Luận án Nghiên cứu đa dạng quần xã vi khuẩn kỵ khí trong các lô xử lý chất diệt cỏ/dioxin bằng phương pháp phân hủy sinh học

trình bày ở Hình 3.1. 
Nhìn chung, VK KSF phát hiện được bằng DGGE ở Đà Nẵng đa dạng hơn so 
với Biên Hòa. Trên điện di đồ cho thấy có từ 7-13 băng DNA trên mỗi lô xử lý ở Đà 
Nẵng (Hình 3.1A). Số lượng các băng DNA của VK KSF ở Biên Hòa ít hơn, từ 5-7 
băng và các băng thu được không nét (Hình 3.1B). Từ kết quả phân tích DGGE, các 
băng đậm nét và đặc trưng cho các mẫu được lựa chọn để xác định trình tự. Cây phát 
70 
sinh chủng loại dựa trên trình tự đoạn gene 16S rRNA cho thấy các VK KSF ở Biên 
Hòa và Đà Nẵng có quan hệ gần với các chi Desulfovibrio, Desulfococcus, 
Desulfosarcinar, Desulfobacterium (Hình 3.2). 
A 
B 
 Hình 3.1. Điện di đồ DGGE với cặp mồi DCC305f/DSV838r đặc hiệu cho VK 
KSF từ các mẫu ở lô xử lý tại Đà Nẵng (A) và Biên Hòa (B) 
Chú thích: P1, P2, P3, P4, P5: Các mẫu đất ở lô xử lý 2 m3 sau 10 tháng; 10DNT, 
100DNT: các mẫu đất ở lô xử lý 10 m3 và 100 m3 sau 10 năm; M1, M2, M3, M4: các mẫu 
đất ở lô xử lý 3.384 m3 sau 18 tháng xử lý; Marker: 1kb. 
Tất cả các dòng VK KSF lựa chọn đã được đăng ký trên GenBank với mã số 
như đã trình bày trên Bảng 3.2. Số liệu ở Bảng 3.2 thể hiện mối quan hệ giữa một số 
dòng VK KSF trong các lô xử lý so với các dòng VK gần gũi. 
71 
Hình 3.2. Cây phát sinh chủng loại của VK KSF trong các lô xử lý. Thanh bar thể hiện sự 
sai khác giữa các nucleotide (2/100 nucleotide) 
Bảng 3.2. Mối quan hệ giữa một số dòng VK KSF tại các lô xử lý và một số VK gần gũi 
STT Địa 
điểm 
Dòng 
Mã số trên 
GenBank 
Vi khuẩn/dòng gần gũi 
% tương 
đồng 
1 
B
iê
n
 H
ò
a
SRBBH1 KC985170 Desulfococcus multivoransclone 2059 99% 
2 SRBBH2 KC985168 Desulfovibrio sp. BDN100T 99% 
3 SRBBH3 KC985169 Desulfovibrio sp. BH3 99% 
4 SRBBH4 KF358993 Desulfosarcina sp. SD1 98% 
5 
Đ
à
 N
ẵ
n
g
SRBDNP1 KF358996 Desulfosarcina variabilis 99% 
6 SRBDNP2.3 KF358991 Desulfosarcina cetonica 480 98% 
7 SRBDNP2.5 KF358995 Desulfovibrio sp. BDN10DNT 98% 
8 SRBDNP3 KF358990 Desulfobacterium indolicum In04 97% 
9 SRBDNP4 KF358989 Desulfobacteriu mindolicum In04 99% 
10 SRBDNP5 KF358994 Desulfovibrio sp. GY2 clone 1 98% 
11 SRBDN10DNT KF358992 Desulfococcus sp. DSM 8541 99% 
12 SRBDN100DNT KF358997 Desulfovibrio sp. BH3 99% 
72 
3.1.3. Đa dạng vi khuẩn Dehalococcoides trong các lô xử lý 
Dehalococcoides được xem là “thợ khử clo” nhưng chúng thường có số lượng 
thấp, rất khó phân lập và nuôi cấy bằng các kỹ thuật truyền thống. Trong nghiên cứu 
này, kỹ thuật nested-PCR và DGGE đã được sử dụng để đánh giá sự đa dạng của 
nhóm Dehalococcoides trong các lô xử lý. Kết quả về sự đa dạng Dehalococcoides 
được trình bày trên Hình 3.3. 
