Luận án Nghiên cứu một số đặc tính sinh học của virus cúm A/H5 biến chủng mới ở đàn gia cầm làm cơ sở cho phòng chống dịch bệnh tại Việt Nam

 Bắc với tỷ lệ trung bình 
là 4,38% (hình 4.2A). 
A B 
Hình 4.2. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A theo giai đoạn và khu vực giám sát 
Trong thời gian nghiên cứu, mẫu được lấy thành 3 giai đoạn: giai đoạn 1 
từ tháng 1/2015 đến tháng 6/2016, giai đoạn 2 từ tháng 7/2016 đến 6/2017 và 
giai đoạn 3 từ tháng 7/2017 đến tháng 3/2018. So sánh kết quả xét nghiệm theo 
giai đoạn chúng tôi thấy rằng: tỷ lệ nhiễm virus cúm A trong giai đoạn 1 là cao 
nhất với 12,78% (786 mẫu dương tính virus cúm A trong 6148 mẫu kiểm tra), 
tiếp theo là ở giai đoạn 3 với tỷ lệ nhiễm virus cúm A là 9,94%. Thấp nhất là tỷ 
lệ nhiễm virus cúm A trong giai đoạn 2 với 7,16% (hình 4.2B). 
Kết quả xét nghiệm cũng cho thấy, gia cầm khỏe mạnh tại các chợ buôn 
bán gia cầm sống mặc dù không có biểu hiện lâm sàng của bệnh CGC nhưng 
vẫn mang virus này ở đường hô hấp (9,15%). Kết quả này cũng phù hợp với các 
nghiên cứu trước đây cho rằng vịt là vật mang virus CGC. Thủy cầm và đặc biệt 
là vịt, mặc dù mang mầm mà không biểu hiện các triệu chứng lâm sàng nhưng 
thường xuyên bài thải mầm bệnh ra môi trường tạo nguồn lây nhiễm cho các 
động vật cảm thụ khác. Thủy cầm, bao gồm cả vịt, là những bể chứa tự nhiên 
của virus CGC type A và đóng vai trò là vật chủ lan truyền virus. Từ thủy cầm, 
 55 
virus có thể truyền cho gia cầm và động vật có vú khác bao gồm cả con người 
gây các đợt bùng phát dịch bệnh nghiêm trọng (Sturm-Ramirez & cs., 2005). 
Kết quả này cũng cho thấy chợ buôn bán gia cầm có thể là một nguồn lây 
lan bệnh CGC. Chợ buôn bán gia cầm sống được xác định là đường lây truyền 
virus cúm quan trọng. Với đặc điểm là tập trung nhiều loại gia cầm khác nhau, 
được cung cấp bởi nhiều nguồn khác nhau khiến chợ buôn bán gia cầm sống có 
vai trò trong quá trình nhân lên, duy trì, tuần hoàn và lan truyền virus CGC (Chu 
& cs., 2016). Do đó, việc tiếp tục giám sát virus CGC tại các chợ buôn bán gia 
cầm sống sẽ giúp hiểu rõ hơn sự phân bố của virus CGC và có biện pháp phù hợp 
để giảm thiểu nguy cơ cho sức khỏe cộng đồng. 
Nhiều biện pháp đã được sử dụng để giảm thiểu nguy cơ lây lan bệnh cúm 
từ các chợ buôn bán gia cầm như đóng cửa chợ tạm thời, tăng cường vệ sinh, khử 
trùng tại các chợ, giảm số lượng gia cầm buôn bán theo quý, cấm lưu giữ gia cầm 
qua đêm ở chợ, Các biện pháp này đã chứng minh là có hiệu quả trong việc 
giảm sự lưu hành virus cúm tại các chợ buôn bán. 
4.1.2. Kết quả xác định subtype H5 từ các mẫu dương tính với virus cúm A 
Các mẫu dương tính với virus cúm A tiếp tục được xét nghiệm xác định 
subtype H5 bằng phương pháp rRT-PCR. Kết quả được thể hiện ở phụ lục 6, biểu 
diễn ở hình 4.3 và hình 4.4. 
