Luận án Nghiên cứu bệnh do phytoplasma hại sắn (Manihot esculenta Crantz) tại một số tỉnh Đông Nam Bộ

00 99 
„Canavalia ensiformis‟ yellows 
phytoplasma isolate CYP 
Cây đậu rựa (Canavalia ensiformis), 
Cuba 
KR232799 100 99 
7 
BP-01 
(Bình Phƣớc) 
1.156 nts 
Sesame phyllody phytoplasma isolate 
Gopalganj-1 
Cây vừng (Sesamum indicum), Ấn Độ 
16SrI 
KF728956 100 99 
„Eucalyptus sp.‟ little leaf phytoplasma 
isolate Firuzabad 5 
Cây bạch đàn (Eucalyptus sp.), Iran KT626569 100 99 
„Eruca sativa‟ phyllody phytoplasma 
isolate Abarkooh 6 
Cây cải lông (Eruca sativa), Iran KT626568 100 99 
8 
ĐN-02 
(Đồng Nai) 
1.083 nts 
Maryland aster yellows phytoplasma 
strain AY1 
Côn trùng (Aphrodes sp.), Lít va 
16SrI 
KC283215 100 99 
Sesame phyllody phytoplasma clone MW Cây vừng (Sesamum indicum), Ấn Độ JX448401 100 99 
Sesame phyllody phytoplasma clone KJ Cây vừng (Sesamum indicum), Ấn Độ JX448400 100 99 
9 
YB-02 
(Yên Bái) 
1.052 nts 
„Eucalyptus sp.‟ little leaf phytoplasma 
isolate Firuzabad 5 
Cây bạch đàn (Eucalyptus sp.), Iran 
16SrI 
KT626569 100 99 
„Eruca sativa‟ phyllody phytoplasma 
isolate Abarkooh 6 
Cây cải lông (Eruca sativa), Iran KT626568 100 99 
Periwinkle virescence phytoplasma strain 
PeV-hnhk 
Cây dừa cạn (Catharanthus roseus), Trung Quốc KP662136 100 99 
6
8
 69 
STT Mẫu Trình tự nucleotide gần gũi nhất trên 
Ngân hàng Gen* 
Nguồn gốc (ký chủ, quốc gia) Nhóm 16S RNA 
ribosome 
Mã truy cập 
Ngân hàng 
Gen 
Phần trăm 
đoạn so sánh 
(%) 
Mức đồng 
nhất trình tự 
(%) 
10 
BRVT-02 
(Bà Rịa - Vũng 
Tàu) 
1.114 nts 
Candidatus Phytoplasma australiense 
strain GD32 
Cây khoai tây (Solanum tuberosum), 
Trung Quốc 
16SrII 
KM212951 99 98 
„Pedalium murex‟ phyllody phytoplasma 
clone PDL2 
Cây gai chống (Pedalium murex), 
Ấn Độ 
KJ873878 99 98 
Cauliflower phyllody phytoplasma strain 
CauPh-YNym1 
Cây súp lơ (Brassica oleracea var. 
botrytis), Trung Quốc 
KC953000 99 98 
11 
QNg-19.2 
(Quảng Ngãi) 
1.047 nts 
Candidatus Phytoplasma australiense 
strain GD32 
Cây khoai tây (Solanum tuberosum), 
Trung Quốc 
16SrII 
KM212951 100 99 
„Pedalium murex‟ phyllody phytoplasma 
clone PDL2 
Cây gai chống (Pedalium murex), 
Ấn Độ 
KJ873878 100 99 
Cauliflower phyllody phytoplasma strain 
CauPh-YNym1 
Cây súp lơ (Brassica oleracea var. 