Hình 3.3. Điện di đồ DGGE phân tích sự đa dạng VK Dehalococcoides ở các lô xử lý 
Chú thích: 4.4, 3.4, 3.3, 2.2, 1.2, 1.1: các vị trí lấy mẫu tại lô xử lý 3.384 m3 ở Biên Hòa; 
P5: lô xử lý 2 m3 tại Đà Nẵng, 100DNT, 10DNT: lô xử lý 100 m3, 10 m3 tại Đà Nẵng; 
HC, HA: mẫu từ hồ C và hồ A tại Đà Nẵng. M: Marker 1kb 
Từ Hình 3.3 ta thấy, nhóm VK Dehalococcoides được phát hiện ở các vị trí 
1.1, 1.2, 2.2, 3.3, 3.4 và 4.4 ở các lô xử lý Biên Hòa, các lô xử lý P5, 10DNT, 
100DNT và hồ A, hồ C ở Đà Nẵng. Dehalococcoides trong các mẫu ở vị trí 4.4, 1.1 
của Biên Hòa có độ đa dạng trung bình, chỉ 3 đến 4 băng DNA xuất hiện. Trong lô 
xử lý 1.2 tại Biên Hòa và lô xử lý P5 tại Đà Nẵng, VK Dehalococcoides đa dạng 
nhất (11 – 13 băng DNA). Kết quả thu được cho thấy quá trình loại khử clo xảy ra ở 
lô 1 vị trí lấy mẫu số 2 (1.2) của Biên Hòa và lô xử lý P5 của Đà Nẵng vào thời 
điểm lấy mẫu nghiên cứu là tốt nhất. 
73 
Từ kết quả phân tích bằng DGGE, 9 băng DNA đậm nét (4 băng ở Đà Nẵng và 
5 băng ở Biên Hòa), đặc trưng cho các mẫu đã được lựa chọn để xác định trình tự 
và xây dựng cây phát sinh chủng loại (Hình 3.4). 
Hình 3.4. Cây phát sinh chủng loại của Dehalococcoides trong các lô xử lý. Thanh bar thể 
hiện sự sai khác giữa các nucleotide (2/100 nucleotide) 
Bảng 3.3. Sự tương đồng của các dòng VK loại khử clo trong các lô xử lý với 6 chủng VK 
Dehalococcoides 
Dòng 
Địa 
điểm 
Mã số trên 
 GenBank 
Chủng D. mccartyi 
MB VS CBDB1 BAV1 FL2 195 
BDNP5 band 6 
Đ
à
 N
ẵ
n
g
 IQ677673 99% 99% 99% 99% 98% 98% 
BDNP5 band 7 IQ677609 99% 99% 99% 99% 98% 98% 
 BDNP5 band 11 IQ677671 100% 100% 100% 99% 99% 99% 
BDNHC band 1 IQ677608 91% 91% 91% 91% 91% 91% 
 BBH1.2 band 6 
B
iê
n
 H
ò
a
 IQ677670 100% 100% 99% 99% 99% 99% 
 BH1.2 band 9 IQ677605 98% 98% 97% 97% 98% 98% 
 BBH1.2 band 10 IQ677672 100% 100% 99% 99% 99% 99% 
 BBH1.1 band 2 IQ677607 96% 96% 96% 96% 96% 96% 
 BBH1.1 band 3 IQ677606 90% 90% 90% 90% 90% 90% 
Trình tự các băng DNA của Dehalococcoides đã được đăng ký trên GenBank 
và được trình bày ở Bảng 3.3. Kết quả trên Hình 3.4 và Bảng 3.3 cho thấy các VK 
Dehalococcoides tại Biên Hòa và Đà Nẵng có độ tương đồng cao với nhau và tương 
74 
đồng khá cao (trên 90%) với các chủng Dehalococcoides đã phân lập được (Loffer, 
2013). 
