Luận án Nghiên cứu thành phần loài, tính gây bệnh và khả năng phòng chống nấm Colletotrichum spp. gây bệnh thán thư ớt tại đồng bằng sông Hồng

trong 
ngưỡng giới hạn tối đa ≥ -12 kcal/mol (bảng 4.16). 
Bảng 4.16. Đặc điểm 4 cặp mồi được thiết kế nhằm phát hiện C. truncatum, C. fructicola, 
C. siamense và C. gloeosporioides s.s 
Mồi Trình tự (5’-3’) 
Độ 
dài 
mồi 
(nu) 
Mấu 
GC 
đầu 3’ 
Hàm 
lượng 
GC 
(%) 
Nhiệt 
độ tách 
mồi 
(OC) 
ΔG 
pentamer 
đầu 3' 
(kcal/mol) 
ΔG cấu 
trúc kẹp 
tóc tối đa 
(kcal/mol) 
ΔG tự 
mồi 
tối đa 
(kcal/
mol) 
ΔG tự 
mồi chéo 
tối đa 
(kcal/mol) 
Nhiệt 
độ gắn 
mồi tối 
ưu 
(OC) 
Độ 
dài 
sản 
phẩm 
(bp) 
C.tru-F GTCCCCTAAAAAGGACGTC 19 C 52,6 47,7 -9,4 -1,9 -4,4 
-2,9 53 321 
C.tru-R CCTACGTCAACCGTAGAG 18 G 55,6 42,2 -7,1 -3,1 -2,5 
C.fruc-F1 CATCAAATCGAAGATCTCTGC 21 GC 42,9 49,0 -9,9 1,1 -2,8 
-0,2 55,3 307 
C.fruc-R1 CTTTAGGTCGTCCTTGTGTTC 21 C 47,6 48,2 -8,2 1,2 0,3 
C.sia-F1 TGACAGCGGCTGTGTATCG 19 CG 57,9 52,8 -9 0,8 -3 
-0,4 54,2 345 
C.sia-R1 GATACTTAGGCGTACGAATGCA 22 Không 45,5 51,6 -10,5 2 -5,9 
C.glo-F ACTCTTGCCGCAGCATATAGG 21 GG 52,4 53,8 -8,1 0,8 -0,1 
-2 55,9 211 
C.glo-R GTAGCATCAGCAACGAATTGG 21 GG 47,6 52,5 -10,4 2 -0,4 
Chú thích: Các tham số nhiệt động học của mồi gồm nhiệt độ tách mồi, ΔG pentamer đầu 3’, ΔG cấu trúc kẹp tóc tối đa, ΔG tự mồi tối đa và ΔG tự mồi chéo tối đa được xác 
định dùng phần mềm VectorNTI Advance 11.5 (Invitrogen), trong đó ΔG là năng lượng tự do Gibbs. Nhiệt độ gắn mồi tối ưu được xác định bằng phần mềm PrimerSelect 
(DNASTAR, Inc.). 
7
8
79 
Cấu trúc thứ cấp: Cấu trúc thứ cấp có thể hình thành trong cùng một mồi 
hoặc giữa 2 mồi. Mồi chứa cấu trúc thứ cấp xấu thường dẫn tới năng suất PCR bị 
giảm, thậm chí không có sản phẩm. Tính ổn định của cấu trúc thứ cấp được đo 
bằng năng lượng tự do Gibbs ΔG (là năng lượng cần để phá vỡ cấu trúc thứ cấp). 
Các loại cấu trúc thứ cấp là: 
+ Cấu trúc kẹp tóc (Hairpins). Là cấu trúc thứ cấp hình thành trong nội bộ 
mồi. Tất cả các mồi thiết kế đều có giá trị ΔG tối đa từ -3 kcal/mol đến 2 
kcal/mol, nằm trong ngưỡng giới hạn tối đa ≥ -5 kcal/mol (bảng 4.16). 
