Luận án Nghiên cứu đặc điểm và hoạt tính sinh học của một số chủng vi sinh vật liên kết với rong sụn kappaphycus alvarezii ở vùng biển Nha Trang, Khánh Hòa, định hướng sử dụng trong y dược học

u 
diệt nhau luôn diễn ra, dẫn tới sự biến động về mật độ sinh vật trên bề mặt rong. 
+ Trong số 48 chủng vi khuẩn được sàng lọc hoạt tính kháng sinh có 10 chủng 
là có hoạt tính kháng từ 5 VSVKĐ trở lên (20,8%), trong khi đó nấm là 13 trong 36 
chủng kháng 5 VSVKĐ trở lên (36,1%). 
+ Trong số 10 chủng vi khuẩn có hoạt tính tốt nhất thì không có chủng nào kháng 
được 8 VSVKĐ, cao nhất là 7 trong khi đó thì với 13 chủng nấm thì có 01 chủng kháng 
8 VSVKĐ với phổ rất rộng là chủng có ký hiệu VP1.11. 
Trong số 84 chủng Vi khuẩn và vi nấm chúng tôi lựa chọn 4 chủng vi khuẩn 
VP02.3 VP02.11 VP03.6 VP03.12 và 2 chủng vi nấm là; VPN1.5 chủng VPN1.11 
cho kết quả như sau: 
61 
Bảng 3. 1. Đường kính vòng kháng khuẩn của các chủng vi khuẩn và vi nấm lựa chọn 
STT Tên chủng Hoạt tính kháng Vi sinh vật kiểm định (D,mm) 
Vi khuẩn Gr (-) Vi khuẩn Gr (+) Nấm mốc Nấm men 
E. 
coli 
P. 
aeruginosa 
B. 
subtilis 
S. 
aureus 
A. 
niger 
F. 
oxysporum 
C. 
albicans 
S. 
cerevisie 
Các chủng phân 
lập được 
1 VP02.3 23 19 20 16 18 (-) 15 18 
2 VP02.11 21 18 22 16 19 (-) 19 14 
3 VP03.6 18 20 23 19 10 14 17 (-) 
4 VP03.12 21 24 16 18 14 14 19 (-) 
Các chủng vi 
nấm 
VPN1.5 27 22 21 21 22 20 (-) 22 
VPN1.11 35 30 33 34 10 15 13 12 
3.2.3. Đặc điểm hình thái của các chủng vi khuẩn và vi nấm tuyển chọn 
3.2.3.1 Đặc điểm hình thái của các chủng vi khuẩn 
Các chủng vi khuẩn được cấy trên đĩa thạch chứa môi trường MT3 công thức 
môi trường theo như mục 2.1.2, thời gian nuôi là 24 giờ nhiệt độ là 35 oC, quan sát 
hình thái khuẩn lạc. Kết quả thu được theo bảng 3.2 sau: 
62 
Bảng 3. 2.Đặc điểm hình thái khuẩn lạc và hình thái tế bào của các chủng vi khuẩn lựa chọn 
Kí hiệu 
chủng 
Hình thái khuẩn lạc 
Hình dạng tế bào 
Đặc điểm phân loại 
Hình thái khuẩn lạc Hình dạng tế bào 
VP02
.3 
Sau 24 giờ nuôi 
cấy trên đĩa thạch giữ 
giống, khuẩn lạc chủng 
VP02.3 có dạng hình 
tròn, màu trắng sữa, có 
mấu, mép tua hình hoa 
cúc. 
Khi nhuộm Gram, quan sát dưới kính hiển 
vi vật kính 100X trên nền đối chứng là vi 
khuẩn E. coli thấy tế bào chủng VP02.3 có 
hình que ngắn, bắt màu tím. Đặc điểm hình 
thái, sinh lý và sinh hóa của chủng vi khuẩn 
VP02.3 xem phụ lục 3. 
VP02.
11 
Sau 24 giờ nuôi 
cấy trên đĩa thạch giữ 
giống, khuẩn lạc chủng 
VP02.11 có dạng hình 
tròn, màu trắng, có mấu 
lồi, mép tua rua. Khuẩn 
lạc không tạo sắc tố. 