 Tóm lại, sự đa dạng các VK KK tham gia vào quá trình hô hấp loại khử clo 
trong các lô xử lý tại Đà Nẵng và Biên Hòa đã được xác định bằng nested-PCR và 
DGGE. Các chi Desulfitobacterium, Dehalococcoides, nhóm Desulfovibrio, 
Desulfonema và nhóm Desulfococcus, Desulfosarcinar, Desulfomicrobium đã được 
phát hiện bằng nested-PCR trong các lô xử lý. Bằng phương pháp DGGE đã xác 
định VK KSF trong các lô xử lý khá đa dạng và thuộc các chi Desulfovibrio, 
Desulfococcus, Desulfosarcina, Desulfobacterium, chúng đều thuộc nhóm hô hấp 
loại khử clo không bắt buộc. Bằng phương pháp DGGE, VK loại khử clo bắt buộc 
Dehalococcoides cũng được xác định khá đa dạng trong các lô xử lý. 
3.2. Sự đa dạng vi khuẩn trong mẫu làm giàu 
3.2.1. Làm giàu vi khuẩn kỵ khí hô hấp loại clo trên đất ô nhiễm chất diệt cỏ/dioxin 
Để xác định sự đa dạng và khả năng phân hủy hay chuyển hóa các thành phần 
trong đất ô nhiễm chất diệt cỏ/dioxin bởi quần xã VK KK loại khử clo, các VK KK từ 
lô xử lý ở Biên Hòa (sau 36 tháng xử lý) được làm giàu trên môi trường khoáng kỵ 
khí M204 bổ sung đất ô nhiễm chứa hỗn hợp PCDD/Fs, chất diệt cỏ (2,4-D, 2,4,5-T) 
và các sản phẩm phân hủy sinh học của chúng (chlorophenol) với tổng độ độc lên đến 
41.265pg TEQ/g đất khô. Quần xã VK này được gọi là VK KK trên đất ô nhiễm. Đây 
là thí nghiệm lần đầu tiên được thực hiện trên nguồn đất ô nhiễm đã biết chứa hỗn 
hợp của dioxin và các chất diệt cỏ với độ độc rất cao (Hình 3.5) để xác định cấu trúc 
quần xã VK KK cũng như gene chức năng bằng công cụ Metagenomics. 
Sau 1 năm nuôi cấy làm giàu trong điều kiện tĩnh, kỵ khí, tối, ở 28-30oC cho 
thấy đất ở mẫu đối chứng vẫn có màu vàng còn đất trong mẫu nuôi cấy đã chuyển 
sang màu xám đen. Kết quả thu được chứng tỏ đã có sự sinh trưởng của quần xã VK 
KK trong mẫu làm giàu. 
Sau khi thu sinh khối từ mẫu làm giàu, DNA tổng số đã được tách, làm sạch 
bằng Kit chuyên dụng (BiO MO), sau đó DNA được kiểm tra độ tinh sạch và nồng 
độ trên máy NanoDrop ND-2000. Mẫu DNA đủ chất lượng đã được giải trình tự 
bằng máy Roche 454 GS Junior. Các kết quả thu được từ trình tự của metagenome 
75 
sau khi xử lý bằng công cụ tin sinh học bởi hệ thống phân tích tự động MG-RAST 
được trình bày lần lượt ở các mục tiếp theo. 
Hình 3.5. VK KK hô hấp loại khử clo từ đất ở 16 vị trí trong lô chôn lấp tích cực tại Biên 
Hòa sau 36 tháng xử lý được làm giàu trên đất ô nhiễm chất diệt cỏ/dioxin rất nặng 
3.2.2. Sự đa dạng vi khuẩn trong mẫu làm giàu 
Các thông số cơ bản về metagenome của mẫu làm giàu VK KK trên nguồn đất ô 
nhiễm nặng dioxin được trình bày ở Bảng 3.4, 3.5. 
