Luận án Nghiên cứu xây dựng mã vạch ADN của một số nguồn gen cây trồng có giá trị kinh tế nhằm phục vụ công tác bảo tồn và chọn tạo giống

 loại hai giống vải này của Việt Nam. 
Các trình tự của đoạn gen rbcL của các giống vải nghiên cứu và một số trình 
tự tham chiếu từ NCBI tương ứng đại diện cho chi Nephelium - AY724364, 
Dimocarpus - KY174176, KY174184, Litchi - KR529549, KR529548, 
AY188790 được sử dụng để phân tích tương quan di truyền, bằng phương pháp 
lập sơ đồ hình cây NJ (Saitou và cs, 1987), với giá trị bẫy lặp lại 1000 lần và nhóm 
ngoài là trình tự của loài Oryza sativa - AJ746297 - đại diện nhóm cây 1 lá mầm 
(Hình 3.21). 
Hình 3.21. Cây phân loại dựa tr n đoạn gen rbcL của các giống vải nghiên cứu 
Kết quả cho thấy cây phân loại đã nhóm được các trình tự thuộc Bộ 
Sapindales. Cũng tương tự như nghiên cứu trình tự đoạn gen rbcL của các giống 
84 
nhãn ở mục trên, trong Bộ Sapindales, các trình tự thuộc họ Rutaceae nhóm thành 
một nhóm lớn tách biệt với họ Anacardiacea (Toxicodendron vernicifluum - 
GU935447) và Dodonaeoideae (Harpullia arborea - AY724356); ba chi 
Nephelium, Dimocarpus và Litchi được xếp lẫn với nhau thành một nhóm lớn. 
Trong đó, hai trình tự vải Thạch Bình - L3 và Lục Ngạn 1 chín sớm - L đứng tách 
biệt với các trình tự của vải của Việt Nam và các trình tự tham khảo thế giới với 
khoảng cách di truyền là 0,004 (phụ lục Bảng 15). Vải Thiều Thanh Hà - L2, Lục 
Ngạn 2 chính vụ - L5, Yên Hưng chín sớm - L8, Yên Phú - L9 và Hoài Chi - L13 
cùng giống vải tham chiếu (AY188790) không có sự khác biệt và tách thành 1 
nhóm nhỏ. 
Kết quả này cũng tương tự như nghiên cứu của tác giả Xiao-cui và cs (2015) 
khi ứng dụng mã vạch để nghiên cứu các cây nhiệt đới điển hình trong đó có cây vải 
của khu bảo tồn thiên nhiên Xishuangbanna (Tây Nam Trung Quốc). Tác giả cũng 
kết luận rằng mã vạch ADN tuy chưa phù hợp để xác định các loài cây nhiệt đới 
nhưng chúng vẫn có thể giúp xác định được ở cấp họ và chi. Do đó, đoạn mã vạch 
ADN dựa trên trình tự vùng gen rbcL đã phân biệt được đến chi Litchi. 
Như vậy, việc xây dựng mã vạch ADN dựa trên vùng gen rbcL của các nguồn 
gen nghiên cứu (bưởi, chuối, nhãn, vải) đều cho kết quả rằng: khi sắp xếp tất cả các 
trình tự nghiên cứu đã thấy có một số alen đặc trưng để nhận diện ra các loài khác 
nhau như ở vị trí 463bp loài bưởi có alen G trong khi các loài khác là alen A; vị trí 
499bp loài bưởi là alen C, các loài khác là alen A; loài nhãn và vải mới chỉ có 
chung một alen đặc trưng là ở vị trí 469bp là alen C, các loài khác là alen T; loài 
chuối được nhận ra ở vị trí 730bp với alen A, 741bp với alen G. Trong từng tập 
đoàn nghiên cứu, đoạn mã vạch ADN dựa trên vùng gen rbcL đã phát hiện được 
một số alen đặc trưng ở 2 giống bưởi (bưởi Thanh Trà - G2 và Da Xanh - G27 tại vị 
trí 583bp), 2 giống vải (vải Thạch Bình - L3 và Lục Ngạn 1 chín sớm - L6 tại vị trí 
317bp). Các trình tự đặc biệt của từng giống được đăng ký trên ngân hàng gen 
NCBI với mã số lần lượt là KR073282, KR073281, KU961571 và KU961573. Đây 
là các SNP đột biến tự nhiên có ý nghĩa quan trọng trong công tác nhận dạng giống 
cây ăn quả đặc sản của Việt Nam. 