botrytis), Trung Quốc 
KC953000 100 99 
12 
BR-5 
(Bà Rịa - Vũng 
Tàu) 
1.052 nts 
Candidatus Phytoplasma australiense 
strain GD32 
Cây khoai tây (Solanum tuberosum), 
Trung Quốc 
16SrII 
KM212951 100 99 
„Pedalium murex‟ phyllody phytoplasma 
clone PDL2 
Cây gai chống (Pedalium murex), 
Ấn Độ 
KJ873878 100 99 
Cauliflower phyllody phytoplasma strain 
CauPh-YNym1 
Cây súp lơ (Brassica oleracea var. 
botrytis), Trung Quốc 
KC953000 100 99 
13 
BR-7.2 
(Bà Rịa - Vũng 
Tàu) 
1.048 nts 
Candidatus Phytoplasma australiense 
strain GD32 
Cây khoai tây (Solanum tuberosum), 
Trung Quốc 
16SrII 
KM212951 100 99 
„Pedalium murex‟ phyllody phytoplasma 
clone PDL2 
Cây gai chống (Pedalium murex), 
Ấn Độ 
KJ873878 100 99 
Cauliflower phyllody phytoplasma strain 
CauPh-YNym1 
Cây súp lơ (Brassica oleracea var. 
botrytis), Trung Quốc 
KC953000 100 99 
14 
BR-9.1 
(Bà Rịa - Vũng 
Tàu) 
1.051 nts 
Candidatus Phytoplasma australiense 
strain GD32 
Cây khoai tây (Solanum tuberosum), 
Trung Quốc 
16SrII 
KM212951 100 99 
„Pedalium murex‟ phyllody phytoplasma 
clone PDL2 
Cây gai chống (Pedalium murex), 
Ấn Độ 
KJ873878 100 99 
Cauliflower phyllody phytoplasma strain 
CauPh-YNym1 
Cây súp lơ (Brassica oleracea var. 
botrytis), Trung Quốc 
KC953000 100 99 
Ghi chú: 
*
Chỉ trình bày 03 trình tự nucleotide gần gũi nhất trên Ngân hàng Gen. 
6
9
 70 
4.3.1.2. Giải trình tự sản phẩm PCR dùng cặp mồi R16mF2/R16mR1 
Kết quả phản ứng PCR lồng đã phát hiện thấy sự có mặt của phytoplasma 
trong một mẫu cây sắn bị bệnh chổi phù thuỷ, thu thập ở Bà Rịa-Vũng Tàu, 
Quảng Ngãi, Đồng Nai, Tây Ninh và Yên Bái khi dùng với cặp mồi P1/P7 - 
R16mF2/R16mR1 cho thấy các vạch băng xuất hiện rõ nét trên bản điện di với 
kích thƣớc là ~ 1,4 kb. Để khẳng định chắc chắn hơn, tiến hành giải trình tự trực 
tiếp sản phẩm PCR dùng cặp mồi R16mF2/R16mR1, chỉ trình bày các mẫu giải 
trình tự có chất lƣợng tốt, không bị nhiễu, sau khi loại bỏ các đoạn có chất lƣợng 
xấu ở 2 đầu. Kết quả giải trình tự đƣợc trình bày ở bảng 4.8. 
Bảng 4.8. Kết quả giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR 
dùng cặp mồi R16mF2/R16mR1 
STT Mẫu Địa điểm thu thập 
(huyện, tỉnh) 
Mồi 
giải trình tự* 
Trình tự 
đọc đƣợc 
(nts) 
1 YB-01 Văn Yên, Yên Bái R16mF2/R16mR1 1.231 
2 T7-ĐN Thống Nhất, Đồng Nai R16mF2/R16mR1 1.340 
3 T11-QNg Sơn Hà, Quảng Ngãi R16mF2/R16mR1 1.330 
4 T18-TN Tân Châu, Tây Ninh R16mF2/R16mR1 1.341 
5 T19-BRVT Tân Thành, Bà Rịa Vũng Tàu R16mF2/R16mR1 1.340 
* Chỉ trình bày các trình tự rõ ràng, không bị nhiễu. 