Bảng 3.4. Các thông số của metagenome từ mẫu làm giàu VK trên đất ô nhiễm được phân tích 
bởi máy Roche 454 GS Junior bằng Newbler 
STT Thôngsố 
1 Tổng số reads 128.030 
2 Kích thước metagenome 56 Mbp 
3 Số reads trong contigs 71.997 (56,23%) 
4 Số contigs 1674 
5 Reads/contigs 43,01 bp 
6 Độ dài contig lớn nhất 26.165 bp 
7 Độ dài contig N50 4861 
Ghi chú: 
Read:1 trình tự đọc được bởi máy đọc trình tự. Một trình tự ở số liệu cuối là kết quả của việc loại 
trừ các read tương đồng 
Contig (đoạn ghép nối): kết quả của việc tổ hợp các đoạn đơn. Một contig gồm ít nhất 2 trình tự 
nối với nhau. 
Hit:1 read hoặc 1 phần của read có thể đối chiếu với cơ sở dữ liệu 
Bảng 3.5. Dữ liệu metagenome trong mẫu làm giàu được phân tích bằng MG-RAST 
STT Thông số 
1 Số đoạn trình tự 5.817 
2 Tổng chiều dài của các trình tự 2.849.689 bp 
3 Độ dài trung bình một trình tự 489 bp 
4 Số đoạn trình tự chứa gene rRNA 43 (0,7%) 
5 Số đoạn trình tự mã hóa cho protein đã biết chức năng 3.449 (59,3%) 
6 Số đoạn trình tự mã hóa cho protein chưa biết chức năng 1.051 (18,1%) 
7 Số đoạn trình tự không chứa gene rRNA hoặc protein 495 (8,5%) 
76 
Kết quả thu được cho thấy kích thước DNA của metagenome không lớn, chỉ 
khoảng 56 Mbp. Đây là mẫu làm giàu VK KK ở nồng độ dioxin cao nên số lượng 
các VK sinh trưởng được trong điều kiện này không nhiều, lượng DNA thu được 
không lớn so với các mẫu DNA metagenome trong đất (Uroz, 2013). Trong số 
5.817 trình tự thu được chỉ có 59,3% trình tự đã biết chức năng, 0,7% trình tự chứa 
gene rRNA và 18,1 % các đoạn trình tự chưa biết chức năng với kích thước các 
đoạn trình tự trung bình khoảng 489 bp. 
Trong mẫu làm giàu có 4 giới trong đó vi khuẩn chiếm ưu thế (khoảng 98,78%). 
Các trình tự còn lại tương ứng với các giới khác là vi khuẩn cổ (0,04%), Eucaryota 
(0,94%), virus (0,24%) (Bảng 3.6). Các VK có mặt trong mẫu làm giàu rất đa dạng, 
chúng thuộc về nhiều ngành, lớp, bộ, họ và chi khác nhau. Tuy nhiên, trong khuôn 
khổ luận án, chúng tôi sẽ tập trung phân tích và trình bày sự đa dạng của ngành, lớp 
và chi VK KK liên quan đến quá trình chuyển hóa hay phân hủy các hợp chất hữu 
cơ chứa clo. 
Trong metagenome của mẫu làm giàu có đủ cả 4 ngành Proteobacteria, 
Bacteroidetes, Firmicute, Chloroflexi với nhiều chi VK đại diện tham gia vào quá trình 
hô hấp loại khử clo đã được công bố (Hiraishi, 2008; Maphosa 2010). Trong số 4 
ngành trên thì ngành Proteobacteria chiếm ưu thế đến 74,22% (Bảng 3.6, Hình 3.6). 