+ Tự mồi (Self Dimer). Là cấu trúc hình thành giữa các phân tử của cùng 
loại mồi. Tất cả các mồi thiết kế đều có giá trị ΔG tối đa từ -5,9 kcal/mol đến 0,3 
kcal/mol, nằm trong ngưỡng giới hạn tối đa ≥ -6 kcal/mol (bảng 4.16). 
+ Tự mồi chéo (Cross Dimer). Là cấu trúc hình thành giữa các phân tử của 
2 mồi khác nhau (cặp mồi trong phản ứng PCR). Tất cả các mồi thiết kế đều có 
giá trị ΔG tối đa từ -0,4 kcal/mol đến -0,2 kcal/mol, nằm trong ngưỡng giới hạn 
tối đa ≥ -6 kcal/mol (bảng 4.16). 
Như vậy, dựa vào vùng trình tự ITS và ApMat đã thiết kế được 4 cặp mồi 
C.sia-F1/-R1, C.glo-F/-R, C-tru-F-/R và C.fru-F1/-R1. Các cặp mồi này sẽ được 
dùng để xác định các loài nấm C. gloeosporioides s.s, C. fructicola, C. siamense 
và C. truncatum gây bệnh thán thư ớt. 
4.2.3.2. Tối ưu hóa nhiệt độ gắn mồi phù hợp cho các cặp mồi thiết kế 
Một trong các yếu tố quan trọng ảnh hưởng đến tính đặc hiệu và hiệu suất 
của mồi là nhiệt độ gắn mồi. Mặc dù nhiệt độ gắn mồi tối ưu cho 4 cặp mồi đã 
được xác định bằng phần mềm nhưng chúng cần phải được xác định bằng thực 
nghiệm. Sử dụng DNA được chiết từ các mẫu nấm đã được xác định danh tính, 
phản ứng PCR đã được thực hiện ở 3 ngưỡng nhiệt độ là 54oC, 58oC và 62oC 
nhằm xác định nhiệt độ gắn mồi phù hợp cho 4 cặp mồi thiết kế. Kết quả kiểm 
tra PCR (bảng 4.17, hình 4.7 và phụ lục 2) cho thấy: 
Cặp mồi C.tru-F và C.tru-R (đặc hiệu loài C. truncatum) có khả năng phát 
hiện đặc hiệu loài này ở phạm vi nhiệt độ rất rộng. Ở cả 3 ngưỡng nhiệt độ, cặp 
mồi này chỉ tạo băng sản phẩm mong muốn 321 bp đối với 2 mẫu C30 và C25 
(C. truncatum). Băng đặc hiệu tạo ra ở nhiệt độ 58oC và 62oC đậm hơn 54oC (bảng 
4.17, hình 4.7). 
80 
Bảng 4.17. Xác định nhiệt độ gắn mồi phù hợp của 4 cặp mồi thiết kế 
Cặp mồi Loài nấm kiểm tra 
Băng PCR đặc hiệu ở các ngưỡng nhiệt độ 
54oC 58oC 62oC 
C.tru-F/-R 
C. truncatum ++ +++ +++ 
C. fructicola - - - 
C. siamense - - - 
C. gloeosporioides s.s - - - 
C. aeschynomenes - - - 
C.fruc-F1/-R1 
C. truncatum - - - 
C. fructicola + +++ +++ 
C. siamense - - - 
C. gloeosporioides s.s - - - 
C. aeschynomenes - - - 
C.sia-F1/-R1 
C. truncatum +++ + - 
C. fructicola +++ - - 
C. siamense +++ +++ +++ 
C. gloeosporioides s.s +++ - - 
C. aeschynomenes +++ - - 
C.glo-F/-R 
C. truncatum - - - 
C. fructicola - - - 
C. siamense - - - 
C. gloeosporioides s.s ++ +++ +++ 
C. aeschynomenes - - - 
Chú thích: (-): không xuất hiện băng đặc hiệu; (+, ++, +++): mức độ đậm của băng đặc hiệu 
Tương tự, cặp mồi C.glo-F và C.glo-R (đặc hiệu loài C. gloeosporioides s.s) 
cũng có khả năng phát hiện đặc hiệu loài nấm này ở cả 3 ngưỡng nhiệt độ, chỉ tạo 
băng sản phẩm mong muốn 211 bp đối với 2 mẫu C9 và C44 (C. gloeosporioides 
s.s). Băng đặc hiệu tạo ra ở nhiệt độ 58oC và 62oC đậm hơn 54oC (bảng 4.17, 
hình 4.7). 