Khi nhuộm Gram, quan sát dưới 
kính hiển vi vật kính 100X trên nền đối 
chứng là vi khuẩn E. coli thấy tế bào chủng 
VP02.11 có hình que ngắn, có khả năng di 
động, tế bào có thể ở dạng đơn, hoặc đôi, 
chuỗi, bắt màu tím. Đặc điểm hình thái, 
sinh lý và sinh hóa của chủng vi khuẩn 
VP02.11 xem phụ lục 3 
63 
VP03.
6 
Sau 24 giờ nuôi 
cấy trên đĩa thạch giữ 
giống, khuẩn lạc chủng 
VP03.6 dạng hình tròn, 
màu kem hơi ngà, dẹt, 
mép trơn, hơi lồi. 
Khi nhuộm Gram, quan sát dưới 
kính hiển vi vật kính 100X trên nền đối 
chứng là vi khuẩn B. subtilis thấy tế bào 
chủng VP03.6 có hình que, tập trung thành 
đám. Đặc điểm hình thái, sinh lý và sinh 
hóa của chủng vi khuẩn VP02.11 xem phụ 
lục 3. 
VP03.
12 
Sau 24 giờ nuôi 
cấy trên đĩa thạch giữ 
giống, khuẩn lạc chủng 
VP03.12 có dạng hình 
tròn, màu xanh rêu, mép 
trơn, bề mặt sần sùi. 
Khi nhuộm Gram, quan sát dưới 
kính hiển vi vật kính 100X trên nền đối 
chứng là vi khuẩn E. coli thấy tế bào chủng 
VP03.12 có hình que đơn, phân bố đơn lẻ, 
hơi tròn hoặc theo vùng, bắt màu tím. Đặc 
điểm sinh lý/sinh hóa của chủng vi khuẩn 
này được mô tả phụ lục 3 
64 
3.2.3.2. Hình thái của chủng vi nấm lựa chọn. 
 Hai chủng vi nấm lựa chọn được cấy trên môi trường Sabouraud ở 28 oC, trong thời gian 7 ngày. 
Bảng 3. 3. Đặc điểm hình thái hai chủng nấm lựa chọn 
Kí hiệu 
chủng 
Hình ảnh vi nấm 
Đặc điểm phân loại 
Màu sắc khuẩn ty khí 
sinh 
Giá bào tử Thể bình Bào tử trần 
VPN1.5 
Màu trắng đục sau đó 
chuyển sang màu xám 
đen, sắc tố tiết ra môi 
trường màu nâu đen 
Không màu trong suốt 
hình cầu, đơn, sần sùi 
màu nâu sẫm đến nâu đen 
kích thước 180-260m 
Cuống sinh bào tử Có 
kích thước 14,5-17 × 
1,4–2,9 μm, hình trụ, 
phân nhánh, thẳng hoặc 
hình sin 
Bào tử hình trụ, hình 
trứng, hình elip, tròn ở 
một đầu bào tử có kích 
thước 2,1-2,9 μm 
VPN1.11 
Trắng nhạt sau chuyển 
sang vàng sẫm, sắc tố tiết 
vào môi trường màu nâu 
xẫm. 
Cuống không màu, bề 
mặt cuống nhẵn, có màu 
nâu vàng đến màu cam 
xám, gần sát bọng. Có 
hình thành mịn, 250–
1900 × 5.5–9.5 µm 
Có hai tầng, Bọng hình 
cầu, thuôn dài kích 
thước 5–13 × 3.5–6.5 
µm. che phủ 
75-100% đầu thể bình. 
Bào tử hình cầu, màu 
vàng, bề mặt nhẵn đến 
nhám mịn. 
Bào tử có kích thước, 
2.5–3.5 × 2.5–3.5 µm 
µm. 
65 
Từ các kết quả nghiên cứu trên dựa vào hình thái của khuẩn lạc vi khuẩn trên 
kết hợp với phân loại vi khuẩn theo Bergeys 2009, có thể cho chúng ta thấy một số 
chủng có ký hiệu là VP02.3, VP02.11 có nhưng đặc điểm chi như Bacillus, và chủng 
VP03.6 thuộc chi Pseudomonas, còn chủng vi khuẩn VP03.12 còn lại cần định danh 
bằng sinh học phân tử để khẳng định rõ hơn [126]. 
