Luận án Nghiên cứu đa dạng di truyền và sử dụng một số giống lúa màu triển vọng ở Việt Nam

uộc nhóm này đều có đặc điểm chung là dạng hạt bán thon, hàm lượng amylose rất 
thấp (2 - 10%), không thơm, có màu sắc vỏ gạo tím, hàm lượng anthocyanin cao đạt 
485 mg (GBVN 009446) và 493 mg (GBVN012983) 
Nhóm III gồm 43 mẫu giống lúa màu (GBVN002013, GBVN002019, 
GBVN002024, GBVN002093, GBVN002468,.v.v..) là nhóm có hàm lượng anthocyanin 
thấp (<46 mg) và có màu sắc vỏ gạo màu nâu hoặc màu nâu đỏ. Đặc biệt có 01 mẫu giống 
Kháu dói dạng 2 (GBVN007715) có hương thơm và 14 mẫu giống thơm nhẹ. 
Nhóm IV chỉ có 1 mẫu giống Khẩu cẩm xẳng (GBVN018073) có nguồn gốc từ 
Con Cuông, Nghệ An. Nhóm này tách biệt hẳn với 3 nhóm còn lại, thuộc phân loài 
phụ Indica, dạng hạt thon, có màu sắc vỏ gạo tím và đặc biệt là giống có hàm lượng 
anthocyanin cao nhất trong tập đoàn 90 mẫu giống lúa màu nghiên cứu (685 mg). 
68 
Hình 3. 4. Cây phả hệ biểu hiện mối quan hệ đa dạng của các mẫu giống 
lúa màu dựa trên chỉ tiêu chất lượng 
69 
3.1.2 Đánh giá đa dạng dựa trên khả năng chịu hạn 
3.1.2.1 Đánh giá khả năng chịu hạn trong điều kiện phòng thí nghiệm 
 KClO3 là muối không độc cho cây nên thường được sử dụng gây hạn nhân tạo 
do làm tăng áp suất thẩm thấu (Trần Nguyên Tháp, 2001; CIMMYT, 2005). Vì vậy, sử 
dụng KClO3 để đánh giá gián tiếp khả năng chịu hạn của lúa là phương pháp đơn giản, 
dễ thực hiện, có độ tin cậy cao, góp phần rút ngắn thời gian và kinh phí sàng lọc các 
giống lúa chịu hạn. Trong nghiên cứu này, 90 mẫu giống lúa màu được tiến hành đánh 
giá khả năng chịu hạn thông qua tỉ lệ nảy mầm sau khi xử lý KClO3 3%, kết quả chi 
tiết được thể hiện qua bảng 3.7 và phụ lục 2. 
Bảng 3. 7. Đánh giá khả năng chịu hạn của các mẫu giống lúa nghiên cứu 
sau khi xử lý KClO3 3% 
Mã số Tên giống 
Tỉ lệ 
nảy 
mầm 
(%) 
 Mã số Tên giống 
Tỉ lệ 
nảy 
mầm 
(%) 
GBVN001912 Bèo cú 96,00 GBVN008693 Kháu cặm cỏ 89,33 
GBVN002013 Pe le chủa 88,67 GBVN008713 Plề lẩu sáng 71,33 
GBVN002019 Plei ha 40,00 GBVN008717 Plề sáng lọi 96,67 
GBVN002022 Nếp cẩm nương 97,33 GBVN008755 Kháu cặm kỵ 83,33 
GBVN002024 Bảo đảm 98,00 GBVN008770 Lọ cắm 80,00 
GBVN002056 Nếp cẩm đen 89,33 GBVN009446 Plào cô cắm 74,67 
GBVN002093 Khẩu pet lanh 99,33 GBVN009914 Khẩu lếch 67,33 
GBVN002102 Ne diêm 84,00 GBVN012319 Ngọ hiềng 91,33 
GBVN002468 Khẩu pẹ 94,67 GBVN012352 Khẩu lếch 64,67 