Đối với cặp mồi C.fruc-F1 và C.fruc-R1 (đặc hiệu loài C. fructicola), ở 
nhiệt độ gắn mồi 54oC, băng đặc hiệu 307 bp mặc dù chỉ hình thành ở 2 mẫu C1 
và C14 (C. fructicola) nhưng mờ, có lẽ do hình thành nhiều sản phẩm tự mồi hoặc 
tự mồi chéo (dimer). Ngoài ra, ở ngưỡng nhiệt độ này, cặp mồi cũng tạo sản phẩm 
không đặc hiệu ~ 800 bp đối với mẫu C29 (C. aeschynomenes) và ~150 bp đối với 
mẫu C25 (C. truncatum). Ở nhiệt độ gắn mồi 58oC, cặp mồi đã tạo băng đặc hiệu 
rõ đối với 2 mẫu C1 và C14 (C. fructicola) chứng tỏ mức độ hình thành dimer đã 
81 
giảm. Tuy nhiên, ở ngưỡng nhiệt độ 58oC, cặp mồi cũng tạo băng sản phẩm đặc 
hiệu rất mờ đối với mẫu C44 (C. gloeosporioides s.s). Khi tăng nhiệt độ lên 62oC, 
cặp mồi này chỉ tạo băng đặc hiệu và rõ đối với 2 mẫu C1 và C14 và không tạo bất 
kỳ băng sản phẩm nào đối với các mẫu Colletotrichum khác (bảng 4.17, hình 4.7). 
Đối với cặp mồi C.sia-F1 và C.sia-R1 (đặc hiệu loài C. siamense), phản ứng 
PCR ở nhiệt độ gắn mồi 54oC đã tạo băng đặc hiệu 345 bp với tất cả các mẫu 
nấm. Ở nhiệt độ gắn mồi 58oC, cặp mồi này đã tạo băng đặc hiệu rõ đối với 2 
mẫu C4 và C33 (C. siamense) và rất mờ đối với mẫu C30 (C. truncatum). Ở 
ngưỡng nhiệt độ 58oC, cặp mồi cũng tạo băng sản phẩm không đặc hiệu đối với 
mẫu C1 (C. fructicola) và C44 (C. gloeosporioides s.s). Khi tăng nhiệt độ gắn mồi 
lên 62oC, cặp mồi này đã tạo băng đặc hiệu, rõ đối với 2 mẫu C4 và C33 
(C. siamense). Ở nhiệt độ gắn mồi 62oC, cặp mồi vẫn tạo băng không đặc hiệu 
đối với mẫu C1 (C. fructicola), tuy nhiên băng này có thể phân biệt được với băng 
đặc hiệu (bảng 4.17, hình 4.7). 
Dựa vào các kết quả trên, nhiệt độ gắn mồi tối ưu đối với các cặp mồi C.tru-F/-
R, C.glo-F/-R được xác định là 58 - 62oC, đối với các cặp mồi C.fru-F1/-R1, C.sia-
F1/-R1 là 62oC. 
Chú thích: Mũi tên chỉ băng sản phẩm mong muốn cho từng cặp mồi Các giếng là các mẫu nấm đã xác 
định danh tính: C25 và C30 (C. truncatum), C1 và C14 (C. fructicola), C4 và C33 (C. siamense), 
C9 và C44 (C. gloeosporioides s.s), C29 (C. aeschynomenes) 
Hình 4.7. PCR xác định nhiệt độ gắn mồi phù hợp 
cho 4 cặp mồi đặc hiệu Colletotrichum 
82 
4.2.3.3. Tối ưu hóa phương pháp chiết DNA phục vụ chẩn đoán nhanh các 
loài nấm Colletotrichum 
Chuẩn bị khuôn DNA cho phản ứng PCR là công đoạn tốn thời gian và 
công sức. Mục tiêu của thí nghiệm này là đánh giá liệu phương pháp chiết nhanh 
bằng NaOH có phù hợp để chiết DNA từ nấm Colletotrichum cho phản ứng PCR 
hay không. 