Từ đặc điểm hình thái khuẩn ty, kích thước cuống sinh bào tử, thể bình của 
chủng vi nấm VPN1.11 đối chiếu với các đặc điểm được mô tả theo sách định tên 
loài vi nấm của Samson và cộng sự (2011), Crous và Groenewald (2015), được xác 
định thuộc chi Aspergillus với các đặc điểm hình thái điển hình như có bọng hình 
cầu, bào tử hình cầu và mọc dạng tỏa hình tròn, và chủng vi nấm VPN1.5 cần phân 
loại dựa trên ITS để kết luận chính xác thuộc chi loài nào. 
3.2.4. Phân loại các chủng vi khuẩn và vi nấm lựa chọn dựa trên kỹ thuật sinh học 
phân tử 
Sau khi tiến hành lựa chọn được 4 chủng vi khuẩn và 2 chủng vi nấm, cung 
như nghiên cứu các đặc điểm hình thái mọc trên môi trường nuôi cấy Sabouraud, để 
khẳng định và phân loại được chính xác nhất đên chi và đến loài chúng tôi tiến hành 
phân loại các chủng vi khuẩn dựa trên phân tích trình tự gen 16s rDNA của vi khuẩn 
và phân tích trình tự gen vùng ITS. 
a). Kết quả phân tích trình tự gen 16S rDNA của 04 chủng vi khuẩn VP02.3, 
VP02.11, VP03.6, VP03.12, lựa chọn. Trình tự nucleotide được kiểm tra đối chiếu 
với cơ sở dữ liệu trình tự nucleotit của Genbank bằng công cụ trực tuyến BLAST. 
Thu thập các trình tự nucleotit tương đồng của các loài trên GenBank. 
Kết quả cho thấy trình tự của chủng VP02.3 có độ tương đồng 99.7% với 
Bacillus velezensis CR-502T, trình tự của VP02.11 có độ tương đồng 99.8% với 
Bacillus siamensis KCTC 13613T, VP03.6 có trình tự tương đồng 100.0% với 
Pseudomonas aeruginosa JCM 5962T, VP03.12 có trình tự tương đồng 99.8% với 
Brevibacillus gelatini PDF4T. Trên hình cây phân loại (hình 3.6), cho thây các VP03.6 
có quan hệ gần gũi với chủng Pseudomonas aeruginosa JCM 5962T. Chủng VP03.12 
Brevibacillus gelatini PDF4T. chủng VP02.11 có quan hệ rất gần gũi với chủng 
Bacillus siamensis KCTC 13613T và chủng VP02.3 có phân nhánh khá xa với chủng 
Bacillus velezensis CR-502T. quá đó có thể cho thây các chủng phân lập được sẽ có 
một số các đặc tính chung của của chi tuy nhiên trong các điều kiện sống đặc trưng 
66 
khác nhau các chủng chúng tôi phân lập được có những đặc tính riêng vì vậy chúng 
tôi đã tiến hành nghiên cứu sâu hơn trong các phần tiếp theo của đề tài này. 
(a) 
ITS Neighbor-joining 
tree 
67 
 (b) 
Hình 3. 6. Cây phát sinh loài dựa trên trình tự 16S rRNA của các chủng VP02.3, VP02.11 thuộc chi 
Bacillus (a ) và chủng VP03.12 thuộc chi Brevibacillus và chủng VP03.6 thuộc chi Pseudomonas (b), dựa 
trên ITS neighbor-Joining tree 
b). Kết quả phân tích và so sánh trình tự của các gen ITS từ 2 chủng vi nấm trên NCBI lần 
lượt có độ dài 571bp và 569bp, Khi tiến hành xây dựng cây phát sinh loài cho hai chủng 
VPN1.5 và VPN1.11 căn cứ vào trình tự ITS cho thấy chủng VPN1.5 có mỗi quan hệ gần 
gũi với các chủng Diaporthe pseudomongiferae CBS 101339T và các loài trong nhóm đã 
đánh dấu ở hình 3.11. Trong khi đó chủng VPN có mối tương đồng với chủng Aspergilus 
micronesiensis CBS 138183T (100.0%) và chủng Aspergillus frequens NRRL 4578T 
(100.0%) đồng thời cũng thể hiện mối quan hệ rất gần gũi trong cây phát sinh loài. 