GBVN002509 Khẩu lếch 1 76,00 GBVN012565 Kháu tăng sản chạ 95,33 
GBVN002515 Khẩu lếch 2 dạng 2 89,33 GBVN012593 Kháu cao lan đạnh 98,33 
GBVN003562 Nả plề la 98,00 GBVN012983 Blàu cà đáyk 94,00 
GBVN003918 Khẩu lơ 98,00 GBVN013001 Blề chống la 86,00 
GBVN003921 Pe lanh 93,33 GBVN013005 Blề trông lá 96,67 
GBVN003926 Khẩu lếc 95,33 GBVN013010 Blề mùa chua 98,67 
GBVN003929 Khẩu lếc 92,00 GBVN013282 Plề sáng 95,33 
GBVN003969 Ble sá 84,00 GBVN013293 Khẩu lếch 95,33 
GBVN004003 Tả cú dạng 2 89,33 GBVN013321 Bèo cú 94,67 
GBVN004019 Blè chua tế dạng 1 94,67 GBVN013354 Plề blậu sáng 98,67 
GBVN004020 Blè chua tế dạng 2 96,67 GBVN013392 Biều cú 87,33 
GBVN004083 Khẩu xiên păn 87,33 GBVN014210 Blề blậu xá 87,33 
GBVN004153 Mố tạ dạng 2 98,67 GBVN014220 Khẩu ma cha 90,67 
GBVN004199 Nếp cẩm có râu 88,67 GBVN014259 Plề la 98,00 
GBVN004688 Blề tớ 98,67 GBVN014269 Khẩu pe lạnh 95,33 
GBVN004732 Tẻ mun 94,67 GBVN014271 Plề là già 89,33 
70 
Mã số Tên giống 
Tỉ lệ 
nảy 
mầm 
(%) 
 Mã số Tên giống 
Tỉ lệ 
nảy 
mầm 
(%) 
GBVN005017 Khẩu giòi Hò He 94,00 GBVN014276 Blẩu đu 92,67 
GBVN005034 Pờ lề pờ lẩu xá 96,67 GBVN014283 Blề sang 91,33 
GBVN005078 Lúa bát 98,00 GBVN014360 Plẩu xa 91,33 
GBVN005101 Nếp than 96,67 GBVN014413 Plề mà mủ 96,67 
GBVN005102 Cu nhỏ cu san 94,00 GBVN014414 Plề mà mủ 97,33 
GBVN005175 Đếp cu hòm 83,33 GBVN014418 Plề chứa chưa 96,67 
GBVN006402 Pàu cẩm 38,67 GBVN014419 Plề mà mủ 89,33 
GBVN007146 Nếp bé lạnh 88,67 GBVN014471 Plề chủa 89,33 
GBVN007151 Pé lạnh 93,33 GBVN014482 Plề mảng chính 93,33 
GBVN007209 Vông đỏ đồi 90,00 GBVN014617 Plẩu song 92,00 
GBVN007282 A tụt dạng 2 94,67 GBVN014644 Plẩu sáng 87,33 
GBVN007715 Kháu dói dạng 2 96,67 GBVN014650 Blề blẩu sáng 90,67 
GBVN008212 Khẩu lếch lón 90,00 GBVN014654 Plề bán cạng 97,33 
GBVN008231 Kháu cặm kỵ 90,00 GBVN014840 Khẩu lếch 91,33 
GBVN008251 Kháu phách 90,67 GBVN014846 Plệ plậu sáng 92,00 
GBVN008254 Kháu cặm kỵ 77,33 GBVN014850 Ngọ kiên 91,33 
GBVN008631 Kháu cẩm pưng 90,00 GBVN017861 Khẩu cằm 95,33 
GBVN008657 Kháu dòi he 98,67 GBVN018069 Khẩucẩmngâu 95.67 
GBVN008672 Ngọnt hiềng 93,33 GBVN018073 Khẩucẩmxẳng 92,33 
GBVN008674 Kháu dòi mới 92,00 ĐC1 CH 05 88,67 
GBVN008678 Kháu ho he 89,33 ĐC2 IR 64 45,67 
LSD 5% : 7,38 
CV% : 4,58 
Hình 3. 5. Tỉ lệ nảy mầm của các mẫu giống lúa màu ở các mức chịu hạn 
sau khi xử lý KClO3 3% 
71 