85 
Kết quả phân tích các trình tự gen rbcL trong nghiên cứu này là hoàn toàn 
phù hợp với kết quả nghiên cứu của các nhà khoa học trên thế giới khi cho rằng để 
tăng tính hiệu quả của việc nhận dạng các giống cây trồng nên sử dụng kết 
hợp rbcL với các mã vạch ADN khác, ví dụ như matK. Việc lựa chọn sự kết hợp 
giữa hai gen này cho mã vạch ADN ở thực vật dựa trên khả năng dễ khuếch đại của 
gen rbcL và khả năng phân biệt nhận dạng tốt của vùng gen matK (Vijayan và cs, 
2010; Wenqin và cs, 2010). Chính vì vậy, đề tài luận án tiếp tục tiến hành xây dựng 
mã vạch ADN của các nguồn gen nghiên cứu dựa trên vùng gen matK. 
3.3. XÂY DỰNG MÃ VẠCH ADN DỰA TRÊN VÙNG GEN MATK CHO 
MỘT SỐ NGUỒN GEN NGHIÊN CỨU 
Dựa trên kết quả chọn lọc các nguồn gen bằng chỉ thị phân tử (EST-SSR và 
SCoT) với tổng số 20 giống bưởi, 8 giống chuối, 20 giống nhãn, 14 giống vải đã 
được tiến hành đánh giá đa dạng di truyền dựa trên đoạn gen matK. Kết quả đã nhân 
bản gen matK thành công từ các mẫu giống nghiên cứu với kích thước đồng đều là 
khoảng 750bp (Hình 3.22). Kết quả kiểm tra tinh sạch mẫu sản phẩm PCR cho thấy 
các mẫu đều chất lượng đảm bảo cho giải trình tự. 
Hình 3.22. Khuếch đại gen matK bằng cặp mồi Kim3F/1R của các nguồn gen 
bưởi, chuối, nhãn và vải nghiên cứu 
86 
Hình 3.23. So sánh và cây phân loại trình tự gen matK của 
các nguồn gen nghiên cứu và trình tự tham khảo 
Kết quả giải trình tự vùng gen matK của các nguồn gen nghiên cứu, thu được 
tổng cộng 62 trình tự hoàn chỉnh của mã vạch matK của các nguồn gen nghiên cứu 
Giống tham khảo 
Các giống chuối 
nghiên cứu và 
tham khảo 
Giống tham khảo 
Các giống bưởi 
nghiên cứu và 
tham khảo 
Các giống vải 
nghiên cứu và 
tham khảo 
Các giống nhãn 
nghiên cứu và 
tham khảo 
87 
(bao gồm 20 trình tự bưởi, 8 trình tự chuối, 20 trình tự nhãn và 14 trình tự vải) và 8 
trình tự tham khảo (bao gồm Oryza sativa - AY176644, Arabidopsis thaliana - 
AF144377, Musa acuminata - FJ871592, Musa balbisiana - FJ871610, Citrus 
maxima - JN315358; Litchi chinensis - JN191125, HQ415298, Dimocarpus longan 
- JN407206) (Hình 3.23). 
Bảng 3.4. Bảng mã một số vị trí có sự khác biệt alen trong vùng gen matK của 
các nguồn gen nghiên cứu 
STT 996 1000 1014 1017 1019 1026 1052 1155 1198 1240 
Oryza sativa L. 