Hình 4.3. Kết quả sàng lọc virus cúm A/H5 tại các tỉnh giám sát 
 56 
Trong số 11 tỉnh được lấy mẫu, chỉ có 8 tỉnh có mẫu dương tính với virus 
cúm A/H5 bao gồm: Hà Nội, Nghệ An, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Kon Tum, 
Đồng Tháp, Vĩnh Long, Kiên Giang. Trong đó cao nhất là Kon Tum chiếm tỷ lệ 
4,32%, tiếp theo là Vĩnh Long chiếm tỷ lệ 3,33%, Nghệ An 2,67%, Kiên Giang 
2 %, Quảng Nam 1,73%, Quảng Ngãi 0,42%, Đồng Tháp 0,39%. Có 3/11 tỉnh 
không có mẫu dương tính với virus cúm A/H5 là Thừa Thiên Huế, Thái Nguyên 
và Phú Thọ (hình 4.3). 
Trong tổng số 30540 mẫu được xét nghiệm có 350 mẫu dương tính với 
virus cúm A/H5, chiếm tỷ lệ 1,15%. Tỷ lệ mẫu nhiễm virus cúm A/H5 ở ở các 
tỉnh miền Trung và miền Nam là gần tương đương nhau với tỷ lệ lần lượt là 
1,63% và 1,86%. Các tỉnh miền Bắc có tỷ lệ mẫu dương tính với virus cúm A/H5 
là rất thấp, chỉ có 0,01% (hình 4.4A). 
A B 
Hình 4.4. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 theo giai đoạn và khu vực giám sát 
Giai đoạn 1 của đề tài (từ 1/2015 đến 6/2016) có kết quả tỷ lệ mẫu dương 
tính với virus cúm A là 2,11% cao hơn giai đoạn 3 (từ 7/2017 đến 3/2018) với tỷ 
lệ mẫu dương tính virus cúm A/H5 là 1%. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 thấp nhất 
là ở giai đoạn 2 (từ 7/2016 đến 6/2017) với 0,87% (hình 4.4B). 
 57 
Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 trong nghiên cứu của đề tài thấp hơn các kết 
quả giám sát của Cục Thú y thực hiện hàng năm trước đây. Các đợt giám sát 
virus CGC trên đàn vịt đã được thực hiện từ năm 2007 đến năm 2009, trong 5 đợt 
giám sát virus với tổng số 2571 mẫu được thu thập từ thủy cầm, có 151 mẫu 
dương tính với virus cúm A/H5, chiếm tỷ lệ 5,87% (Phan & cs., 2013). 
Chương trình giám sát bệnh CGC giai đoạn từ năm 2011 đến năm 2013 tại 
14/63 tỉnh thành phố trong cả nước cho thấy: trong tổng số 9790 mẫu được kiểm tra, 
có tổng cộng 531 mẫu dương tính với virus cúm A/H5 (chiếm tỷ lệ 5,4%) (Nguyen 
& cs., 2014). 
Kết quả nghiên cứu xác định subtype H5 cho thấy có 350 mẫu dương tính 
với virus cúm A/H5 trong tổng số 2794 mẫu dương tính cúm A (phụ lục 5), 
chiếm tỷ lệ 12,53%. Như vậy, bên cạnh virus cúm A/H5 còn có nhiều subtype 
Hx khác cũng đang lưu hành trong đàn gia cầm. 
Theo Chu & cs. (2016), khi nghiên cứu bệnh CGC tại tỉnh Thừa Thiên 
Huế thấy rằng có nhiều các subtype khác nhau lưu hành trong đàn gia cầm và 
môi trường tại các chợ buôn bán gia cầm sống. Trong số 178 mẫu virus cúm A 
phân lập được, có các subtype H3 (19 virus), H4 (2), H5 (8), H6 (30), H9 (114) 
và H11 (5). Cụ thể hơn là H3N2 (18 virus), H3N6 (1), H4N6 (2), H6N2 (14), 
H6N6 (16), H9N2 (109), H9N6 (5), H11N6 (1) và H11N7 (4). Do đó, cần tăng 
cường công tác tiêu độc khử trùng, đồng thời nghiên cứu xác định rõ các chủng 
virus cúm A/H5 này để có biện pháp phòng chống bệnh phù hợp, đồng thời tạo 
cơ sở để điều chế sản xuất vacxin và tiếp tục giám sát virus. 
4.1.3. Kết quả xác định subtype H5N1 từ mẫu dương tính với virus cúm A/H5 
Trong nghiên cứu này chúng tôi tiến hành xét nghiệm virus cúm A/H5N1. 