Kết quả giải trình tự cho thấy 5 mẫu giải trình tự dùng cặp mồi 
R16mF2/R16mR1 đều có chất lƣợng tốt, có kích thƣớc từ 1.231 nts (mẫu YB-01) 
đến 1.341 nts (mẫu T18-TN). Trình tự gen 16S RNA ribosome của 5 mẫu giải 
trình tự này đều đƣợc đăng ký trên Ngân hàng Gen (phụ lục 1). 
Dựa trên trình tự nucleotide thu đƣợc, tiến hành tìm kiếm các chuỗi gần gũi 
với 5 mẫu thu đƣợc bằng công cụ trực tuyến BLAST (bảng 4.9). 
Kết quả tìm kiếm BLAST trên Ngân hàng Gen cho thấy trình tự nucleotide 
từ sản phẩm PCR của cả 5 mẫu sắn bị bệnh chổi phù thuỷ gồm YB-01, T7-ĐN, 
T11-QNg, T18-TN và T19-BRVT, đƣợc nhân bằng cặp mồi R16mF2/R16mR1 
trong phản ứng PCR lồng, đều là các chuỗi mã hóa 16S RNA ribosome của 
phytoplasma gây bệnh cây. 
 71 
Bảng 4.9. Kết quả tìm kiếm BLAST trình tự đọc đƣợc của sản phẩm PCR lồng dùng cặp mồi R16mF2/R16mR1 
STT Mẫu Trình tự nucleotide gần gũi nhất 
trên Ngân hàng Gen* 
Nguồn gốc (ký chủ, quốc gia) Nhóm 16S 
RNA 
ribosome 
Mã truy cập 
Ngân hàng 
Gen 
Phần trăm 
đoạn so 
sánh (%) 
Mức đồng 
nhất trình tự 
(%) 
1 
YB-01 
(Yên Bái), 
1.231 nts 
„Eucalyptus sp.‟ little leaf 
phytoplasma isolate Firuzabad 5 
Cây bạch đàn (Eucalyptus 
sp.), Iran 
16SrI 
KT626569 100 99 
„Eruca sativa‟ phyllody phytoplasma 
isolate Abarkooh 6 
Cây cải lông (Eruca 
sativa), Iran 
KT626568 100 99 
Periwinkle virescence phytoplasma 
strain PeV-hnhk 
Cây dừa cạn (Catharanthus 
roseus), Trung Quốc 
KP662136 100 99 
2 
T7-ĐN 
(Đồng Nai), 
1.340 nts 
„Desmodium ovalifolium‟ witches'-
broom phytoplasma strain DeOWB 
Cây hàn the (Desmodium 
ovalifolium), Trung Quốc 
16SrII 
GU113152 100 99 
Crotalaria witches' - broom 
phytoplasma strain CrWB-Hnsy1 
Cây lục lạc (Crotalaria 
sp.), Trung Quốc 
EU650181 100 99 
Sweet potato witches'-broom 
phytoplasma strain WPWB 
Cây khoai lang (Ipomoea 
batatas), Đài Loan 
DQ452417 100 99 
3 
T11-QNg 
(Quảng Ngãi), 
1.330 nts 
„Desmodium ovalifolium‟ witches'-
broom phytoplasma strain DeOWB 
Cây hàn the (Desmodium 
ovalifolium), Trung Quốc 
16SrII 
GU113152 100 100 
Sweet potato witches'-broom 
phytoplasma strain WPWB 
Cây khoai lang (Ipomoea 
batatas), Đài Loan 
DQ452417 100 100 
Chinese pigeon pea witches'-broom 
phytoplasma 
Cây đậu triều (Cajanus 
cajan), Hoa Kỳ 
AF028813 100 100 
7
1
 72 
STT Mẫu Trình tự nucleotide gần gũi nhất 
trên Ngân hàng Gen* 
Nguồn gốc (ký chủ, quốc gia) Nhóm 16S 
RNA 