(mẫu tham khảo) 
G C C T T T C C A C 
Chuối 
Musa sapientm L. 
C A T T T T C C A - 
Arabidopsi 
thaliana 
(mẫu tham khảo) 
A T C - T T T C A - 
Bưởi 
Citrus grandis L. 
A - C C C T C C G C 
Vải 
Litchi sinensis 
Sonn. 
A - C T T T G G A G 
Nhãn 
Dimocarpus 
longan Lour 
A - C T T T/G C C G C 
Kết quả so sánh, phân tích, vẽ cây khoảng cách di truyền dựa trên phần mềm 
Geneious nhận thấy các nguồn gen nghiên cứu được phân thành 3 nhóm chính gồm 
có nhóm chuối, nhóm bưởi và nhóm nhãn vải. Sự phân nhóm này là do có khác biệt 
ở một số alen (Hình 3.23). Đây có thể là một số SNP đặc trưng cho các loài bưởi, 
chuối, nhãn và vải. Các vị trí khác biệt như 99 bp, các trình tự khác là alen G/A, 
riêng trình tự bưởi là alen C; vị trí 1014bp, tất cả các trình tự là alen C, bưởi là alen 
88 
T; vị trí 1052bp, vải là alen G, các loài khác là alen C/T. Bảng mã một số vị trí 
có sự khác biệt alen giữa các nguồn gen nghiên cứu được tổng hợp trong Bảng 3.4. 
Bảng 3.4 đã chỉ ra được sự khác biệt giữa các loài trong tâp đoàn nghiên cứu 
như có nhận ra loài chuối với alen C ở vị trí 996bp; alen A ở vị trí 1000bp nhận 
ra bưởi với alen C ở vị trí 1017bp và 1019bp; vải với alen G ở vị trí 1052bp, vị trí 
1155. Ngoài ra ở vị trí 1026bp, có thể nhận ra các giống nhãn Xuồng cơm Ráo - 
N26, Long Gia Sần - N14, Tiêu Da Me - N17, Bản Nguyên - N10 và nhãn Sài Gòn - 
N19 (T >G); ở vị trí 1338bp có thể nhận ra giống bưởi Thanh Trà và Da Xanh 
(C>T) ; ở vị trí 546bp và 551bp nhận ra giống chuối Tiêu Hồng (B2) và Trăm Nải 
(B4) (C >T). Như vậy, trong thực nghiệm này, với một đoạn trình tự gen matK có 
thể nhận biết được các loài bưởi, chuối, nhãn và vải nhưng muốn có kết luận chung, 
chính xác hơn thì cần phải có những nghiên cứu mở rộng và chuyên sâu hơn nữa. 
Một phần đoạn mã vạch này có thể được phát triển thành bộ mã vạch ADN rút gọn 
(mini barcode) để ứng dụng phân loại các loài cây trồng (tương tự với nghiên cứu 
của tác giả Zitong và cs (2019) khi sử dụng một đoạn trình tự nhỏ ADN để xác định 
các loài thảo dược). Đây cũng là một trong cách tiếp cận giúp nhận dạng sớm các 
loài cây trồng, có ý nghĩa trong công tác bảo tồn và chọn tạo giống cây trồng. Để 
hiểu rõ hơn, đề tài luận án đã tiến hành phân tích từng nhóm cây riêng biệt. 
3.3.1. Phân tích mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen matK của các giống 
bưởi đại diện 
 Phân tích trình tự vùng gen matK của các giống bưởi trong nhóm nhận thấy 
vùng gen matK các giống bưởi nghiên cứu có chiều dài biến thiên từ 649bp (G29 - 
Bưởi Xiêm Vang) đến 876bp (G2 - Thanh Trà). Các trình tự của đoạn gen matK gần 
như tương đồng hoàn toàn. Tuy nhiên, có sự khác biệt của 2 giống bưởi Thanh Trà - 
G2 và Da Xanh - G27 với cả tập đoàn nghiên cứu. Cả 2 nguồn gen này đều có đột 
biến ở vị trí 2bp tương đương với vị trí 1334bp (C>T) khi có trình tự tham chiếu 
là Oryza sativa - AY176644 (Hình 3.24). 