Hình 3.6. Đa dạng VK trong mẫu làm giàu VK KK trên đất ô nhiễm 
(Abundance: một trình tự khi so sánh với cơ sở dữ liệu có nhiều hơn một trình tự tương đồng) 
77 
Trong ngành Proteobacteria thì lớp -Proteobacteria chiếm đa số (khoảng 
65,09%). Ngành Proteobacteria bao gồm các đại diện tham gia vào quá trình loại 
khử clo chủ yếu thuộc nhóm loại khử clo không bắt buộc và đồng trao đổi chất. 
Ngoài ra còn có các ngành Bacteroidetes (7,13%) chưa được nghiên cứu nhiều, 
chúng có một số đại diện thuộc nhóm loại khử clo đồng trao đổi chất, ngành 
Firmicutes (5,71%) có các đại diện thuộc nhóm loại khử clo không bắt buộc và bắt 
buộc, ngành Chloroflexi (3,8%) có các đại diện chủ yếu thuộc nhóm loại khử clo bắt 
buộc, ngành Actinobacteria (2,57%) và một số ngành khác có số lượng ít hơn 2% 
nhưng đã có nhiều nghiên cứu hơn và có các đại diện có khả năng loại halogen. 
Bảng 3.6. Tỷ lệ các VK có mặt trong mẫu làm giàu 
STT Giới Tỷ lệ 
(%) 
Ngành Tỷ lệ 
(%) 
Lớp Tỷ lệ 
(%) 
Chi Tỷ lệ 
(%) 
1 Bacteria 98.78 Proteobacteria 74.22 Gammaproteobacteria 65.09 Pseudomonas 59.77 
2 Archaea 0.04 Bacteroidetes 7.13 Betaproteobacteria 6.33 Bacteroides 2.73 
3 Eukaryota 0.94 Firmicutes 5.71 Bacteroidia 5.70 Geobacter 2.45 
4 Virus 0.24 Chloroflexi 3.80 Deltaproteobacteria 4.51 Azotobacter 1.98 
5 Actinobacteria 2.57 Clostridia 4.22 Anaerolinea 1.26 
6 Euryarchaeota 1.80 Anaerolineae 1.46 Parabacteroides 1.06 
7 Acidobacteria 0.88 Actinobacteria (class) 1.23 Clostridium 0.99 
8 Spirochaetes 0.61 Alphaproteobacteria 1.17 Bordetella 0.78 
9 Deinococcus 0.56 Bacilli 0.77 Comamonas 0.53 
10 Cyanobacteria 0.33 Cytophagia 0.65 Prevotella 0.53 
11 Thermotogae 0.31 Chloroflexi (class) 0.54 Vibrio 0.48 
12 Chlorobi 0.27 Solibacteres 0.42 Burkholderia 0.46 
13 Planctomycetes 0.27 Sphingobacteriia 0.42 Bacillus 0.44 
14 Tenericutes 0.19 Flavobacteriia 0.40 Xanthomonas 0.44 
15 Verrucomicrobia 0.19 Dehalococcoidetes 0.33 Achromobacter 0.43 
16 Methanomicrobia 0.31 Klebsiella 0.34 
17 Spirochaetia 0.27 Azoarcus 0.31 
18 Thermomicrobia 0.17 Porphyromonas 0.31 
19 Epsilonproteobacteria 0.17 Aeromonas 0.29 
20 Methanobacteria 0.15 Desulfotomaculum 0.29 
21 Deinococci 0.15 Shewanella 0.29 
22 Mollicutes 0.15 Pelobacter 0.27 
23 Thermotogae (class) 0.15 Pelotomaculum 0.27 
24 Acidobacteriia 0.15 Treponema 0.27 
25 Chlorobia 0.10 Desulfitobacterium 0.26 
26 Synergistia 0.10 Enterobacter 0.26 
27 Anthozoa 0.10 Aromatoleum 0.24 
28 Planctomycetia 0.10 Desulfovibrio 0.24 
29 Halobacteria 0.08 Acidovorax 0.22 