Kết quả bảng 3.7 cho thấy các mẫu giống lúa sau khi xử lý với dung dịch 
KClO3 3% có tỉ lệ nảy mầm khác nhau dao động từ 38,67% đến 99,33% với sai số thí 
nghiệm 4,58%. Đồng thời, với kết quả tổng hợp thông qua hình 3.5 có thể nhận thấy: 
đa số các mẫu giống đạt tỉ lệ nảy mầm cao và khá chiếm tỉ lệ tương ứng 63,33% và 
33,33% như lúa Bát (GBVN005078), Cu nhỏ cu san (GBVN005102), Plề mà mủ 
(GBVN0014413), Khẩu cẩm ngâu (GBVN0018069), Khẩu cẩm xẳng 
(GBVN0018073), .v.v. Một số mẫu giống có tỉ lệ nảy mầm tương đương đối chứng 
IR64 như Plei ha (GBVN002019), Pàu cẩm (GBVN006402). Trong khi đó, một số 
mẫu giống có tỉ lệ nảy mầm khá nhưng chóp mầm bị thâm đen hoặc teo lại hoặc rễ 
mầm ngắn, không phát triển như giống Tẻ mun (GBVN004732) (Hình 3.6). 
Hình 3. 6. Hình ảnh nảy mầm đại diện của một số mẫu giống lúa màu 
Đề tài theo dõi tiếp khả năng chịu hạn ở giai đoạn cây con thông qua khả năng 
kéo dài thân và rễ của 90 mẫu giống lúa màu trong môi trường có chứa dung dịch 
KClO3 1%. Về lý thuyết, những cây có khả năng hút nước trong môi trường KClO3 
1% để kéo dài thân và rễ là những cây có khả năng chịu độc, keo nguyên sinh có khả 
năng giữ nước, do đó tế bào và mô ít bị hại, chứng tỏ cây có tính chịu hạn, ngược lại, 
nếu cây không thể kéo dài thân và rễ là những cây không có khả năng sinh trưởng 
trong điều kiện thiếu nước. Kết quả nghiên cứu đo chiều dài thân và chiều dài rễ của 
các mẫu giống (giai đoạn 3 lá thật) sau 7 ngày xử lý KClO3 1% được thể hiện chi tiết 
trong phụ lục 3 và bảng 3.8. 
72 
Bảng 3. 8. Kết quả chiều dài thân và chiều dài rễ của một số mẫu giống có khả năng sinh trưởng 
trước và sau xử lý KClO3 1% 
STT Mã số NHG Tên giống 
Đối chứng H2O Dung dịch KClO3 1% 
Chiều dài rễ (cm) Chiều dài thân (cm) Chiều dài rễ (cm) Chiều dài thân (cm) 
Sau 14 
ngày 
Sau 21 
ngày 
Sau 14 
ngày 
Sau 21 
ngày 
Sau 14 
ngày 
Sau 21 
ngày 
Sau 14 
ngày 
Sau 21 
ngày 
1 GBVN003929 Khẩu lếc 2,90 5,50 6,93 8,47 2,63 4,53 5,73 7,30 
2 GBVN005078 Lúa bát 3,23 5,50 5,20 7,93 3,33 5,27 6,37 7,57 
3 GBVN005102 Cu nhỏ cu san 4,03 5,80 7,30 8,33 4,20 5,37 7,03 8,13 
4 GBVN007715 Kháu dói dạng 2 3,73 5,93 7,13 8,60 3,80 5,60 7,37 8,43 
5 GBVN008254 Kháu cặm kỵ 4,13 5,60 7,17 8,70 4,03 5,70 7,30 8,60 
6 GBVN008674 Kháu dòi mới 3,63 5,80 7,20 8,50 3,60 5,27 7,63 8,73 
7 GBVN008678 Kháu ho he 4,00 5,20 6,93 8,23 3,77 4,67 6,17 8,33 