Mẫu được xác định là dương tính với virus cúm A/H5N1 khi dương tính cúm A, 
dương tính gen H5 và dương tính gen N1. Do đó, các mẫu dương tính với virus 
cúm A/H5 tiếp tục được xác định gen N1 bằng phương pháp rRT-PCR để xác 
định virus cúm A/ H5N1. Kết quả được trình bày ở phụ lục 7, biểu diễn qua hình 
hình 4.5 và hình 4.6. 
Kết quả xét nghiệm cho thấy, chỉ có 5/11 tỉnh có mẫu dương tính với virus 
cúm A/H5N1: cao nhất là tỉnh Vĩnh Long chiếm tỷ lệ 1,79%, tiếp đến Kiên Giang 
1,33%, Nghệ An 0,67%, thấp nhất Quảng Nam và Kon Tum với cùng tỷ lệ nhiễm 
 58 
0,09%. Còn lại 6/11 tỉnh gồm: Quảng Ngãi, Đồng Tháp, Thừa Thiên Huế, Hà Nội, 
Thái Nguyên và Phú Thọ không phát hiện được virus cúm A/H5N1 (hình 4.5). 
Hình 4.5. Kết quả sàng lọc virus cúm A/H5N1 tại các tỉnh giám sát 
Tỷ lệ phát hiện virus cúm A/H5N1 của 11 tỉnh giám sát rất thấp. Trong 
30540 mẫu xét nghiệm chỉ có 69 mẫu dương tính với virus cúm A/H5N1, chiếm 
tỷ lệ 0,23%. Tỷ lệ mẫu nhiễm virus cúm A/H5N1 ở miền Nam là cao nhất 
(0.9%), tiếp đến là miền Trung (0.05%) (hình 4.6A). 
Trong đó, tỷ lệ dương tính ở giai đoạn 1 cao nhất (0,24%), tiếp đến giai 
đoạn 2 (0,23%), thấp nhất giai đoạn 3 với tỷ lệ 0,18% (hình 4.6B). Tỷ lệ này thấp 
hơn các nghiên cứu giám sát của Nguyen & cs. (2014), với tỷ lệ nhiễm virus cúm 
A/H5N1 là 3,9% trong các năm 2011-2013. Kết quả nghiên cứu lưu hành virus 
cúm A/H5N1 từ 2007 đến 2009 tại các chợ ở một số tỉnh thuộc đồng bằng sông 
Cửu Long cũng cho kết quả cao hơn với tỷ lệ dương tính virus cúm A/H5N1 là 
6,6% (Phan & cs., 2013). 
Virus cúm A/H5N1 là virus có độc lực cao, lưu hành tại Việt Nam từ cuối 
năm 2003 đã gây tổn thất kinh tế nghiêm trọng. Việc phát hiện virus cúm A/H5N1 
tại các chợ buôn bán gia cầm sống tại các tỉnh cho thấy nguy cơ bùng phát dịch 
bệnh tại địa phương. 
Tại các chợ buôn bán gia cầm sống, các gia cầm mang virus cúm A/H5N1 có 
thể bài thải virus ra ngoài môi trường, tích trữ qua nhiều ngày tại các chợ, từ đó có 
 59 
thể lây truyền cho người và nhiều động vật khác, thậm chí còn có thể lây nhiễm ra 
các trang trại thông qua sự di chuyển của người buôn bán gia cầm. Bởi phần lớn 
người buôn bán đi vào những trang trại bằng phương tiện của họ và tự bắt gia cầm 
mà không có bất kỳ biện pháp an toàn sinh học nào có thể dẫn đến tự lây lan từ đàn 
gia cầm này sang đàn gia cầm khác (Phan & cs., 2013). 
A B 
Hình 4.6. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 theo giai đoạn và khu vực giám sát 
Do đó, các địa phương có mẫu dương tính với virus cúm A/H5N1 cần tăng 
cường công tác phòng bệnh tại chợ, thông báo kết quả xét nghiệm cho Ban quản 
lý chợ để cảnh báo nguy cơ lây nhiễm virus cúm A/H5N1 đối với những người 
kinh doanh, giết mổ, tiêu thụ gia cầm. Đồng thời tăng cường công tác vệ sinh tiêu 
độc, khử trùng, công tác kiểm dịch, nhằm giảm thiểu sự tồn tại, phát tán của 
virus cúm A/H5N1 ngoài môi trường. 