 Bacillus rugosus SPB7
T
 (JABUXO010000041) 
 Bacillus stercoris JCM 30051
T
 (MN536904) 
 Bacillus tequilensis KCTC 13622
T
 (AYTO01000043) 
 Bacillus cabrialesii TE3
T
 (MK462260) 
 Bacillus inaquosorum KCTC 13429
T
 (AMXN01000021) 
 Bacillus velezensis vp02.3 
 Bacillus subtilis NCIB 3610
T
 (ABQL01000001) 
 Bacillus nakamurai NRRL B-41091
T
 (LSAZ01000028) 
 Bacillus nematocidal B-16
T
 (AY820954) 
 Bacillus siamensis vp02.11 
 Bacillus siamensis KCTC 13613
T
 (AJVF01000043) 
 Bacillus amyloliquefaciens DSM 7
T
 (FN597644) 
 Bacillus velezensis CR-502
T
 (AY603658) 
 Brevibacillus agri NRRL NRS-1219
T
 (D78454) 
 Brevibacillus formosus DSM 9885
T
 (LDCN01000015) 
 Brevibacillus gelatini vp03.12 
 Brevibacillus gelatini PDF4
T
 (KP899808) 
 Brevibacillus schisleri ATCC 35690
T
 (MXAR01000082) 
 Brevibacillus parabrevis NRRL NRS 605
T
 (RHHV01000040) 
 Brevibacillus porter NRRL B-41110
T
 (PXZO01000094) 
 Brevibacillus antibioticus TGS2-1
T
 (MK840993) 
 Brevibacillus fortis NRRL NRS-1210
T
 (PXZM01000088) 
 Brevibacillus brevis NBRC 15304
T
 (AB271756) 
 Pseudomonas nosocomialis A31/70
T
 (QLAE01000067) 
 Pseudomonas lalkuanensis PE08
T
 (MF943158) 
 Pseudomonas furukawaii KF707
T
 (AJMR01000229) 
 Pseudomonas resinovorans LMG 2274
T
 (Z76668) 
 Pseudomonas aeruginosa vp03.6 
 Pseudomonas aeruginosa JCM 5962
T
 (BAMA01000316) 
 Pseudomonas otitidis MCC10330
T
 (AY953147) 
 Pseudomonas alcaligenes NBRC 14159
T
 (BATI01000076) 
91 
51 
50 
39 
47 
37 
51 
100 
66 
55 
37 
44 
27 
20 
29 
25 
16 
47 
100 
100 
47 
99 
51 
93 
73 
100 
0.02 
ITS Neighbor-joining 
tree 
68 
Qua trình tự ITS và cây phát sinh loài cho thấy hai chủng chúng tôi phân lập được VPN1.5 
nằm trong chi Diaporthe và VPN1.11 nằm trong chi Aspergillus. Các chủng phân lập sẽ 
có các đặc tính chung của chi, ngoài ra hai chủng chúng tôi phân lập được có thể sống 
trong môi trường có độ mặn cao nên chúng có thể sẽ sản xuất ra một số loại protein đặc 
trưng của chủng mà các chủng khác trong chi không có nên chúng tôi đã tiến hành nghiên 
cứu sâu hơn về các hoạt chất thứ cấp từ hai chủng đã phân lập được hình 3.11` và trình tự 
chủng VPN1.5 có độ tương đồng 99,23% với Diaporthe sp hình 3.11. 
Hình 3. 7. Cây phát sinh loài dựa trên trình tự ITS của chủng VPN1.11 và VPN1.5 dựa trên cây phân loại 
ITS Neighbor – Joining tree. 