8 GBVN008693 Kháu cặm cỏ 4,60 5,23 6,60 8,20 3,33 4,80 6,03 7,80 
9 GBVN014283 Blề sang 3,43 5,47 6,70 8,53 3,67 5,40 6,63 8,47 
10 GBVN014413 Plề mà mủ 3,20 5,33 6,53 8,57 3,23 5,03 6,80 8,50 
11 GBVN014414 Plề mà mủ 3,53 5,47 5,87 8,50 3,63 5,40 5,67 8,37 
12 GBVN014617 Plẩu song 3,77 5,50 6,03 8,43 3,53 5,33 6,57 8,23 
13 GBVN018069 Khẩu cẩm ngâu 4,97 5,37 6,70 8,37 4,63 5,20 6,53 8,23 
14 GBVN018073 Khẩu cẩm xẳng 4,57 5,37 7,13 8,60 4,53 5,27 6,93 8,47 
ĐC1 CH 05 3,60 5,40 6,30 8,53 3,03 4,90 6,30 7,67 
ĐC2 IR 64 4,97 5,90 6,23 7,67 3,90 4,70 5,33 6,17 
 LSD 5% (KClO3) 0,19 0,23 
 LSD 5% (KClO3*G) 0,55 0,63 
 CV % 6,6 4,9 
73 
 Xem xét khả năng tăng chiều dài thân và chiều dài rễ của các giống nghiên cứu so 
với giống đối chứng trong môi trường có KClO3 1% và môi trường đối chứng (H2O), 
nhận thấy, trong môi trường có KClO3 1% chiều dài thân và chiều dài rễ của các giống 
đều giảm mạnh, chiều dài thân của 90 mẫu giống sau xử lý tăng nhiều nhất là 2,33 cm và 
thấp nhất là 0,27 cm; chiều dài rễ tăng nhiều nhất là 1,87 cm và thấp nhất là 0,23 cm. Một 
số giống sau khi xử lý KClO3 1% có chiều dài thân và chiều dài rễ tương đương với CH5 
nhưng khả năng kéo dài thân và rễ lại kém hoặc không có khả năng tăng chiều dài thân 
và rễ sau 7 ngày xử lý với KClO3 1% như Khẩu pẹ (GBVN 002468), Khẩu lếc (GBVN 
003926), Lọ cắm (GBVN 008770), Blề blẩu sáng (GBVN 014650) .v.v, Trong khi đó, 
một số giống lại có khả năng tăng chiều dài thân tương đương hoặc hơn đối chứng CH5 
như lúa Bát (GBVN 005078), Khẩu cặm kỵ (GBVN 008254), Kháu dòi mới (GBVN 
008674) .v.v.; hoặc một số giống có khả năng tăng chiều dài rễ tương đương đối chứng 
CH5 như Khẩu lếc (GBVN 003929), Plề mà mủ (GBVN 014413, GBVN 014414), Khẩu 
cẩm xẳng (GBVN 018073) .v.v. (Hình 3.7). 
Hình 3. 7. Khả năng sinh trưởng của giống lúa Khẩu cẩm xẳng 
trong dung dịch KClO3 1% 
74 
Như vậy, thông qua các giá trị về chiều dài thân và chiều dài rễ, đã phát hiện được 
14 mẫu giống có khả năng kéo dài chiều dài thân hoặc chiều dài rễ hoặc đồng thời cả 
chiều dài thân và chiều dài rễ cao hơn hoặc tương đương với đối chứng chuẩn chống chịu 
CH5 với độ tin cậy ở mức 95% (Bảng 3.8). Kết quả này rất có ý nghĩa và tương tự như 
nghiên cứu của Nguyễn Thị Hảo và cs (2013) cho rằng: trên cây lúa bộ rễ nào có độ sâu 
rễ càng lớn thì khả năng hút nước khi xảy ra hạn càng tốt, tức khả năng chịu hạn cao. 