Kết quả nghiên cứu xác định subtype A/H5N1 cho thấy có 69 mẫu dương 
tính với virus cúm A/H5N1 trong tổng số 350 mẫu dương tính cúm A/H5 (phụ 
lục 7), chiếm tỷ lệ 19,71%. Như vậy, bên cạnh virus cúm A/H5N1 còn có nhiều 
subtype A/H5Nx khác cũng đang lưu hành trong đàn gia cầm. Vì vậy, cần tiếp 
tục nghiên cứu xác định các chủng A/H5Nx này cũng như độc lực của chúng để 
có biện pháp phòng chống thích hợp. 
 60 
4.1.4. Kết quả xác định subtype H5N6 từ mẫu dương tính với virus cúm A/H5 
Bên cạnh virus cúm A/H5N1 đã và đang lưu hành tại Việt Nam từ năm 
2003 đến nay, từ tháng 4/2014 virus cúm A/H5N6 bắt đầu xuất hiện trên gia cầm 
bệnh ở tỉnh Lạng Sơn, sau đó xuất hiện ở các tỉnh khác thuộc miền Bắc và miền 
Trung như Lào Cai, Hà Tĩnh, Quảng Trị và Quảng Ngãi. Như đã tóm tắt trong 
phần mở đầu, thực chất virus H5N6 là một biến chủng của virus H5N1 (Nguyễn 
Đăng Thọ & cs., 2017); vì thế trong khuôn khổ đề tài, chúng tôi cũng tiến hành 
xét nghiệm xác định virus subtype H5N6. Các mẫu dương tính với virus cúm 
A/H5 sẽ được xét nghiệm tiếp gen N6 bằng phương pháp rRT-PCR. Kết quả 
được thể hiện ở phụ lục 8, biểu diễn ở hình 4.7 và hình 4.8. 
Hình 4.7. Kết quả sàng lọc virus cúm A/H5N6 tại các tỉnh giám sát 
Khác với kết quả xét nghiệm A/H5N1 chỉ xuất hiện chủ yếu là ở các tỉnh 
miền Nam (Kiên Giang), kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5N6 cho thấy, virus 
này chủ yếu được phát hiện được ở các tỉnh miền Trung (Nghệ An, Kon Tum, 
Quảng Nam và Quảng Ngãi), cụ thể: Kon Tum chiếm tỷ lệ nhiễm cao nhất trong 
các tỉnh được lấy mẫu (4,11%), tiếp theo là Quảng Nam với 46/3360 mẫu dương 
tính, chiếm 1,37%, Nghệ An có 2/150 mẫu dương tính chiếm 1,33%, Quảng Ngãi 
có 11/3360 mẫu dương tính chiếm tỷ lệ 0,33%; Hà Nội có 1/3360 mẫu dương 
tính với virus cúm A/H5N6, chiếm tỷ lệ 0,03%; các tỉnh Thừa Thiên Huế, Đổng 
Tháp, Vĩnh Long, Kiên Giang, Phú Thọ và Thái Nguyên không phát hiện được 
virus cúm A/H5N6 (hình 4.7). 
 61 
Kết quả nghiên cứu này cho thấy tỷ lệ phát hiện virus cúm A/H5N6 trên gia 
cầm tại các tỉnh miền Bắc là rất thấp, chỉ 0,01%. Kết quả này thấp hơn rất nhiều 
so với kết quả nghiên cứu của Nguyễn Thị Lan & cs. (2016), khi nghiên cứu về 
sự lưu hành của virus cúm A tại một số chợ giáp biên giới với Trung Quốc ở tỉnh 
Lạng Sơn với tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N6 là 4,52% (hình 4.8A). 
A B 
Hình 4.8. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N6 theo giai đoạn và khu vực giám sát 
Trong tổng số 30540 mẫu được xét nghiệm, có 198 mẫu dương tính với virus 
cúm A/H5N6, chiếm tỷ lệ 0,65% (phụ lục 8; hình 4.8A). Kết quả này thấp hơn kết 
quả của một số nghiên cứu giám sát virus cúm A/H5N6 tại Việt Nam, cụ thể: theo 
báo cáo của Cục Thú y về giám sát CGC do FAO tài trợ thực hiện tại 68 chợ buôn 
bán gia cầm sống trên địa bàn 32 tỉnh, thành phố trong cả nước từ tháng 12/2015 đến 
tháng 02/2016 phát hiện 91% số tỉnh có virus cúm A, 53% số tỉnh có virus H5N6. 