Có rất nhiều qui trình chiết tách DNA cho phản ứng PCR từ các loại sinh 
vật và vi sinh vật gồm thực vật, động vật (côn trùng, nhện, tuyến trùng), nấm và 
vi khuẩn. Thông thường, có 3 nhóm kỹ thuật chiết DNA gồm: 
1. Dùng kít chiết thương mại. Có rất nhiều các kít chiết thương mại trên 
thị trường. Chất lượng DNA rất tốt nhưng chi phí chẩn đoán cao do giá các kít 
chiết thường rất đắt. Để hoàn thành chiết DNA cho 1 mẫu nấm bằng kít chiết 
thương mại cần thời gian là 75 phút. 
2. Dùng các kỹ thuật chiết thủ công. Có rất nhiều qui trình chiết DNA thủ 
công, trong đó, người sử dụng tự pha chế các đệm và dung dịch cần thiết. Một ví 
dụ là kỹ thuật chiết sử dụng CTAB. Các kỹ thuật chiết thủ công thường gồm 
nhiều bước, liên quan đến sử dụng dung môi độc hại và lượng DNA thu được 
không được tinh khiết bằng dùng kít chiết thương mại. Thời gian để hoàn thành 
chiết DNA cho 1 mẫu nấm bằng kỹ thuật chiết sử dụng CTAB là 75 phút. 
3. Chiết nhanh. Trong các trường hợp không yêu cầu độ tinh khiết của 
DNA cao, chẳng hạn phản ứng PCR, kỹ thuật chiết nhanh như công phá tế bào 
bằng NaOH sau đó trung hòa bằng hòa loãng hoặc sử dụng đệm có pH thấp có 
thể được áp dụng. Để hoàn thành chiết DNA cho 1 mẫu nấm bằng cách sử dụng 
NaOH chỉ cần thời gian là 5 phút. 
Trong nghiên cứu này, để tối ưu hóa phương pháp chiết DNA phục vụ chẩn 
đoán nhanh các loài Colletotrichum, NaOH đã được sử dụng dựa trên qui trình 
chiết DNA từ mô thực vật được công bố bởi Wang et al. (1993). Nguyên lý của 
kỹ thuật rất đơn giản: NaOH công phá vách, màng tế bào, màng nhân, màng cơ 
quan tử như ty thể và giải phóng DNA. Dịch nghiền được trung hòa bằng cách 
hòa loãng với đệm Tris. 
Bốn cặp mồi thiết kế đặc hiệu cho 4 loài Collettotrichum đã được kiểm tra 
PCR trên các mẫu nấm đã được định danh loài. DNA của mỗi mẫu nấm được chiết 
bằng cả 2 phương pháp là CTAB và chiết nhanh bằng NaOH. Kết quả kiểm tra 
PCR cho thấy băng PCR đặc hiệu hình thành ở 8 mẫu nấm đại diện cho 4 loài nấm 
nhìn chung đều rõ tương đương nhau ở 2 phương pháp (bảng 4.18 và hình 4.8). 
83 
Gần đây, Osmundson et al. (2013) đã đánh giá phương pháp chiết nhanh 
DNA của nhiều loài nấm thật và Phytophthora bằng NaOH cho phản ứng PCR 
và đã chứng tỏ phương pháp rất hiệu quả, tin cậy mặc dù năng suất DNA thu 
được không cao bằng các phương pháp chiết khác. Trong qui trình của Wang et 
al. (1993) và Osmundson et al. (2013), dịch nghiền mô thực vật hoặc nấm trong 
NaOH 0.5 M được hòa loãng 500 lần với đệm Tris 0.1 M, pH8. Trong nghiên 
cứu này, dịch nghiền nấm Colletotrichum trong NaOH chỉ được hòa loãng 11 
lần trong đệm Tris, do đó làm tăng nồng độ DNA của mẫu chiết. Kết quả so 
sánh phản ứng PCR giữa 2 phương pháp cũng chứng tỏ nấm Colletotrichum 
không tạo các chất ức chế phản ứng PCR và độ hòa loãng thấp của dịch NaOH 
trong đệm Tris không làm thay đổi nồng độ ion Na+ và pH tới mức ảnh hưởng 
tới hiệu suất phản ứng PCR. 