Tương tự, Fischer el al., (2003) cũng đã khẳng định rễ của nhiều giống lúa Indica ăn 
sâu đến 60 cm và ở độ sâu này khả năng hút nước của rễ dường như vẫn bình thường. 
3.1.2.2 Đánh giá khả năng chịu hạn ở giai đoạn đẻ nhánh của các mẫu giống lúa 
trong điều kiện nhà lưới 
 Nhiều nghiên cứu trước đây đã chỉ ra khả năng chịu hạn ở cây lúa có liên quan đến 
nhiều đặc điểm khác nhau của rễ, thân và lá như khả năng cuộn lá, khả năng tăng cường 
phát triển rễ, hiệu quả sử dụng nước, v.v. Nghiên cứu của Pham Van Cuong (2009) đã chỉ 
ra rằng khả năng chịu hạn của cây lúa ở giai đoạn đẻ nhánh có liên quan đến độ thoát hơi 
nước và cường độ quang hợp. Các chỉ tiêu này liên quan đến độ cuốn lá và độ khô của lá 
sau khi gây hạn. Mặt khác, khả năng chịu hạn trong môi trường thiếu nước cũng được ghi 
nhận thông qua khả năng phục hồi của cây (Fischer el al., 2003). Vì vậy, nghiên cứu đã 
thực hiện theo phương pháp của Fischer el al., 2003 (IRRI) để đánh giá khả năng chịu 
hạn của lúa ở giai đoạn đẻ nhánh thông qua các chỉ tiêu theo dõi gồm: độ cuốn lá và khả 
năng phục hồi của cây. 
Kết quả độ cuốn lá và khả năng phục hồi của 90 mẫu giống nghiên cứu sau khi 
tiến hành gây hạn 15 - 21 ngày được thể hiện chi tiết qua phụ lục 5 và hình 3.8. 
75 
Hình 3. 8. Khả năng chịu hạn và phục hồi của các mẫu giống lúa màu 
sau 15 – 21 ngày gây hạn 
Hình 3.8 cho thấy: sau 15 – 21 ngày gây hạn, số mẫu giống có khả năng chịu hạn 
chiếm 14,44% và không chịu hạn là 85,56 %. Khả năng phục hồi của các mẫu giống chủ 
yếu đạt mức phục hồi tốt và khá (tương ứng 22,22% và 53,33%), chỉ có 1 giống không có 
dấu hiệu phục hồi là Plei ha (GBVN 002019). 
Hình 3. 9. Khả năng chịu hạn ở giai đoạn đẻ nhánh của một số giống điển hình 
trong nghiên cứu sau khi gây hạn nhân tạo 
 Kết quả có đến 95% mẫu giống thí nghiệm có khả năng phục hồi sau 12 - 24 giờ 
được cung cấp đủ nước sau gây hạn nhân tạo, điển hình như lúa Bát (GBVN 005078), 
76 
Khẩu pẹ (GBVN 002468), Kháu cặm kỵ (GBVN 008231).v.v. Bên cạnh đó, một số mẫu 
giống vừa có khả năng chịu hạn, vừa có khả năng phục hồi tốt tương đương với đối chứng 
chuẩn CH5, điển hình như Kháu cặm kỵ (GBVN 008254), Plề mà mủ (GBVN 014413, 
014414), Khẩu cẩm ngâu (GBVN 018069), Khẩu cẩm xẳng (GBVN 18073), .v.v. 