Tỷ lệ dương tính trên gia cầm bán tại chợ đối với virus H5N6 là 5,32%. 
Kết quả tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N6 ở giai đoạn 1 là 1,4% cao gấp 
khoảng 3 lần so với giai đoạn 2 (0,47%) và giai đoạn 3 (0,44%) (hình 4.8B). 
Trong giai đoạn 1 của nghiên cứu có 4/8 tỉnh là Nghệ An, Kon Tum, Quảng Nam 
và Quảng Ngãi có mẫu dương tính với virus cúm A/H5N6. Đến giai đoạn 2, số 
tỉnh có mẫu dương tính với virus cúm A/H5N6 là 5/11 tỉnh. Ngoài 4 tỉnh cũ là 
Nghệ An, Kon Tum, Quảng Nam và Quảng Ngãi có thêm Hà Nội. Giai đoạn 3 có 
3/11 tỉnh có mẫu dương tính với virus cúm A/H5N6 bao gồm: Kon Tum, Quảng 
 62 
Nam và Quảng Ngãi (phụ lục 8). 
Kết quả trên thấp hơn nhiều so với nghiên cứu giám sát chủ động trên 1280 
mẫu thu thập từ gia cầm sống tại các chợ buôn bán, giết mổ gia cầm ở 3 khu vực 
miền Bắc (Hà Nội, Quảng Ninh), miền Trung (Nha Trang) và miền Nam (Long An) 
từ 2012 đến 2015 của Nguyễn Lê Khánh Hằng & Lê Thị Quỳnh Mai (2016), cụ thể: 
tỷ lệ dương tính với subtype virus cúm A/H5 là 7,1% (91/1280 mẫu), trong đó virus 
cúm A/H5N1 là 4,4 % (56/1280 mẫu), virus cúm A/H5N6 là 2,6% (33/1280 mẫu). 
Từ kết quả xét nghiệm (phụ lục 6, 7, 8) cho thấy, tổng số mẫu dương tính với 
virus cúm A/H5N1 (69 mẫu) và A/H5N6 (198 mẫu) là 267 mẫu trong tổng số 350 
mẫu dương tính với virus cúm A/H5, chiếm tỷ lệ 76,29%. Như vậy, ngoài virus 
A/H5N1 và A/H5N6 đang lưu hành phổ biến còn khoảng 23,71% virus cúm 
A/H5Nx khác cũng đang lưu hành tại chợ buôn bán gia cầm sống. Vì vậy, cần có 
thêm các nghiên cứu giám sát về các subtype H5Nx và các subtype HA khác. 
4.1.5. Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5 biến chủng mới theo loài 
Trong nghiên cứu này, chúng tôi tiến hành lấy mẫu dịch hầu họng của 
gia cầm gồm: 6649 gà, 12991 ngan/vịt và 10900 chim cút. Kết quả xác định tỷ lệ 
nhiễm virus cúm theo loài được trình bày ở phụ lục 9 và biểu diễn hình 4.9. 
Hình 4.9. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 biến chủng mới theo loài 
Kết quả xét nghiệm mẫu cho thấy: tỷ lệ nhiễm virus cúm A trên gà là 15,7% 
 63 
(1044 mẫu dương tính trong 6649 mẫu dịch hầu họng được kiểm tra), trên 
ngan/vịt là 11,91% (1547/12991 mẫu dương tính với virus cúm A), và trên chim 
cút nuôi tại các hộ chăn nuôi là 1,86% (203/10900 mẫu dương tính). 
Mặc dù tỷ lệ ngan/vịt mang virus cúm A (11,91%) thấp hơn ở gà (15,7%), 
nhưng chúng lại có tỷ lệ mang virus cúm A/H5 và virus cúm A/H5N1 cao gấp 2 
– 2,5 lần so với gà. Cụ thể, tỷ lệ gà mang virus cúm A/H5 là 0,96% (64/6649 
mẫu), mang virus cúm A/H5N1 là 0,23% (15/6649 mẫu) và mang virus cúm 
A/H5N6 là 0,5% (33/6649 mẫu). Còn tỷ lệ ngan/vịt mang virus cúm A/H5 là 
2,16% (280/12991 mẫu), mang virus cúm A/H5N1 là 0,42% (54/12991mẫu) và 
mang virus cúm A/H5N6 là 1,27% (165/12991%). 