3.2.5. Đánh giá sự đa dạng và cấu trúc của quần thể vi sinh vật trên rong sụn 
Kappaphycus alvarezii 
3.2.5.1. Quần thể vi khuẩn 
Sự đa dạng và cấu trúc của quần thể vi khuẩn trên các mẫu rong sụn 
ITS Neighbor-joining 
tree 
 Aspergillus sp VPN1.11 
 Aspergillus micronesiensis CBS 138183
T
(NR_135457) 
 Aspergillus frequens NRRL 4578
T
(NR_137473) 
 Aspergillus neoflavipes NRRL 5504
T
(NR_137475) 
 Aspergillus flavipes NRRL 302
T
(NR_135397) 
 Aspergillus ardalensis CCF 4031
T
(NR_135430) 
 Aspergillus iizukae NRRL 3750
T
(NR_135398) 
 Aspergillus capensis CBS 138188
T
 (NR_135458) 
 Aspergillus okavangoensis CMW 147420
T
(NR_173430) 
 Aspergillus mangaliensis CCF 4698
T
(NR_135439) 
 Aspergillus templicola CBS 138181
T 
(NR_135456) 
 Aspergillus urmiensis DTO 203-C2
T
(NR_171584) 
 Aspergillus polyporicola NRRL 32683
T
(NR_137471) 
 Diaporthe Australiana BRIP 66145
T
(NR_168239) 
 Diaporthe sennae CFCC 51636
T
(NR_152499) 
 Diaporthe fraxini-angustifoliae BRIP 54781
T
(NR_137103) 
 Diaporthe litchiicola BRIP 54900
T
(NR_147521) 
 Diaporthe pascoei BRIP 54847
T
(NR_137107) 
 Diaporthe musigena CBS 129519
T
(NR_111853 ) 
 Diaporthe pseudomangiferae CBS 101339
T
(NR_111858) Diaporthe sp VPN1.5 
 Diaporthe arengae CBS 114979
T 
(NR_111843) 
 Diaporthe oculi HHUF 30565
T 
( 
NR_161018) 
 Diaporthe limonicola CPC 28200
T
(NR_154980) 
 Diaporthe taoicola MFLUCC 16-0117
T
(NR_154923) 
 Diaporthe millettiae GZUH HGUP9167
T
(NR_173375) 
10
0 
6
3 
6
9 
4
4 
4
5 
5
6 
4
9 
2
1 
2
5 
5
4 
7
6 
10
0 
10
0 
8
0 
6
8 7
2 
8
8 
6
3 
3
7 
6
0 
3
8 
2
0 
2
7 
0.05 
69 
Kappaphycus alvarezii thu được ở ba địa điểm khác nhau VP1, VP2, VP3 được đánh 
giá thông qua phân tích metabarcoding trên Mothur (Schloss et al. 2013). Nhìn chung, 
dữ liệu ở bảng 3.4 không cho thấy sự khác nhau đáng kể về chỉ số đa dạng (Shannon 
–H’ và Chao 1) cũng như về số lượng OTU quan sát được ở ba mẫu kể trên. Chỉ số 
đa dạng Shannon-H’ dao động từ 4.13 (± 0.23) ở mẫu VP2 đến 5.06 (± 0.39) ở VP3, 
trong khi đó chỉ số Chao1 thể hiện độ phong phú OTU, xu hướng tương tự cũng được 
ghi nhận. Chỉ số Chao1 đạt cao nhất ở mẫu 609.33 (± 19.3) và giảm nhẹ ở VP1 và 
VP2. Phân tích ANOVA và Tukey HSD không cho thấy sự khác nhau rõ nét giữa 
VP1 và VP2, tuy nhiên với VP3, sự khác biệt đáng kể so với hai mẫu VP1, VP2 đã 
được thể hiện (p < 0.05) ở cả ba chỉ số: Shannon H’, Chao1 và số lượng OTU (Bảng 
3.2). Dữ liệu thu nhận ở trình tự có độ tương đồng 97%. Giá trị thu được là trung bình 
của ba lần lập lại. Các chữ cái khác nhau biểu hiện độ sai khác có nghĩa (phân tích 
Tukey HSD, p< 0.05) 
Bảng 3. 4. Chỉ số đa dạng sinh học và số OTU quan sát được thông qua phân tích metagenomic. 
Mẫu VP1 (n=3) VP2 (n=3) VP3 (n=3) 
OTUs 401a (± 21) 438a (± 26) 504b (± 33) 
Shannon_H’ 4.60a (± 0.11) 4.13a (± 0.23) 5.06b (± 0.39) 
Chao-1 526.11a (± 25.6) 564.23a (± 22.1) 609.33a (± 19.3) 
Kết quả phân tích thành phần chính (PCA) trên 3 mẫu rong sụn Kappaphycus 
alvarezii thu thập tại Vân Phong, Khánh Hòa. cho thấy, không có nhiều sự khác biệt 
giữa quần thể vi khuẩn ở mẫu rong VP1 và VP2, trong khi đó, quần thể vi khuẩn ở 
VP3 mặc dù vẫn có những điểm chung tuy nhiên cho thấy sự đa dạng hơn so với hai 
quần thể còn lại (Hình 3.12). Kết quả này phù hợp với dữ liệu thu được về chỉ số đa 
dạng ở ba địa điểm thu mẫu. Có thể thấy vị trí thu mẫu (VP1, Vp2 ở Cổ Cò, và VP3 
ở Vũng Ké, có sự khác nhau về khoảng cách địa lý và vị trí cũng như có sự sai khác 
ít nhiều về dòng chảy, hướng gió mặc dù cùng thuộc vịnh Vân Phong) ít nhiều có ảnh 
hưởng đến độ đa dạng cũng như cấu trúc của quần thể vi khuẩn và quần thể nấm trên 
các mẫu rong sụn cùng ở trong một vùng địa lý (vịnh Vân Phong) 
70 
Hình 3. 8. Phân tích thành phần chính (PCA) thực hiện trên tỉ lệ tương đối các chủng vi khuẩn. 