 Như vậy, trong số 90 mẫu giống lúa màu nghiên cứu, đề tài đã sàng lọc và phát 
hiện được 13 mẫu giống có khả năng chịu hạn tốt dựa trên đánh giá ở giai đoạn nảy mầm, 
cây con và đẻ nhánh, cụ thể như sau: 
TT Tên mẫu giống Mã số NHG TT Tên mẫu giống Mã số NHG 
1 Khẩu lếc GBVN 003929 8 Blề sang GBVN 014283 
2 Lúa Bát GBVN 005078 9 Plề mà mủ GBVN014413 
3 Cu nhỏ cu san GBVN 005102 10 Plề mà mủ GBVN014414 
4 Kháu dói dạng 2 GBVN 007715 11 Plẩu song GBVN 014617 
5 Kháu dòi mới GBVN 008674 12 Khẩu cẩm ngâu GBVN 018069 
6 Kháu ho he GBVN 008678 13 Khẩu cẩm xẳng GBVN 018073 
7 Kháu cặm cỏ GBVN 008693 
3.1.2.3 Phân tích đa dạng của các mẫu giống lúa màu dựa trên khả năng chịu hạn 
 Sơ đồ hình cây (hình 3.10) thể hiện mối quan hệ đa dạng giữa các mẫu giống lúa 
màu dựa vào khả năng chịu hạn, có thể thấy khoảng cách Euclide giữa các mẫu giống 
nghiên cứu dao động từ 0,03 đến 6,69. Tập đoàn 90 mẫu giống lúa nghiên cứu đã phân 
tách thành 2 nhóm riêng biệt ở mức tương đồng 6,69. 
Nhóm I gồm 14 mẫu giống nghiên cứu và giống đối chứng chuẩn chịu hạn CH5. 
Trong đó, 11 mẫu giống có khả năng chịu hạn ở cả 3 giai đoạn đều nằm trong nhóm này. 
Riêng mẫu giống Kháu cặm kỵ (GBVN 008254) với tỉ lệ nảy mầm thấp đã nằm tách biệt 
77 
với 11 mẫu giống còn lại ở khoảng cách di truyền 4,03 và mẫu giống Kháu cặm cỏ 
(GBVN 008693) mặc dù có khả năng chịu hạn tốt nhưng khả năng phục hồi chỉ đạt điểm 
5 đã nằm tách biệt với mẫu giống Kháu dói dạng 2 (GBVN 007715) và mẫu giống Blề 
sang (GBVN 014283) tại khoảng cách di truyền 2,69. Đồng thời, có thể nhận thấy mẫu 
giống Tẻ mun (GBVN 004732) được đánh giá là không có khả năng chịu hạn cũng xuất 
hiện trong nhóm này, lý do có thể đây là giống có khả năng phục hồi tốt và trong giai 
đoạn cây con, có chiều dài thân và chiều dài rễ tương đương với giống đối chứng CH5. 
 Nhóm II: gồm các mẫu giống còn lại, được xếp cùng phân nhóm với giống chuẩn 
mẫn cảm IR64. Điều đặc biệt là trong nhóm này, mẫu giống lúa Bát (GBVN 005078) đã 
nằm tách biệt với các giống còn lại và đối chứng chuẩn mẫn cảm IR64 tại khoảng cách di 
truyền 6,58 do mẫu giống lúa Bát có khả năng chịu hạn rất tốt ở giai đoạn nảy mầm và 
cây con. Mặt khác, tại khoảng cách di truyền 4,36 giống IR64 cùng với mẫu giống Pàu 
cẩm (GBVN 006402) và Plei ha (GBVN 002019) nằm tách biệt với 72 giống còn lại 
trong nghiên cứu; kết quả này hoàn toàn phù hợp vì đây là 3 mẫu giống có tỉ lệ nảy mầm 
rất thấp so với các mẫu giống trong tập đoàn nghiên cứu. 
78 
Hình 3. 10. Cây phả hệ biểu hiện mối quan hệ đa dạng giữa các mẫu giống lúa màu 
dựa trên khả năng chịu hạn 
79 
3.1.3 Đánh giá đa dạng di truyền sử dụng chỉ thị phân tử SSR 
3.1.3.1 Kết quả tách chiết ADN tổng số 
Trong nghiên cứu này đã sử dụng phương pháp CTAB có cải tiến để tách chiết 
ADN tổng số của 90 mẫu giống lúa màu đảm bảo độ tinh sạch và nguyên vẹn. Mẫu ADN 
được điện di và kiểm tra mẫu trên gel Agarose 1% với Lamda ADN 50ng/µl và nồng độ 
được đo bằng máy quang phổ nanodrop ở bước sóng OD260/OD280. 