Bảng 4.18. Kết quả PCR so sánh hai phương pháp chiết DNA mẫu nấm 
Cặp mồi Loài 
Mẫu 
kiểm 
tra 
Băng PCR đặc hiệu ở hai 
phương pháp chiết DNA nấm 
CTAB NaOH 
C.glo-F/-R C. gloeosporioides s.s 
C9 +++ +++ 
C44 +++ ++ 
C.fruc-F1/-R1 C. fructicola 
C1 ++ ++ 
C14 ++ +++ 
C.sia-F1/-R1 C. siamense 
C4 +++ ++ 
C33 +++ ++ 
C.tru-F/-R C. truncatum 
C25 +++ ++ 
C30 +++ +++ 
Chú thích: ++, +++: mức độ đậm của băng đặc hiệu 
Chú thích: M là thang DNA 100 bp (Generuler 100 bp, Thermo Scientific) với các băng từ 
100 - 500 bp được chỉ bằng mũi tên. Các giếng là các mẫu nấm đã xác định danh tính: C25 và C30 
(C. truncatum), C1 và C14 (C. fructicola), C4 và C33 (C. siamense), C9 và C44 (C. gloeosporioides s.s) 
Hình 4.8. Phản ứng PCR so sánh 2 phương pháp chiết DNA 
(CTAB và NaOH) từ nấm Colletotrichum với 4 cặp mồi đặc hiệu 
84 
Sử dụng NaOH để chiết có rất nhiều ưu điểm: (1) Cực kỳ nhanh chóng, chỉ 
gồm 2 bước là nghiền sợi nấm hoặc bào tử trong NaOH và sau đó hòa loãng bằng 
đệm Tris; (2) giảm thiểu nhiễm chéo giữa các mẫu do số bước chiết ít; (3) bảo vệ 
DNA khỏi bị phân hủy bởi enzyme do NaOH phân hủy ngay lập tức các nuclease 
được giải phóng trong quá trình nghiền. 
Do các ưu điểm trên, chiết bằng kỹ thuật NaOH ngày càng được ưa chuộng 
đối với các ứng dụng PCR thông thường vì lượng DNA không cần nhiều và 
DNA không cần quá sạch. 
Kết quả thu được của thí nghiệm cho thấy, phương pháp chiết nhanh 
bằng NaOH biến đổi hoàn toàn phù hợp để chiết DNA từ mẫu nấm 
Colletotrichum cho phản ứng PCR. 
4.2.4. Xác định thành phần, mức độ phân bố và đa dạng loài Colletotrichum 
gây bệnh thán thư ớt tại đồng bằng sông Hồng và một số tỉnh bằng PCR 
4.2.4.1. Xác định thành phần loài Colletotrichum gây bệnh thán thư ớt tại 
đồng bằng sông Hồng và một số tỉnh bằng PCR 
Sau khi xác định được nhiệt độ gắn mồi tối ưu cho 4 cặp mồi thiết kế và 
phương pháp chiết DNA phù hợp từ mẫu nấm Colletotrichum, phản ứng PCR đã 
được thực hiện trên 52 mẫu nấm Colletotrichum gây bệnh thán thư ớt thu tại 9 
tỉnh thuộc ĐBSH và 4 tỉnh khác gồm Bắc Giang, Thái Nguyên, Sơn La và Tiền 
Giang. Đầu tiên, các mẫu nấm được kiểm tra PCR bằng cặp mồi C.sia-F1/-R1. 
Tiếp theo các mẫu nấm âm tính với cặp mồi này lại được kiểm tra lần lượt bằng 
các cặp mồi C.fruc-F1/-R1, C.glo-F-R và C.tru-F/-R theo phương pháp loại trừ. 