 Tiến hành BLAST các trình tự này với ngân hàng dữ liệu của NCBI, kết quả 
thu được: Mức độ tương đồng của trình tự đoạn gen matK giữa các loài trong chi 
Citrus có 78/1000 trình tự, biến thiên từ 9 ,5% đến 100%, còn giữa các loài bưởi 
89 
Citrus maxima có 11 trên 1000 trình tự, biến thiên trong khoảng rất nhỏ từ 99,8% 
đến 100% (phụ lục Hình 9). Tuy có 4 trình tự đạt tương đồng 100% so với G2 và 
G2 là LC4 18 8, JN3153 1, JN315358 và GQ434283 nhưng độ bao phủ không 
đạt 100%. Do vậy, đây là trình tự giúp phân biệt được hai giống bưởi Thanh Trà và 
Da Xanh của Việt Nam với các giống bưởi khác trong tập đoàn nghiên cứu và được 
đăng ký mã số trên NCBI (KR073222 và KR073223). 
Hình 3.24. Trình tự của mã vạch matK các giống bưởi nghiên cứu 
 Các trình tự của đoạn gen matK ở các giống bưởi và một số trình tự tham 
chiếu từ NCBI được sử dụng để phân tích tương quan di truyền giữa các giống 
trong tập đoàn nghiên cứu, bằng phương pháp lập sơ đồ hình cây NJ (Saitou và cs, 
1987), với giá trị bẫy lặp lại 1000 lần và nhóm ngoài là Oryza sativa - AY176644 - 
đại diện nhóm cây 1 lá mầm. Các trình tự tham chiếu trên thế giới được chọn với 
tiêu chí là các trình tự có tương đồng từ gần nhất đến xa nhất trong danh sách 
BLAST-hit bao gồm các trình tự C. Maxima - AB626794, C. Reticulata - 
JQ589068, C. Limon - JN315359.... Kết quả cho thấy cây phả hệ đã phân nhóm các 
trình tự thành 2 nhóm chính: cây 1 lá mầm và 2 lá mầm (Hình 3.25). 
Trong nhóm 2 lá mầm, ta có thể thấy các loài thuộc chi Citrus được xếp 
thành một nhóm lớn, tách biệt với chi Murraya - Rutaceae - (KY595107) và 
Trichilia - Meliaceae (JQ589644). Trong đó, giống bưởi Thanh Trà - G2 cùng giống 
bưởi Da Xanh - G27 đứng tách biệt và có khoảng cách với giống bưởi Phúc Trạch - 
G1, Đoan Hùng - G15, Lông Cổ Cò - G16, Bằng Luân - G20, Xiêm Ta - G22, Năm 
90 
Roi - G25 và Xiêm Vang - G29 là 0,002; với giống Phú Diễn - G3, Bưởi Đỏ - G4, 
Bưởi Ổi - G10, Luận Văn - G14, Thanh Da Láng - G28 và Đường Da Láng - G30 là 
0,003; các giống còn lại là 0,001 (phụ lục Bảng 16). Hai đột biến điểm của giống 
G2 - Thanh Trà và G27 - Da Xanh có thể là các biến dị do phân bố địa lý vì thế nó 
có ý nghĩa trong việc phân loại các giống bưởi đặc sản của Việt Nam. 
Hình 3.25. Cây phân loại dựa tr n đoạn gen matK của các giống bưởi nghiên cứu 
 So sánh với kết quả của tác giả Tshering và cs (2013), khi nghiên cứu 93 loài 
cam, quýt, chanh, bưởi... có giá trị cao, tác giả đã thu được cây phát sinh hình thái 
và phân chia chi Citrus thành 3 nhóm riêng biệt (nhóm Citron - cam chanh, nhóm 
Pummelo - bưởi và nhóm Mandarin - quýt). 