Hình 3. 9. Cấu trúc quần thể vi khuẩn ở mức độ ngành 
Dữ liệu phân tích vào cấu trúc quần thể vi khuẩn ở mức độ ngành của các mẫu 
rong sụn Kappaphycus alvarezii ở Vân phong, Khánh hòa, Việt Nam qua phân tích 
metagenomics cho thấy không có khác biệt lớn giữa ba mẫu, trong đó Proteobacteria 
chiếm tỉ lệ lớn nhất trong tất cả các mẫu, dao động từ 40,69% (VP3) và giảm dần đến 
34,42% (VP1). Trong khi tỉ lệ tương đối của Actinobacteria và Firmicutes có cùng 
xu thế với Proteobacteria thì đối Bacteroidetes và Chloroflexi với lại có xu thế giảm 
dần từ VP1 đến VP3. Có thể thấy cấu trúc quần thể vi khuẩn ở mức độ ngành ở các 
mẫu rong lấy ở những vị trí khác nhau đều không có nhiều sự khác biệt rõ rệt (test 
71 
Tukey HSD, p > 0.05 với tất cả các ngành) 
Hình 3. 10. Tỉ lệ tương đối của một số chi vi khuẩn tiêu biểu ở các mẫu rong 
Đi sâu vào phân tích tỉ lệ tương đối của các chi tiêu biểu trong quần thể vi 
khuẩn ở từng mẫu, thông qua phân tích metabarcoding có thể thấy được sự khác biệt 
tương đối lớn ở giữa các mẫu, khi mật độ phân bố của từng chi biến đổi giữa các 
mẫu. Tập trung vào các vi khuẩn gây bệnh ở rong sụn đã được biết đến, chúng ta 
nhận thấy tỉ lệ đáng kể của Vibrio (từ 4,3% ở VP3 đến 11,03 % ở VP1), 
Pseudoalteromonas (từ 0,17% - VP2 đến 2.97 % - VP3), hay Alteromonas (từ 0,09% 
- VP3 đến 4,9% - VP2). Ngoài ra, một số chi có lợi cho rong cũng được ghi nhận ở 
các mẫu nghiên cứu, như Hypnocyclicus, Porphyrobacter, Rhizobiaceae hay 
Ruegeria với các tỉ lệ khác nhau giữa từng mẫu (Hình 3.14). Điểm đáng lưu ý dữ 
liệu thu thập được thông qua phân tích metabarcoding cho thấy có một vài điểm 
tương đồng với kết quả phân lập thông qua phương pháp nuôi cấy truyền thống khi các 
loài Bacillus (chủng VP02.11 – Bacillus sp và VP02.3 - Bacillus subtilis) và 
72 
Brevibacillus (chủng VP03.12 - Brevibacillus sp) và Pseudomonas (chủng VP03.11 - 
Pseudomonas aeruginosa) định danh thông qua giải trình tự đoạn ITS đều được phát 
hiện ở cả ba mẫu rong nghiên cứu. Các kết quả nghiên cứu trên cho thấy nhưng tương 
đồng về kết quả nghiên cứu trước đó của tác giả Lachnit về quần thể vi khuẩn cộng sinh 
đối với 1 loài rong (phân tích 3 mẫu rong), và khác nhau ở vùng nuôi trồng khác nhau 
[129]. Điều này chứng tỏ vi khuẩn có tính chất đặc thù cho mỗi loài vật chủ. Khi so sánh 
về quần thể vi khuẩn trên 3 mẫu rong khác nhau, ở khu vực khác nhau và cùng thời 
gian, nhưng vẫn có sự khác nhau cũng như mật độ loài trên cùng một vật chủ. 