Kết quả kiểm tra được tổng hợp và trình bày tại bảng 4.19, hình ảnh các sản 
phẩm PCR được trình bày tại phụ lục 2. 
Kết quả kiểm tra PCR các mẫu nấm Colletotrichum thu thập (bảng 4.19) đã 
xác định được 27 mẫu nấm là loài C. siamense (C2, C4, C5, C7, C11, C12, C16, 
C17, C18, C19, C22, C23, C24, C27, C28, C31, C33, C36, C37, C38, C40, C41, 
C42, C47, C50, C51, C54), 11 mẫu nấm là loài C. fructicola (C1, C3, C6, C10, 
C14, C32, C34, C43, C45, C46, C52), 5 mẫu nấm là loài C. gloeosporioides s.s 
(C9, C15, C26, C39, C44) và 8 mẫu nấm là loài C. truncatum (C8, C13, C20, 
C25, C30, C35, C48, C53). Riêng mẫu C29 phản ứng âm tính với cả 4 cặp mồi, 
mẫu này đã được giải trình tự vùng ApMat và được xác định là loài 
C. aeschynomenes. 
85 
Bảng 4.19. Phát hiện các loài Colletetotrichum gây bệnh thán thư ớt 
thu thập bằng PCR 
TT Mẫu Địa điểm thu thập 
Phản ứng PCR 
Loài xác định C.sia-
F1/-R1 
C.fruc-
F1/-R1 
C.glo-
F/-R 
C.tru-
F/R 
1 C1 Trâu Quỳ, Gia Lâm, Hà Nội - + - - C. fructicola 
2 C2 Trâu Quỳ, Gia Lâm, Hà Nội + 0 - 0 C. siamense 
3 C3 Quỳnh Hội, Quỳnh Phụ, Thái Bình - + - 0 C. fructicola 
4 C4 Quỳnh Hội, Quỳnh Phụ, Thái Bình + - 0 - C. siamense 
5 C5 Hoàn Long, Yên Mỹ, Hưng Yên + 0 0 0 C. siamense 
6 C6 Dạ Trạch, Khoái Châu, Hưng Yên - + - 0 C. fructicola 
7 C7 Đông Tảo, Khoái Châu, Hưng Yên + 0 0 0 C. siamense 
8 C8 Tiền Phong, Ân Thi, Hưng Yên - 0 0 + C. truncatum 
9 C9 An Bình, Lương Tài, Bắc Ninh - 0 + 0 C. gloeosporioides s.s 
10 C10 An Bình, Lương Tài, Bắc Ninh - + - 0 C. fructicola 
11 C11 Trung Kênh, Lương Tài, Bắc Ninh + 0 0 0 C. siamense 
12 C12 Trung Kênh, Lương Tài, Bắc Ninh + 0 0 0 C. siamense 
13 C13 Trấn Dương, Vĩnh Bảo, Hải Phòng - 0 0 + C. truncatum 
14 C14 Trấn Dương, Vĩnh Bảo, Hải Phòng - + 0 0 C. fructicola 
15 C15 Trấn Dương, Vĩnh Bảo, Hải Phòng - 0 + 0 C. gloeosporioides s.s 
16 C16 Trấn Dương, Vĩnh Bảo, Hải Phòng + 0 0 0 C. siamense 
17 C17 Trấn Dương, Vĩnh Bảo, Hải Phòng + 0 0 0 C. siamense 
18 C18 Trấn Dương, Vĩnh Bảo, Hải Phòng + 0 0 0 C. siamense 
19 C19 Quỳnh Hải, Quỳnh Phụ, Thái Bình + 0 0 0 C. siamense 
20 C20 Quỳnh Hải, Quỳnh Phụ, Thái Bình 0 - 0 + C. truncatum 
21 C22 Nhân Hưng, Lý Nhân, Hà Nam + 0 0 0 C. siamense 
22 C23 Nhân Hưng, Lý Nhân, Hà Nam + 0 0 0 C. siamense 
23 C24 Dạ Trạch, Khoái Châu, Hưng Yên + 0 0 0 C. siamense 
24 C25 Văn Đức, Gia Lâm, Hà Nội - 0 - + C. truncatum 
25 C26 Hoàn Long, Yên Mỹ, Hưng Yên - 0 + 0 C. gloeosporioides s.s 
26 C27 Nhân Hưng, Lý Nhân, Hà Nam + 0 0 0 C. siamense 
27 C28 Thanh Ninh, Phú Bình, Thái Nguyên + 0 0 0 C. siamense 