ribosome 
Mã truy cập 
Ngân hàng 
Gen 
Phần trăm 
đoạn so 
sánh (%) 
Mức đồng 
nhất trình tự 
(%) 
4 
T18-TN 
(Tây Ninh), 
1.341 nts 
„Desmodium ovalifolium‟ witches'-
broom phytoplasma strain DeOWB 
Cây hàn the (Desmodium 
ovalifolium), Trung Quốc 
16SrII 
GU113152 100 99 
Sweet potato witches'-broom 
phytoplasma strain WPWB 
Cây khoai lang (Ipomoea 
batatas), Đài Loan 
DQ452417 100 99 
Chinese pigeon pea witches'-broom 
phytoplasma 
Cây đậu triều (Cajanus 
cajan), Hoa Kỳ 
AF028813 100 99 
5 
T19-BRVT 
(Bà Rịa-Vũng 
Tàu), 1.340 nts 
„Desmodium ovalifolium‟ witches'-
broom phytoplasma strain DeOWB 
Cây hàn the (Desmodium 
ovalifolium), Trung Quốc 
16SrII 
GU113152 100 99 
Crotalaria witches'- broom 
phytoplasma strain CrWB-Hnsy1 
Cây lục lạc (Crotalaria 
sp.), Trung Quốc 
EU650181 100 99 
Sweet potato witches'-broom 
phytoplasma strain WPWB 
Cây khoai lang (Ipomoea 
batatas), Đài Loan 
DQ452417 100 99 
Ghi chú: 
*
Chỉ trình bày 03 trình tự nucleotide gần gũi nhất trên Ngân hàng Gen. 
7
2
 73 
Trong đó, trình tự nucleotide của sản phẩm PCR trên cây sắn tại Yên Bái 
(YB-01) có phần trăm đoạn so sánh 100%, mức đồng nhất trình tự nucleotide 
99%, gần gũi nhất với các mẫu phytoplasma gây bệnh trên cây bạch đàn 
(Eucalyptus sp.) ở Iran, cây bông (Gossypium hirsutum) ở Ấn Độ và cây dừa cạn 
(Catharanthus roseus) ở Trung Quốc. 
Trình tự nucleotide của sản phẩm PCR trên cây sắn (T7-ĐN, T18-TN và 
T19-BRVT) tại Bà Rịa-Vũng Tàu, Đồng Nai và Tây Ninh đều khá giống nhau, 
có phần trăm đoạn so sánh 100%, mức đồng nhất trình tự nucleotide 99%, gần 
gũi nhất với các mẫu phytoplasma gây bệnh trên cây lục lạc (Crotalaria sp.) ở 
Trung Quốc, cây khoai lang (Ipomoea batatas) ở Đài Loan, cây hàn the 
(Desmodium ovalifolium) ở Trung Quốc và cây đậu triều (Cajanus cajan) ở Hoa 
Kỳ. Có điều cần chú ý là mẫu T18-QNg (Quảng Ngãi) có phần trăm đoạn so sánh 
100%, mức đồng nhất trình tự nucleotide 100% với phytoplasma gây bệnh trên 
cây hàn the (D. ovalifolium) ở Trung Quốc, cây khoai lang (I. batatas) ở Đài 
Loan, và cây đậu triều (C. cajan) ở Hoa Kỳ. 
Trình tự gen 16S RNA ribosome dùng cặp mồi R16mF2/R16mR1 của 5 
mẫu giải trình tự này đều đƣợc đăng ký trên Ngân hàng Gen (phụ lục 1). 
Nhƣ vậy trong tổng số 83 sản phẩm PCR từ 67 mẫu sắn bị bệnh chổi phù 
thuỷ thu tại 8 tỉnh đƣợc giải trình tự, cuối cùng thu đƣợc 19 mẫu có chất lƣợng 
trình tự tốt. 