Kết quả thu được cho thấy bức tranh đa dạng quần thể vi khuẩn trên các mẫu 
rong biển thu thập ở các địa điểm khác nhau. 
3.2.5.2. Quần thể nấm 
Sự đa dạng và cấu trúc của quần thể nấm trên các mẫu rong sụn thu được ở ba 
địa điểm khác nhau VP1, VP2, VP3 được đánh giá thông qua phân tích metagenomic. 
Nhìn chung, dữ liệu ở bảng 3.7 không cho thấy sự khác nhau đáng kể về chỉ số đa 
dạng (Shannon –H’ và Chao 1) cũng như về số lượng OTU quan sát được ở ba mẫu 
kể trên. Chỉ số đa dạng Shannon-H’ dao động từ 4.1 (± 0.09) ở mẫu VP2 đến 4.8 (± 
0.21) ở VP3, trong khi đó đối chỉ số Chao1 thể hiện độ phong phú OTU, xu hướng 
tương tự cũng được ghi nhận. Chỉ số Chao1 đạt cao nhất ở mẫu 788.7b (± 39.9) và 
giảm nhẹ ở VP1 và VP2. Phân tích ANOVA và Tukey HSD không cho thấy sự khác 
nhau rõ nét giữa VP1 và VP2, tuy nhiên với VP3, sự khác biệt đáng kể so với hai mẫu 
VP1, VP2 đã được thể hiện (p < 0.05) ở cả ba chỉ số: Shannon H’, Chao1 và số lượng 
OTU (Bảng 3.3). Dữ liệu thu nhận ở trình tự có độ tương đồng 97%. Giá trị thu được 
là trung bình của ba lần lập lại. Các chữ cái khác nhau biểu hiện độ sai khác có nghĩa 
(phân tích Tukey HSD, p< 0.05) 
Bảng 3. 5. Chỉ số đa dạng sinh học và số OTU quan sát được thông qua phân tích metagenomic. 
Mẫu VP1 (n=3) VP2 (n=3) VP3 (n=3) 
OTUs 618a (± 23) 588a (± 15) 685b (± 29) 
Shannon-H’ 4.2a (± 0.14) 4.1a (± 0.09) 4.8b (± 0.21) 
Chao1 654.4a (± 35.6) 645.5a (± 32.2) 788.7b (± 39.9) 
Kết quả phân tích thành phần chính (PCA) cho thấy không có nhiều sự khác 
biệt giữa quần thể nấm ở mẫu rong VP1 và VP2, trong khi đó, quần thể nấm ở VP3 
73 
mặc dù vẫn có những điểm chung tuy nhiên cho thấy sự đa dạng hơn so với hai quần 
thể còn lại (Hình 3.11). Kết quả này phù hợp với dữ liệu thu được về chỉ số đa dạng 
ở ba địa điểm thu mẫu. Có thể thấy vị trí thu mẫu ít nhiều có ảnh hưởng đến độ dạng 
cũng như cấu trúc của quần thể nấm trên các mẫu rong sụn cùng ở trong một vùng 
địa lý, tỉ lệ tương đối các chi nấm trên 9 mẫu rong biển tại Vân phong, Khánh Hòa. 
Hình 3. 11. Phân tích thành phần chính (PCA). 
Kết quả phân tích vào cấu trúc quần thể nấm ở mức độ ngành của các mẫu rong 
Vân Phong, Việt Nam qua phân tích metagenomic cho thấy không có khác biệt lớn giữa 
ba mẫu, trong đó có thể nhận thấy Ascomycota chiếm tỉ lệ lớn nhất trong tất cả các mẫu, 
dao động từ 69,03% (VP3) và tăng dần đến 77,59% (VP1). Sau đó là đến Basidiomycota 
chiếm một tỷ lệ % là từ 8- 12%, với tỷ lệ hai mẫu VP2 và VP3 là tương đương nhau 12%, 
và 8% với mẫu VP1, tiếp theo là ngành khác và ngành chưa xác định có tỷ lệ % là tương 
đương nhau ở hai mẫu VP2 và VP3 lần lượt là 9-10% còn mẫu VP1 tỷ lệ này là 4%. Trong 
khi tỉ lệ tương đối của Chytridiomycota và Zygomycota có cùng xu thế với Ascomycota thì 
đối với Basidiomycota và ngành chưa xác định (unidentified) lại có xu thế tăng dần từ VP1 
đến VP3. Có thể thấy cấu trúc