Sự lưu hành của virus CGC A/H5N1 và A/H5N6 trên đàn gà và đặc biệt ở 
trên đàn vịt có thể làm phát sinh các ổ dịch khiến cho việc phòng chống bệnh tại 
địa phương khó khăn hơn bởi khả năng mang trùng và lan truyền mầm bệnh cho 
đàn vịt tại địa phương (Sturm-Ramirez & cs., 2005). 
Mặc dù trong những năm qua, dịch CGC A/H5N1 và A/H5N6 cũng xảy ra 
lẻ tẻ trên chim cút ở một số tỉnh như Kiên Giang, Trà Vinh, Quảng Ngãi, Tiền 
Giang. Tuy nhiên, trong nghiên cứu này, tỷ lệ phát hiện virus cúm A và A/H5 
trên chim cút rất thấp lần lượt là 1,86% (203/10900 mẫu dương tính) và 0,06% 
(6/10900 mẫu dương tính). Đồng thời không phát hiện được virus cúm A/ 
H5N1và A/H5N6 trên chim cút. 
4.1.6. Nghiên cứu phân loại virus cúm A/H5 biến chủng mới thu thập được từ 
gà, ngan/vịt và chim cút 
Trong số các mẫu dương tính với virus cúm A/H5, có 84 mẫu được lựa 
chọn để tiến hành giải trình từ gen HA và tiến hành phân tích dựa trên cây phả hệ 
(phụ lục 10). Các mẫu này được lựa chọn dựa theo không gian và thời gian để 
đảm bảo các mẫu được đại diện cho các tỉnh trong thời gian nghiên cứu. Cây phả 
hệ được xây dựng dựa trên gen HA của 84 chủng trong nghiên cứu được phân lập 
từ các tỉnh Hà Nội, Nghệ An, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Kon Tum, Vĩnh Long, 
Đồng Tháp và Kiên Giang từ tháng 1/2015 tới hết 3/2018 với các chủng tham 
chiếu trong ngân hàng gen (GenBank), GISAID, và dữ liệu của Trung tâm Chẩn 
đoán Thú y Trung ương (NCVD) gồm các chủng phân lập được ở Việt Nam từ 
các năm trước đến các mẫu trong năm 2017. 
 64 
Theo kết quả phân tích phả hệ gen HA, các chủng trong nghiên cứu được chia 
thành 2 clade 2.3.4.4 và 2.3.2.1c. 34 chủng virus cúm A/H5N1 được phân lập từ 
Vĩnh Long, Đồng Tháp, Kiên Giang, Kon Tum, và Quảng Nam thuộc subclade 
2.3.2.1c cùng với các chủng tham chiếu A/Hongkong/6841/2010 (H5N1) và 
A/Mongolia/X53/2009. Mức độ tương đồng về nucleotide với các chủng trong 
nhóm (subclade 2.3.2.1c) là 89,7% -100%. 
Tỷ lệ tương đồng về nucleotide của các chủng này với chủng A/Hongkong 
/6841/2010 phân lập từ người ở Hồng Kông năm 2010 chỉ có 90,7%-93.7%. Còn lại 
50 chủng dương tính với virus cúm A/H5N6 phân lập được từ Nghệ An, Quảng 
Ngãi, Quảng Nam, Kon Tum và Hà Nội thuộc thuộc về clade 2.3.4.4 và chia thành 2 
subclade là 2.3.4.4a và 2.3.4.4b giống như các kết quả nghiên cứu trước đây 
(Nguyễn Đăng Thọ & cs., 2016). Giá trị boostrap tại gốc của các subclade này đều 
cao và đạt mức 99 - 100 cho thấy sự hình thành 2 subclade này có độ tin cậy cao. So 
sánh trình tự gen HA cho thấy, sự tương đồng gen HA (ở mức độ nucleotide) của 
các virus H5N6 Việt Nam trong từng subclade là rất cao từ 98,6% - 99,7% (subclade 
2.3.4.4a) và 96,9% - 99,7% (subclade 2.3.4.4b). Trong khi đó, sự tương đồng về gen 
HA giữa 2 sublade này là 94,3%- 94,8%. 
Các chủng virus H5N6 Việt Nam thuộc subclade 2.3.4.4a có sự tương đồng 
gen HA với chủng virus tham chiếu A/chicken-/Sichuan/NCJPL1/2014(H5N6) (Bi 
& cs., 2015) (98,4%- 99,6%) và A/Sichuan/26221/2014 (H5N6), chủng gây ca tử 
vong đầu tiên ở người (WHO/Feb/2015) (98,3%- 99,5%) cao hơn so với chủng 
A/chicken/Jiangxi/NCDZT1126/2014(H5N6) (Bi & cs., 2015) (93,8%-95,0%). 