28 C29 Thanh Ninh, Phú Bình, Thái Nguyên - - - - C. aeschynomenes 
29 C30 Vân Nội, Đông Anh, Hà Nội - - 0 + C. truncatum 
30 C31 Nhân Hưng, Lý Nhân, Hà Nam + 0 - 0 C. siamense 
31 C32 Thị trấn Nông trường, Mộc Châu, Sơn La - + - 0 C. fructicola 
32 C33 Đông Sang, Mộc Châu, Sơn La + 0 0 0 C. siamense 
33 C34 Đông Sang, Mộc Châu, Sơn La - + - 0 C. fructicola 
34 C35 Long Thành, Long Định, Tiền Giang - 0 0 + C. truncatum 
35 C36 Long Thành, Long Định, Tiền Giang + 0 0 0 C. siamense 
36 C37 Nhân Hưng, Lý Nhân, Hà Nam + 0 - 0 C. siamense 
37 C38 Mỹ Tiến, Mỹ Lộc, Nam Định + 0 0 0 C. siamense 
38 C39 Mỹ Tân, Mỹ Lộc, Nam Định - 0 + 0 C. gloeosporioides s.s 
39 C40 Hợp Đức, Tân Yên, Bắc Giang + 0 0 0 C. siamense 
40 C41 Hợp Đức, Tân Yên, Bắc Giang + 0 0 0 C. siamense 
41 C42 Song Vân, Tân Yên, Bắc Giang + 0 0 0 C. siamense 
86 
TT Mẫu Địa điểm thu thập 
Phản ứng PCR 
Loài xác định C.sia-
F1/-R1 
C.fruc-
F1/-R1 
C.glo-
F/-R 
C.tru-
F/R 
42 C43 Song Vân, Tân Yên, Bắc Giang - + - 0 C. fructicola 
43 C44 Cổ Bi, Gia Lâm, Hà Nội - - + - C. gloeosporioides s.s 
44 C45 Cổ Bi, Gia Lâm, Hà Nội - + - 0 C. fructicola 
45 C46 Khánh Vân, Yên Khánh, Ninh Bình - + - 0 C. fructicola 
46 C47 Khánh Vân, Yên Khánh, Ninh Bình + 0 0 0 C. siamense 
47 C48 Văn Đức, Gia Lâm, Hà Nội 0 0 0 + C. truncatum 
48 C50 Việt Hồng, Thanh Hà, Hải Dương + 0 0 0 C. siamense 
49 C51 Thanh Hải, Thanh Hà, Hải Dương + - - 0 C. siamense 
50 C52 Kim Tân, Kim Thành, Hải Dương - + - 0 C. fructicola 
51 C53 Kim Tân, Kim Thành, Hải Dương - 0 0 + C. truncatum 
52 C54 Hoàng Hanh, Ninh Giang, Hải Dương + 0 0 0 C. siamense 
Chú thích: +: phản ứng PCR dương tính; -: phản ứng PCR âm tính; 0: Không kiểm tra 
Theo Don et al. (2007) và Ngô Bích Hảo (1991, 1992, 1993), thành phần 
nấm gây bệnh thán thư ớt tại Việt Nam gồm 4 loài: C. acutatum, C. capsici, 
C. gloeosporioides, C. nigrum. So sánh kết quả thu được với các công bố trước đây 
chúng tôi nhận thấy, thành phần loài Colletotrichum gây bệnh thán thư ớt tại ĐBSH 
và một số tỉnh có sự sai khác đáng kể khi không ghi nhận sự xuất hiện của 2 loài 
C. acutatum và C. nigrum. Ba loài nấm được xem là phát hiện mới tại Việt Nam 
gồm C. siamense, C. fructicola và C. aeschynomenes thực chất là các loài thuộc 
phức hợp loài C. gloeosporioides s.l - đây là các loài chỉ được xác định chính xác 
khi phân tích trình tự gen. Sở dĩ có sự sai khác trên là do các công bố thành phần 
loài trước đây có thể chỉ được thực hiện dựa trên đặc điểm hình thái nên không thể 
xác định được chính xác tới mức loài của phức hợp loài C. gloeosporioides s.l. 