Hình 3. 11. Ảnh điện di ADN tổng số của các mẫu giống lúa màu 
( STT từ 1-90 tương ứng với mã số NHG ở phụ lục1) 
Kết quả điện di hình 3.11 cho thấy ADN tổng số thu được đều nguyên vẹn, độ tinh 
sạch nằm trong khoảng từ 1,8 đến 2,0 và có nồng độ của ADN khá cao từ 150-300 ng/µl. 
3.1.3.2. Phân tích đa hình các mẫu giống lúa bằng chỉ thị SSR 
* Hệ số PIC, số alen và đặc trưng 
Để đánh giá đa dạng di truyền của 90 mẫu giống lúa màu, nghiên cứu đã sử dụng 40 
cặp mồi SSR được định vị trên bộ nhiễm sắc thể lúa. Tổng số thu được 3.600 phản ứng 
PCR (hình 3.12, 3.13, 3.14, 3.15, 3.16, 3.17). 
80 
Hình 3. 12. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các mẫu giống lúa màu bằng chỉ thị 
RM228 
Hình 3. 13. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các mẫu giống lúa màu bằng chỉ thị 
RM1376 
81 
Hình 3. 14. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các mẫu giống lúa màu bằng chỉ thị 
RM339 
Hình 3. 15. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các mẫu giống lúa màu bằng chỉ thị 
RM5647 
82 
Hình 3. 16. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các mẫu giống lúa màu bằng chỉ thị 
RM144 
Hình 3. 17. Ảnh điện di sản phẩm PCR của các mẫu giống lúa màu bằng chỉ thị 
RM208 
83 
Kết quả phân tích 40 locut SSR với 90 mẫu giống lúa màu cho thấy sản phẩm PCR 
là các băng có kích thước nằm trong khoảng 80- 425 bp. Tại mỗi locut, kích thước các 
alen thu được trong tập đoàn nghiên cứu biến thiên trong khoảng từ 7 bp (RM5948) cho 
đến 125 bp (RM20590) (hình 3.18). 
Hình 3. 18. Biến động kích thước alen tại các locut nghiên cứu 
Tổng số alen được phát hiện tại 40 locut là 184 alen. Số alen đa hình tại mỗi locut 
biến động từ 3 alen (RM5364) đến 12 alen (RM5647), trung bình đạt 7,1 alen/locut. Có 5 
cặp mồi cho 4 alen (RM27274, RM201, RM5948, RM347, RM138), có đến 6 cặp mồi 
cho 5 alen (RM346, RM208, RM17231,RM3866, RM280, RM14226), có đến 4 cặp mồi 
cho 10 alen (RM541 RM6314, RM23251, RM339), riêng 2 cặp mồi RM250, RM228 cho 
11 alen. 
Trong số 40 locut nghiên cứu có 11 chỉ thị xuất hiện alen đặc trưng RM250, 
RM302, RM10926, RM208, RM227, RM17231, RM23251, RM5647, RM1376, RM339 
và RM228 ở 10 mẫu giống lúa màu Pe le chủa (GBVN002013), Khẩu cằm 
(GBVN017861), Kháu cặm kỵ (GBVN008231), Khẩu cẩm xẳng (GBVN018073), Plề mà 
mủ (GBVN014419), A tụt dạng 2(GBVN007282), Kháu phách (GBVN008251), Plào cô 
cắm (GBVN009446), Khẩu giòi Hò He (GBVN005017). Các alen đặc trưng đã được phát 
hiện sẽ giúp nhận dạng các mẫu giống trên nhờ xuất hiện các băng ADN có kích thước 
khác nhau như mẫu giống Khẩu cẩm xẳng (GBVN018073) có nguồn gốc ở Con cuông, 
Nghệ An được nhận dạng bằng 3 chỉ thị RM10926, RM208 và RM5647, tương tự mẫu 
84 
giống lúa màu Plềmàmủ (GBVN014419), có thể nhận dạng bằng chỉ thị RM227, 
RM23251 và RM339 và mẫu giống Kháu phách (GBVN008251) có nguồn gốc ở Mộc 
Châu, Sơn La có thể nhận dạng bằng 2 chỉ thị RM5647, RM228. 