91 
Để cụ thể hơn, đề tài luận án đã tiến hành sử dụng một số trình tự trong 
nghiên cứu của tác giả Tshering làm giống tham chiếu (phụ lục Bảng 17); cùng mã 
vạch ADN dựa trên trình tự đoạn gen matK của một số giống bưởi đại diện để phân 
tích tương quan di truyền (sử dụng giống G2 - Thanh Trà, G27 - Da Xanh do 2 
giống này alen đặc trưng và 6 giống bất kỳ của trình tự còn lại); với nhóm ngoài là 
trình tự của loài Tripasia trifolia (Burm.F) P.Wilson (AB762386). 
Hình 3.26. Cây phân loại dựa tr n đoạn gen matK của các giống bưởi nghiên 
cứu đại diện và trình tự tham khảo trong chi Citrus 
Kết quả thu được tương tự như trong nghiên cứu của tác giả Tshering khi 
nhóm riêng biệt nhóm Chanh (Citron), nhóm Quýt (Mandarin) và nhóm Bưởi 
Nhóm ngoài 
Nhóm 
Pummelo 
Nhóm 
Mandarin 
Nhóm Citron 
92 
(Pummelo). Hai trình tự bưởi G2 - Thanh Trà và G27 - Da Xanh đứng riêng thành 
nhóm nhỏ. Các trình tự bưởi nghiên cứu còn lại cùng các trình tự bưởi tham khảo 
của tác giả Tshering (AB626794, AB762350, AB762351 và AB762348) không có 
sự sai khác về khoảng cách di truyền nên được xếp thành một nhóm tách biệt với 
các trình tự tham chiếu khác thuộc chi Citrus như Citrus tachibana, Citrus junos... 
(Hình 3.26) với khoảng cách di truyền từ 0,001 đến 0,013 (phụ lục Bảng 18). Như 
vậy, đoạn mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen matK đã phân biệt được đến chi 
Citrus. 
3.3.2. Phân tích mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen matK của các giống 
chuối đại diện 
Tiến hành phân tích riêng nhóm chuối, kết quả cho thấy trình tự 787bp 
nucleotit của các giống chuối nằm trong vùng cấu trúc gen của gen matK. Phân tích 
so sánh các trình tự đoạn gen matK thu được từ 8 giống chuối Việt Nam có 5 kiểu 
bộ nhiễm sắc thể lưỡng bội và đa bội khác nhau (AA, AAA, AAB, ABB, ABBB) 
với các trình tự đoạn gen matK thuộc chi Musa khác trên thế giới (M.textilis - 
FJ871632, M.accuminata CQ374838, M.balbisiana - CQ374860, M.lateria - 
KX 194 0) cho thấy: các trình tự của đoạn gen matK gần như hoàn toàn tương 
đồng (Hình 3.27). 
Hình 3.27. So sánh trình tự gen matK của các giống chuối nghiên cứu 
Tuy nhiên, có sự khác biệt của 2 giống chuối Tiêu Hồng (AAA) và Trăm Nải 
(AAB) với cả tập đoàn chuối nghiên cứu. Cả 2 giống chuối đều có 2 đột biến (C>T) 
93 
tại vị trí 496bp và 501bp (vị trí của gen matK, tham chiếu từ trình tự có số đăng ký 
NCBI HF677508.1) (Hình 3.27). Ngoài ra, giống chuối Tiêu Hồng - B2 có sự khác 
biệt so với các giống còn lại ở vị trí SNP 519bp (G>T), 659bp (T>C) và 825bp 
(G>A). Các vị trí này có thể giúp nhận biết giống chuối Tiêu Hồng - B2 với các 
giống chuối khác trong tập đoàn nghiên cứu này. 