Tìm kiếm trình tự tƣơng đồng trên Ngân hàng Gen bằng phần mềm BLAST 
cho thấy tất cả 19 mẫu này có trình tự trùng khớp với trình tự gen mã hóa 16S 
RNA ribosome của phytoplasma gây bệnh cây. Do đó, khẳng định nguyên nhân 
gây bệnh chổi phù thuỷ sắn tại Việt Nam là do phytoplasma gây ra. 
Ngoài ra, kết quả giải trình tự và tìm kiếm BLAST cũng cho thấy các mồi 
chung P1, P7, R16F2n, R16R2, R16mF2 và R16mR2 có tính đặc hiệu cao trong 
chẩn đoán bệnh phytoplasma trên sắn tại Việt Nam. 
Trình tự của 19 mẫu này có độ dài phù hợp, đủ để phân tích định danh dựa 
trên so sánh trình tự, phân tích đa hình RFLP và phả hệ, do vậy đã đƣợc đăng ký 
trên Ngân hàng Gen (bảng 4.10). 
Bảng 4.10. Danh sách các mẫu phytoplasma hại sắn đã đƣợc đăng ký trên Ngân hàng Gen 
STT Mẫu Địa điểm thu thập 
(xã, huyện, tỉnh) 
Cặp mồi PCR* Mồi giải trình tự Trình tự 
(nts) 
Mã truy cập 
Ngân hàng Gen 
1 BRVT-01 Tóc Tiên, Tân Thành, Bà Rịa-Vũng Tàu R16F2n/R16R2 R16F2n 795 JN381547 
2 QNg-01 Sơn Nham, Sơn Hà, Quảng Ngãi R16F2n/R16R2 R16F2n 870 JN381548 
3 ĐN-01 Hƣng Thịnh, Trảng Bom, Đồng Nai R16F2n/R16R2 R16F2n 869 JN381549 
4 KT-01 Đăk Tờre, Kon Rẫy, Kon Tum R16F2n/R16R2 R16F2n 798 JN381550 
5 KT-17 Đăk Tờre, Kon Rẫy, Kon Tum R16F2n/R16R2 R16F2n/R16R2 1.106 JQ973105 
6 ĐN-34 Hƣng Thịnh, Trảng Bom, Đồng Nai R16F2n/R16R2 R16F2n/R16R2 1.105 JQ973106 
7 BP-01 Đồng Phú, Bình Phƣớc R16F2n/R16R2 R16F2n/R16R2 1.156 KC295284 
8 ĐN-02 Hƣng Thịnh, Trảng Bom, Đồng Nai R16F2n/R16R2 R16F2n/R16R2 1.083 KM360168 
9 BRVT-02 Tóc Tiên, Tân Thành, Bà Rịa-Vũng Tàu R16F2n/R16R2 R16F2n/R16R2 1.114 KC295285 
10 QNg-19.2 Sơn Nham, Sơn Hà, Quảng Ngãi R16F2n/R16R2 R16F2n/R16R2 1.047 KM360169 
11 BR-5 Châu Pha, Tân Thành, Bà Rịa-Vũng Tàu R16F2n/R16R2 R16F2n/R16R2 1.052 KM360170 
12 BR-7.2 Bình Ba, Châu Đức, Bà Rịa-Vũng Tàu R16F2n/R16R2 R16F2n/R16R2 1.048 KM360171 
13 BR-9.1 Suối Nghệ, Châu Đức, Bà Rịa-Vũng Tàu R16F2n/R16R2 R16F2n/R16R2 1.051 KM360172 
14 YB-02 Mậu A, Văn Yên, Yên Bái R16F2n/R16R2 R16F2n/R16R2 1.052 KM360167 
15 YB-01 Mậu A, Văn Yên, Yên Bái R16mF2/R16mR1 R16mF2/R16mR1 1.231 KM360166 
16 T7-ĐN Hƣng Lộc, Thống Nhất, Đồng Nai R16mF2/R16mR1 R16mF2/R16mR1 1.340 KM280679 
17 T11-QNg Sơn Hà, Quảng Ngãi R16mF2/R16mR1 R16mF2/R16mR1 1.330 KM280680 