Ngược lại các chủng virus H5N6 Việt Nam thuộc clade 2.3.4.4b có sự tương 
đồng gen HA so với A/chicken/Jiangxi/NCDZT1126/2014(H5N6) (90,2% - 
98,1%) cao hơn là A/chicken/Sichuan/NCJPL1/2014(H5N6) (89,6%- 94,3%) và 
A/Sichuan/26221/2014 (H5N6) (89,7%- 94,4%). 
Kể từ năm 2008, nhiều chủng virus cúm HPAI/H5 với subtype NA không 
phải N1 như H5N2, H5N5, H5N6, H5N8 đã xuất hiện ở Trung Quốc (Zhao & 
cs., 2012; Liu & cs., 2013; Wu & cs., 2014). Trong hai năm 2013-2014, các 
chủng virus HPAI H5Nx cũng đã được phát hiện ở nhiều vùng lãnh thổ khác 
ngoài Trung Quốc như Lào, Nhật Bản, Hàn Quốc, châu Âu, Mỹ, Canada (Lee & 
cs., 2014; De Vries & cs., 2015; Wong & cs., 2015). Các báo cáo phân tích phả 
 65 
hệ gen HA của những virus HPAI H5Nx cũng cho thấy chúng thuộc về clade 
2.3.4 nhưng không nằm trong các subclade 2.3.4.1, 2.3.4.2 và 2.3.4.3 mà tạo 
thành những nhánh virus mới trong clade 2.3.4. Theo định nghĩa clade của Nhóm 
Nghiên cứu Tiến hóa virus cúm H5N1 WHO/OIE/FAO, phần lớn những virus 
cúm HPAI H5Nx phát hiện trong năm 2013-2014 đều được các tác giả nghiên 
cứu phân loại vào subclade 2.3.4.6. Ngày 12/01/2015, Tổ chức Y tế Thế giới đã 
khuyến cáo sử dụng subclade 2.3.4.4 gọi thay cho subclade 2.3.4.6 sau khi Nhóm 
Nghiên cứu Tiến hóa virus cúm H5N1 WHO/OIE/FAO tiến hành phân tích tất cả 
những trình tự gen H5 gần đây (WHO, 2015). 
Như vậy, trong thời gian nghiên cứu từ tháng 1/2015 tới tháng 3/2018, virus 
cúm A lưu hành ở Việt Nam thuộc 2 subclade: subclade 2.3.4.4 phân bố chủ yếu 
ở miền Bắc và miền Trung; subclade 2.3.2.1c chủ yếu ở miền Nam. 
Tại thời điểm nghiên cứu, chưa phát hiện virus H5N6 ở miền Nam. 
4.1.7. Kết quả nghiên cứu nguồn gốc phát sinh của virus cúm A/H5 biến chủng 
mới qua phân tích phả hệ dựa trên gen HA 
Trong 84 chủng dương tính với virus cúm A/H5 được lựa chọn giải trình tự 
dựa trên gen HA (phụ lục 10), theo kết quả phân loại biến chủng đối với các 
chủng virus cúm A/H5. 
Trong thời gian nghiên cứu từ tháng 1/2015 tới tháng 3/2018, virus cúm A 
lưu hành ở Việt Nam thuộc 2 subclade (hình 4.10, hình 4.11, hình 4.12): subclade 
2.3.4.4 phân bố ở miền Bắc và miền Trung và subclade 2.3.2.1c chủ yếu ở miền 
Nam; tại thời điểm nghiên cứu, virus H5N6 chưa phát hiện được ở miền Nam. 
Virus CGC H5N6 lần đầu tiên được phát hiện gây bệnh trên gia cầm tại tỉnh 
Lạng Sơn, Việt Nam vào tháng 4 năm 2014. Các virus H5N6, clade 2.3.4.4 Việt 
Nam được chia thành 2 nhánh chính là nhánh virus giống với chủng 
A/Sichuan/26221/2014 (H5N6) và A/chicken/Jiangxi/NCDZT1126/2104 (H5N6) 
của Trung Quốc. Trong nghiên cứu này, 2 nhánh virus đã được đặt tên lần lư