hep là tần số di hợp tử lý thuyết; Hob là 
tần số di hợp tử quan sát. 
56 
Kiểm tra tính cân bằng di truyền Hardy-Weinberg 
Độ phù hợp với cân bằng di truyền theo Hardy-Weinberg trong từng 
giống được kiểm tra bằng phép thử “khi bình phương” (χ2). Phép kiểm tra 
này được thực hiện