18 T18-TN Tân Hội, Tân Châu, Tây Ninh R16mF2/R16mR1 R16mF2/R16mR1 1.341 KM280681 
19 T19-BRVT Tân Thành, Bà Rịa-Vùng Tàu R16mF2/R16mR1 R16mF2/R16mR1 1.340 KM280682 
* Cặp mồi sử dụng trong bƣớc 2 của phản ứng PCR lồng 
7
4
 75 
4.3.2. Kết quả định danh bằng kỹ thuật RFLP 
4.3.2.1. Phân tích RFLP dựa trên sản phẩm PCR 
Đối với phytoplasma, một phƣơng pháp truyền thống nhằm định danh và 
phân loại các nhóm là dựa trên phân tích đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn 
(restriction fragment length polymorphism, RFLP) của sản phẩm PCR vùng gen 
mã hóa 16S RNA ribosome (Lee et al., 2000). Dựa trên cơ sở này, đầu tiên, phân 
tích sản phẩm PCR lồng dùng cặp mồi R16F2n/R16R2 của các mẫu cây sắn bị 
bệnh chổi phù thuỷ bằng 4 enzym cắt giới hạn là EcoRI, HhaII, HpaI và TaqI. 
Kết quả phân tích cho thấy tất cả 9 mẫu thí nghiệm, BRVT-01, BRVT-02, 
QNg-01, QNg-02, KT-01, TN-01, ĐN-01, ĐN-02 và BP-01, đều tạo các băng 
giống nhau đối với cả 4 enzym này (hình 4.7), cả 4 enzym cắt giới hạn này chƣa 
đủ để phân biệt các nhóm phytoplasma, tuy nhiên, do giới hạn về nguồn enzym, 
đã không thể phân tích RFLP dùng các enzym khác. 
Hình 4.7. Phân tích sản phẩm PCR bằng kỹ thuật RFLP 
M: thang DNA 1kb (Fermentas). Từ 1 đến 9: các mẫu sắn bị bệnh chổi phù thuỷ gồm 1: BRVT-01, 
2: BRVT-02, 3: QNg-01, 4: QNg-02, 5: KT-01, 6: TN-01, 7: ĐN-01, 8: ĐN-02, 9: BP-01. 
 76 
4.3.2.2. Phân tích RFLP mô phỏng dựa trên trình tự sản phẩm PCR 
Phân tích RFLP mô phỏng (virtual RFLP) là công cụ phân loại và định 
danh rất hữu hiệu đối với phytoplasma. Kỹ thuật này, đƣợc thực hiện bởi một số 
phần mềm nhƣ pDRAW32 và iPhyClassifier, cho phép so sánh mô hình cắt của 1 
bộ gồm 17 enzym cắt giới hạn khác nhau trên trình tự gen mã hóa 16S RNA 
ribosome (Lee et al., 2000). 
Dựa trên trình tự gen của 19 mẫu phytoplasma hại sắn tại Việt Nam đã 
đƣợc giải trình tự thành công, tiến hành phân tích RFLP mô phỏng dùng chƣơng 
trình pDRAW32 với 17 loại enzym cắt nhằm xác định các nhóm phytoplasma. 
Ngoài ra, 7 mẫu tham khảo gồm 2 mẫu nhóm 16SrI (CWB-WF, MAY), 2 mẫu 
nhóm 16SrII (CWB-TQ, PnWB), 1 mẫu nhóm 16SrIII (CWB-Br02), 1 mẫu 
nhóm 16SrXV (HibWB) và 1 mẫu không phải là phytoplasma (A. laidlawii) sẵn 
có trên Ngân hàng Gen cũng đƣợc sử dụng trong phân tích làm mẫu tham khảo 
(bảng 4.11 và hình 4.8). 