30 Aquificae (class) 0.06 Candidatus 0.22 
31 Erysipelotrichi 0.06 Dechloromonas 0.22 
32 Fusobacteriia 0.06 Streptomyces 0.22 
33 Methanococci 0.06 Methylobacterium 0.20 
34 Chrysiogenetes 0.04 Geobacillus 0.19 
35 Dictyoglomia 0.04 Lactobacillus 0.19 
36 Negativicutes 0.04 Rhodopseudomonas 0.17 
37 Gemmatimonadetes 0.04 Dehalococcoides 0.15 
38 Spartobacteria 0.04 Acinetobacter 0.14 
78 
STT Giới Tỷ lệ 
(%) 
Ngành Tỷ lệ 
(%) 
Lớp Tỷ lệ 
(%) 
Chi Tỷ lệ 
(%) 
39 Anaeromyxobacter 0.14 
40 Dehalogenimonas 0.07 
41 Chlorobium 0.07 
42 Chloroflexus 0.07 
43 Corynebacterium 0.07 
44 Deinococcus 0.05 
45 Dethiosulfovibrio 0.05 
46 Desulfatibacillum 0.03 
47 Desulfobulbus 0.03 
48 Desulfohalobium 0.03 
49 Desulfomicrobium 0.03 
50 Desulfonatronospira 0.03 
51 Desulfotalea 0.03 
52 Desulfurispirillum 0.03 
53 Rhodococcus 0.03 
54 Sulfurimonas 0.03 
55 Sulfurospirillum 0.03 
56 Desulfococcus 0.02 
57 Desulfurococcus 0.02 
Các VK được phát hiện bằng các phương pháp khác nhau trong nghiên cứu 
này có thể được phân loại theo đặc tính trao đổi các hợp chất chứa clo của chúng, so 
sánh với nghiên cứu của Đào Thị Ngọc Ánh (2013) và trình bày ở Bảng 3.7. 
Bảng 3.7. Các VK trong metagenome của mẫu làm giàu theo khả năng loại khử clo 
STT Nhóm Tên chi Metagenomics Nested-PCR DGGE 
1 VK hô hấp loại khử clo 
bắt buộc 
Dehalococcoides + + + 
2 Dehalogenimonas + KPH KXĐ 
3 
VK hô hấp loại khử clo 
không bắt buộc 
Geobacter + KXĐ KXĐ 
4 Desulfotomaculum + + + 
5 Desulfitobacterium + + KXĐ 
6 Desulfovibrio + + + 
7 Sulfurospirillum + KXĐ KXĐ 
8 Desulfococcus + + + 
9 Desulfuromonas + KXĐ KXĐ 
10 Anaeromyxobacter + KXĐ KXĐ 
11 
VK loại khử clo đồng 
trao đổi chất 
Pseudomonas + KXĐ KXĐ 
12 Clostridium + KXĐ KXĐ 
13 Bacillus + KXĐ KXĐ 
14 Shewanella + KXĐ KXĐ 
15 Dechloromonas + KXĐ KXĐ 
16 Enterobacter + KXĐ KXĐ 
17 Methanosarcina + KXĐ KXĐ 
18 Escherichia + KXĐ KXĐ 
19 Helicobacter + KXĐ KXĐ 
20 Desulfobacterium + KXĐ + 
21 VK đã được xác định 
có mặt trong lô xử lý ở 
Biên Hòa bằng DGGE 
(Đào Thị Ngọc Ánh, 
2013) 
Bacteroides + KXĐ KXĐ 
22 Deinococci + KXĐ KXĐ 
23 Achromobacter + KXĐ KXĐ 
24 Klebsiella + KXĐ KXĐ 
25 Methylobacterium + KXĐ KXĐ 
Chú thích: +: có mặt VK; KXĐ: không xác định; KPH: không phát hiện 
79 
Kết quả trình bày trên Bảng 3.7 một lần nữa khẳng định công cụ Metagenomics 
đã đánh giá được đầy đủ các VK có mặt trong mẫu mà các phương pháp như 
nested-PCR và DGGE không phản ánh hết được. Tuy nhiên, kết quả nghiên cứu còn 
phụ thuộc vào chất lượng và số lượng DNA của cả quần xã VSV có trong mẫu. 