4.2.4.2. Phân bố và mức độ đa dạng của các loài Colletotrichum gây bệnh thán 
thư ớt tại đồng bằng sông Hồng và một số tỉnh 
Dựa trên kết quả PCR, phân bố và mức độ đa dạng các loài nấm 
Colletotrichum gây bệnh thán thư ớt tại ĐBSH và một số tỉnh đã được xác định. 
Kết quả được thể hiện tại bảng bảng 4.20 và hình 4.9. 
a. Phân bố của C. siamense 
 C. siamense là loài nấm phổ biến nhất, phát hiện thấy ở tất cả 13 tỉnh thu 
thập mẫu gồm 9 tỉnh ĐBSH, 3 tỉnh trung du miền núi phía Bắc (Thái Nguyên, 
Bắc Giang, Sơn La) và 1 tỉnh đồng bằng Sông Cửu Long (Tiền Giang). Số lượng 
loài này được phát hiện cũng nhiều nhất, chiếm 51,9% tổng số mẫu thu thập tại 13 
tỉnh (tổng mẫu = 52) và 51,2% tổng số mẫu thu thập tại ĐBSH (tổng mẫu = 41) 
(bảng 4.20, hình 4.9). 
87 
Bảng 4.20. Phân bố mẫu nấm Colletotrichum gây bệnh thán thư ớt thu thập 
tại đồng bằng sông Hồng và một số tỉnh 
TT Tỉnh 
Số 
mẫu 
nấm 
Số lượng mẫu nấm theo loài 
C. 
siamense 
C. 
fructicola 
C. 
gloeosporioides 
s.s 
C. 
truncatum 
C. 
aeschynomenes 
1 Bắc Ninh 4 2 1 1 0 0 
2 Hà Nam 5 5 0 0 0 0 
3 Hà Nội 7 1 2 1 3 0 
4 Hải Dương 5 3 1 0 1 0 
5 Hải Phòng 6 3 1 1 1 0 
6 Hưng Yên 6 3 1 1 1 0 
7 Nam Định 2 1 0 1 0 0 
8 Ninh Bình 2 1 1 0 0 0 
9 Thái Bình 4 2 1 0 1 0 
ĐBSH 41 21 8 5 7 0 
10 Bắc Giang 4 3 1 0 0 0 
11 Thái Nguyên 2 1 0 0 0 1 
12 Sơn La 3 1 2 0 0 0 
13 Tiền Giang 2 1 0 0 1 0 
Tổng 52 27 11 5 8 1 
Hình 4.9. Phân bố các loài Colletotrichum gây bệnh thán thư ớt từ tất cả 
các địa điểm (A) và các tỉnh đồng bằng sông Hồng (B) 
C. siamense là loài được phát hiện thấy đầu tiên trên cà phê tại Thái Lan năm 
2009 (Prihastuti et al., 2009) và có phổ ký chủ rất rộng (Weir et al., 2012). Mặc dù 
loài này đã được phát hiện thấy gây hại trên ớt tại Thái Lan (Suwannarat et al., 
2017) và Ấn Độ (Sharma & Shenoy, 2013), Úc (De Silva et al., 2017a) nhưng lại 
88 
không được liệt kê trong thành phần loài hại ớt tại Trung Quốc (Diao et al., 2017). 
Loài C. hymenocallidis, một trong các loài được phát hiện trên ớt tại Trung Quốc 
(Diao et al., 2017) cũng chính là C. siamense theo nghiên cứu của Liu et al. (2016).