Kết quả điện di trên gel mô phỏng (hình 4.11) cho thấy, mô hình cắt của 19 
mẫu phytoplasma hại sắn ở Việt Nam là giống nhau khi cắt với 8 enzym cắt 
(BamHI, BstUI, DraI, EcoRI, HhaI, HinfI, HpaI và SspI) và chúng cũng giống 
với mô hình cắt của phytoplasma hại sắn ở Wallis-Futuna (AY787139, nhóm 
16SrI-A), ở Trung Quốc (JQ957931, nhóm 16SrII-A), ở Bra-xin, GU193977, 
nhóm 16SrIII-B); hại cúc tây ở Hoa Kỳ (AY787139, nhóm 16SrI-A); hại lạc ở 
Đài Loan (L33765, nhóm 16SrII-A); hại bông bụp ở Bra-xin (AF147708, nhóm 
16SrXV-A). 
Mô hình cắt của 10 mẫu gồm BRVT-01 (JN381547), QNg-01 (JN381548), 
ĐN-01 (JN381549), KT-01 (JN381550), KT-17 (JQ973105), ĐN-34 (JQ973106), 
BP-01 (KC295284), ĐN-02 (KM360168), YB-01 (KM360166) và YB-02 
(KM360167) là giống nhau với 17 enzym cắt. Kết quả gợi ý rằng 10 mẫu này 
thuộc cùng một nhóm phytoplasma và chúng giống với mô hình cắt của 
phytoplasma hại sắn ở Wallis-Futuna (AY787139), trên cúc tây ở Hoa Kỳ 
(M30790) cùng thuộc nhóm 16SrI. 
Mô hình cắt của 9 mẫu gồm BRVT-02 (KC295285), QNg-19.2 
(KM360169), BR-5 (KM360170), BR-7.2 (KM360171), BR-9.1 (KM360172), 
T7-ĐN (KM280679), T11-QNg (KM280680), T18-TN (KM280681) và T19-
BRVT (KM280682) là giống nhau với 17 loại enzym cắt. Do đó, 10 mẫu này 
 77 
thuộc cùng một nhóm phytoplasma và chúng giống với mô hình cắtcủa 
phytoplasma hại sắn ở Trung Quốc (JQ957931) và trên cây lạc ở Đài Loan 
(L33765) đã đƣợc công bố và cùng thuộc nhóm 16SrII, nhƣng sai khác hẳn so 
với các mô hình cắt của phytoplasma thuộc nhóm 16SrI, 16SrIIII và nhóm 
16SrXV. 
Bảng 4.11. Danh sách các mẫu dùng trong phân tích RFLP mô phỏng 
STT Mẫu Nguồn gốc (ký chủ, quốc gia) Nhóm-
nhóm phụ 
16S RNA 
ribosome 
Mã truy 
cập Ngân 
hàng Gen 
1 BRVT-01 Cây sắn (M. esculenta), Bà Rịa-Vũng Tàu 
Nghiên cứu 
này 
JN381547 
2 QNg-01 Cây sắn (M. esculenta), Quảng Ngãi JN381548 
3 ĐN-01 Cây sắn (M. esculenta), Đồng Nai JN381549 
4 KT-01 Cây sắn (M. esculenta), Kon Tum JN381550 
5 KT-17 Cây sắn (M. esculenta), Kon Tum JQ973105 
6 ĐN-34 Cây sắn (M. esculenta), Đồng Nai JQ973106 
7 BP-01 Cây sắn (M. esculenta), Bình Phƣớc KC295284 
8 ĐN-02 Cây sắn (M. esculenta), Đồng Nai KM360168 
9 YB-01 Cây sắn (M. esculenta), Yên Bái KM360166 
10 YB-02 Cây sắn (M. esculenta), Yên Bái KM360167 
11 CWB-WF Cây sắn (M. esculenta), Wallis - Futuna 16SrI-A AY787139 
12 MAY Cây cúc tây (Aster sp.), Hoa Kỳ 16SrI-B M30790 
13 BRVT-02 Cây sắn (M. esculenta), Bà Rịa-Vũng Tàu 
Nghiên cứu 
này 
KC295285 
14 QNg-19.2 Cây sắn (M. esculenta), Quảng Ngãi KM360169 
15 BR-5 Cây sắn (M. esculenta), Bà Rịa-Vũng Tàu KM360170 
16 BR-7.2 Cây sắn (M. esculenta), Bà Rịa-Vũng Tàu KM360171 
17 BR-9.1 Cây sắn (M. esculenta), Bà Rịa-Vũng Tàu KM360172 