Bảng 3. 9.Thông tin đa hình tại các locut SSR nghiên cứu của các mẫu giống 
lúa màu 
TT Locut NST 
Số 
alen 
Kích 
thước 
alen 
nhỏ 
nhất 
(bp) 
Kích 
thước 
alen lớn 
nhất 
(bp) 
Số 
alen 
đặc 
trưng 
Mẫu giống xuất 
hiện alen đặc 
trưng (Mã số 
NHG) 
PIC 
1 RM250 2 11 140 187 1 
GBVN002013 
(140bp) 
0,84 
2 RM302 1 8 125 162 1 
GBVN0017861 
(125bp) 
0,72 
3 RM 10926 1 9 140 160 2 
GBVN008231 
(140bp) 
GBVN018073 
(160bp) 
0,78 
4 RM 541 6 10 148 195 0,80 
5 RM 21969 7 9 88 102 0,85 
6 RM 346 7 5 140 160 0,68 
7 RM 27274 11 4 220 240 0,61 
8 RM 201 9 4 130 158 0,60 
9 RM 208 2 5 160 173 1 
GBVN018073 
(173bp) 
0,41 
10 RM 227 3 6 95 110 1 
GBVN014419 
(110bp) 
0,49 
85 
11 RM 611 5 9 213 238 0,81 
12 RM 122 5 8 230 243 0,84 
13 RM 6314 4 10 142 169 0,87 
14 RM 3825 1 9 140 165 0,84 
15 RM 17231 4 5 80 95 1 
GBVN007282 
(80bp) 
0,73 
16 RM 27027 11 8 165 182 0,81 
17 RM 20589 6 6 242 270 0,73 
18 RM 144 11 6 220 275 0,76 
19 RM 23251 8 10 210 267 1 
GBVN004199 
(267bp) 
0,83 
20 RM 1233 11 9 150 190 0,76 
21 RM 5647 8 12 98 138 2 
GBVN008251 
(98bp), 
GBVN018073 
(102bp) 
0,89 
22 RM 1376 8 7 180 205 1 
GBVN009446 
(205bp) 
0,76 
23 RM 339 8 10 135 190 2 
GBVN005017(138b
p), GBVN014419 
(135bp) 
0,79 
24 RM 228 10 11 102 122 1 
GBVN008251 
(118bp) 
0,82 
25 RM 5948 5 4 138 145 0,49 
26 RM 20590 6 8 300 425 0,83 
27 RM 316 9 6 192 240 0,78 
28 RM 5473 4 8 87 112 0,84 
29 RM 224 11 7 120 157 0,68 
86 
30 RM 3866 4 5 150 170 0,72 
31 RM 247 12 6 125 180 0,7 
32 RM6836 6 7 225 275 0,81 
33 RM347 3 4 207 240 0,48 
34 RM 270 12 5 110 140 0,77 
35 RM 1359 4 7 150 180 0,82 
36 RM 21077 7 6 160 187 0,82 
37 RM 138 2 4 200 233 0,75 
38 RM 14226 2 5 280 300 0,76 
39 RM 5536 1 8 140 165 0,85 
40 RM 5364 12 3 150 160 0,66 
 Thấp nhất 3 80 95 1 0,41 
 TB 7.1 0,74 
 Cao nhất 12 300 425 2 0,89 
 Tổng số 284 14 
 Ghi chú: TB: Trung bình PIC: Hệ số đa hình 
Hệ số đa hình PIC thu được tại 40 locut SSR nghiên cứu dao động từ 0,41 
(RM208) đến 0,89 (RM5647). Hệ số PIC trong nghiên cứu trung bình đạt được là 0,74. 
Kết quả này thấp hơn so với nghiên cứu đa dạng di truyền 45 giống lúa màu thu thập tại 
Ấn Độ của Gowda et al., (2012) với hệ số PIC trung bình đạt 0,84 và đạt cao hơn các 
nghiên cứu về lúa trước đâ