Ngoài ra, dựa vào đặc điểm trao đổi chất, các VK trong mẫu làm giàu còn được chia 
thành 3 nhóm là VK hiếu khí, VK KK bắt buộc và kỵ khí tùy tiện (Bảng 3.8). Các 
VK trên chiếm tỷ lệ khác nhau trong metagenome nhưng chúng có liên quan đến 
quá trình loại khử các hợp chất chứa clo và phân hủy các hợp chất vòng thơm. 
Bảng 3.8. Phân loại VK có mặt trong mẫu làm giàu theo khả năng hô hấp 
STT VK hiếu khí Tỷ lệ 
(%) 
VK KK bắt buộc Tỷ lệ 
(%) 
VK KK tùy tiện Tỷ lệ 
(%) 
1 Pseudomonas 59,77 Bacteroides 2,73 Prevotella 0,53 
2 Azotobacter 1,98 Geobacter 2,45 Vibrio 0,48 
3 Bordetella 0,78 Anaerolinea 1,26 Klebsiella 0,34 
4 Comamonas 0,53 Parabacteroides 1,06 Azoarcus 0,31 
5 Burkholderia 0,46 Clostridium 0,99 Porphyromonas 0,31 
6 Bacillus 0,44 Desulfitobacterium 0,26 Aeromonas 0,29 
7 Xanthomonas 0,44 Desulfotomaculum 0,29 Shewanella 0,29 
8 Achromobacter 0,43 Pelobacter 0,27 Pelotomaculum 0,27 
9 Acidovorax 0,22 Dechloromonas 0,22 Treponema 0,27 
10 Streptomyces 0,22 Paludibacter 0,2 Enterobacter 0,26 
11 Geobacillus 0,19 Dehalococcoides 0,15 Roseiflexus 0,26 
12 Thermus 0,15 Methanosarcina 0,1 Aromatoleum 0,24 
13 Acinetobacter 0,14 Methanocaldococcus 0,1 Desulfovibrio 0,24 
14 Marinobacter 0,14 Dehalogenimonas 0,07 Candidatus Solibacter 0,22 
15 Rhizobium 0,14 Chlorobium 0,07 Methylobacterium 0,2 
16 Dyadobacter 0,12 Chloroflexus 0,07 Lactobacillus 0,19 
17 Mycobacterium 0,1 Delftia 0,17 
18 Nematostella 0,1 Rhodopseudomonas 0,17 
19 Alcanivorax 0,1 Ralstonia 0,15 
20 Chromohalobacter 0,1 Anaeromyxobacter 0,14 
21 Rhodococcus 0,03 Colwellia 0,12 
22 Frankia 0,12 
23 Photobacterium 0,12 
24 Campylobacter 0,1 
25 Eubacterium 0,1 
26 Deinococcus 0,05 
27 Desulfobulbus 0,03 
28 Desulfohalobium 0,03 
29 Desulfomicrobium 0,03 
30 Desulfonatronospira 0,03 
31 Desulfotalea 0,03 
32 Desulfurispirillum 0,03 
33 Sulfurimonas 0,03 
34 Sulfurospirillum 0,03 
35 Desulfococcus 0,02 
36 Desulfurococcus 0,02 
80 
3.3. Sự biến động số lƣợng vi khuẩn kỵ khí trong lô xử lý tại sân bay Biên Hòa 
Ngoài đa dạng về chủng loại VK KK, sự biến động về số lượng của chúng 
trong các lô xử lý cũng đã được khảo sát. Sự biến động về số lượng VK KK ở các lô 
xử lý tại Đà Nẵng đã được đánh giá trong các nghiên cứu của Đặng Thị Cẩm Hà và 
cộng sự (Đặng Thị Cẩm Hà, 2005, 2010a) nên trong phạm vi đề tài luận án chỉ đánh 
giá sự biến động số lượng của VK KK tại lô xử lý ở Biên Hòa. 