18 T7-ĐN Cây sắn (M. esculenta), Đồng Nai KM280679 
19 T11-QNg Cây sắn (M. esculenta), Quảng Ngãi KM280680 
20 T18-TN Cây sắn (M. esculenta), Tây Ninh KM280681 
21 T19-BRVT Cây sắn (M. esculenta), Bà Rịa-Vũng Tàu KM280682 
22 CWB-TQ Cây sắn (M. esculenta), Trung Quốc 16SrII-A JQ957931 
23 PnWB Cây lạc (Arachis hypogaea), Đài Loan 16SrII-A L33765 
24 CWB-Br02 Cây sắn (M. esculenta), Bra-xin 16SrIII-B GU193977 
25 HibWB Cây bông bụp (Hibiscus rosa-sinensis), Bra-xin 16SrXV-A AF147708 
26 A. laidlawii Đối chứng ngoài nhóm phytoplasma - M23932 
 78 
BamHI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
BstUI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
DraI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
EcoRI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
HhaI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
Hình 4.8. Phân tích đa hình mô phỏng trình tự nucleotide bằng pDRAW32 
 79 
HinfI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
HpaI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
SspI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
AluI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
BfaI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
Hình 4.8. Phân tích đa hình mô phỏng trình tự nucleotide bằng pDRAW32 
 80 
HaeIII
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
HpaII 
KpnI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
MseI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
RsaI
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
Hình 4.8. Phân tích đa hình mô phỏng trình tự nucleotide bằng pDRAW32 
 81 
Sau96I
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
M 5 71 432 11 12 15148 199 13106 17 2322 M18 2620 21 2416 25
TaqI 
Hình 4.8. Phân tích đa hình mô phỏng trình tự nucleotide bằng pDRAW32 
M: Thang DNA chuẩn 174DNA-HaeIII với kích thƣớc cặp bazơ (base pair) từ trên xuống dƣới 
lần lƣợt là 1.353, 1.078, 872, 603, 310, 281, 271, 234, 194, 118 và 72 bp. Số thứ tự ở hàng trên cùng 
tƣơng ứng với các mẫu phân tích đƣợc chỉ rõ ở bảng 4.11. 
Có 9 enzym cắt gồm AluI, BfaI, HaeIII, HpaII, KpnI, MseI, RsaI, Sau96I và 
TaqI cho kết quả sai khác, phân biệt đƣợc rõ ràng giữa các mô hình cắt của 
phytoplasma thuộc nhóm 16SrI (12/25 mẫu) so với nhóm 16SrII (11/25 mẫu), so 
với nhóm 16SrIIII (1/25 mẫu) và so với nhóm 16SrXV (1/25 mẫu). 
Enzym KpnI, MseI RsaI và đƣợc coi là enzym khóa để phân biệt các nhóm 
phytoplasma khác nhau. Đối với mô hình cắt của phytoplasma thuộc nhóm 16SrI, 
enzym KpnI tạo ra 3 vạch băng có kích thƣớc khoảng 42, 188 và 473 bp trên bản 
điện di. Còn enzym MseI tạo ra 5 vạch băng có kích thƣớc khoảng 41, 45, 56, 
265 và 288 bp trên bản điện di; enz