3.3.1. Sự biến động vi khuẩn kỵ khí sử dụng chất diệt cỏ/dioxin trong lô xử lý 
Số lượng VK KK sử dụng dioxin được đánh giá bằng cách nuôi cấy trên môi 
trường dịch SH có bổ sung DCĐ ở nồng độ 2% (v/v). Sự biến động số lượng VK 
KK sử dụng dioxin được trình bày trên Hình 3.7A. 
A B 
Hình 3.7. Sự biến động số lượng VK KK nói chung (A) và VK KSF (B) sử dụng chất diệt 
cỏ/dioxin ở lô xử lý Biên Hòa 
Kết quả thu được cho thấy, số lượng VK KK sử dụng dioxin ở lô 1 tăng mạnh 
vào đợt thứ hai, giảm nhẹ vào đợt thứ ba và tăng nhẹ vào đợt thứ 4. Số lượng VK 
KK ở lô 2 ổn định hơn qua cả 4 đợt lấy mẫu với số lượng khoảng 106-107 MPN/g 
đất và có chiều hướng tăng nhẹ vào đợt lấy mẫu sau. Ở lô số 3, số lượng VK KK 
tăng nhanh vào đợt lấy mẫu thứ 2, giảm nhẹ và duy trì ổn định ở nồng độ 107 
MPN/g đất. Ở lô số 4, số lượng VK KK cũng ổn định ở mức 106-107 MPN/g đất. Số 
lượng VK KK có giảm nhẹ vào đợt thứ 2 và tăng nhẹ vào đợt 4. Nhìn chung, số 
lượng VK KK trung bình của cả 4 lô khá ổn định qua cả 4 đợt lấy mẫu với số lượng 
VK nằm trong khoảng 106-107 MPN/g đất. 
81 
3.3.2. Sự biến động số lượng vi khuẩn khử sulfate trong lô xử lý 
Vì VK KK thuộc nhóm hô hấp loại khử clo bắt buộc và không bắt buộc luôn 
có số lượng lớn so với các nhóm khác, đặc biệt là nhóm VK KSF nuôi cấy được nên 
nghiên cứu này cũng đánh giá sự biến động của VK KSF trong các lô xử lý. Sự biến 
động số lượng VK KSF trong lô xử lý được đánh giá bằng cách nuôi cấy trên môi 
trường dịch Posgate B bổ sung DCĐ với nồng độ 2% (v/v). Kết quả về sự biến động 
VK KSF trong lô xử lý qua 4 đợt lấy mẫu được trình bày trên Hình 3.7B. 
Số lượng VK KSF khá ổn định qua các đợt lấy mẫu và duy trì ở mức độ 104-
10
5
 MPN/g đất. Cụ thể như sau: ở lô số 1 số lượng VK KSF tăng nhẹ ở đợt thứ 2, 
duy trì ổn định ở đợt 3 và 4 với nồng độ 102-103 MPN/g đất. Ở lô số 2, số lượng VK 
KSF tăng ở đợt thứ 2 và 3, duy trì ở mức 104-105 MPN/g đất. Ở lô số 3, số lượng 
VK KSF duy trì ổn định ở 104-105 MPN/g đất. Ở lô số 4, số lượng VK KSF duy trì 
ở nồng độ 104-105 MPN/g đất, tăng nhẹ ở đợt lấy mẫu thứ 3. Trung bình, số lượng 
VK KSF tăng từ đợt lấy mẫu 1 đến đợt 3 và giảm nhẹ ở đợt 4 (Hình 3.7B). 
Như vậy, số lượng VK KK có khả năng sử dụng dioxin trong các mẫu ở lô xử lý 
của Biên Hòa luôn cao hơn số lượn