Tiến hành BLAST các trình tự này với ngân hàng dữ liệu trình tự của NCBI, 
kết quả thu được: Mức độ tương đồng của trình tự đoạn gen matK giữa các loài 
chuối trong chi Musa có 133/1000 trình tự, biến thiên từ 9 % lên đến 100%, còn 
trong chi M. acuminata có 23/1000 trình tự, biến thiên từ 97,4% đến 100% (phụ lục 
Hình 10). Đột biến đồng hoán (C>T) tại vị trí 496 và 501 của đoạn trình tự ở cả 2 
giống chuối Tiêu Hồng - B2) và Trăm Nải - B4 khác biệt hoàn toàn với toàn bộ các 
đoạn trình tự trên ngân hàng gen, chỉ xuất hiện trên 2 giống chuối của Việt Nam. 
Tuy nhiên, phân tích cho thấy các đột biến này không đại diện cho các dạng phân 
nhóm có dạng nhiễm sắc thể cùng loại AAA và AAB nhưng có thể là các đột biến 
điểm tự nhiên. Vì vậy, chúng có ý nghĩa trong việc nhận biết giống chuối Tiêu 
Hồng và chuối Trăm Nải của nước ta. Hai trình tự này đã được đăng ký NCBI với 
số đăng ký lần lượt là KR073220 và KR073221. 
Tiến hành phân tích tương quan di truyền bằng phương pháp lập sơ đồ hình 
cây NJ (giá trị bẫy lặp lại 1000 lần) giữa các giống chuối trong tập đoàn nghiên cứu 
gồm 787 nucleotit và một số trình tự tham chiếu từ NCBI tương ứng đại diện cho 
các nhóm Musa, Ensete với nhóm ngoài là trình tự của Arabidopsis thaliana - 
AF144377 đại diện nhóm cây 2 lá mầm. 
Kết quả cho thấy cây phả hệ đã phân nhóm các trình tự thành 2 nhóm chính: 
cây 1 lá mầm và 2 lá mầm (Hình 3.28). Trong nhóm 1 lá mầm, trình tự cây lúa 
Oryza sativa - AY176644 được nhóm riêng tách biệt với các nhóm trình tự thuộc 
Bộ Zingiberales. Trong Bộ Zingiberales, các trình tự gen trong họ Musaceae được 
phân biệt rõ ràng với các họ Cannaceae (Canna indica - JQ587184), họ 
Marantaceae (Pleiostachya leiostachya voucher BioBot1219-a - JQ589981) và họ 
Zingiberaceae (Zingiberaceae sp. - JF825542). 
94 
Hình 3.28. Cây phân loại dựa tr n đoạn matK của các giống chuối nghiên cứu 
Trong họ Musaceae, trình tự các giống chuối nghiên cứu nhóm với các trình 
tự thuộc chi Musa thành 1 nhóm lớn (bao gồm M.acuminata, M.balbisiana, 
M.velutina...), tách biệt với 2 trình tự tham khảo trên thế giới thuộc chi Ensete 
(Ensete superbum - KJ506062) và Musella (Musella lasiocarpa - AF478909). Các 
giống chuối Tiêu Xanh - B3, Ngự Tiến - B5, chuối Voi - B6, chuối Hột - B9, chuối 
Tây Thanh Hóa - B10 và chuối Gáo - B11 nhóm với nhau thành 1 nhóm (do không 
có sự sai khác về mặt di truyền). Giống chuối Trăm Nải - B4 có khoảng cách di 
truyền với các giống khác là 0,005 và với giống Tiêu Hồng là 0,008. Giống chuối 
Tiêu Hồng - B2 có khoảng cách di truyền với các giống chuối còn lại trong tập đoàn 
nghiên cứu là 0,012. Tuy nhiên giống chuối Tiêu Hồng này lại cùng với M. 
95 
yunnanesis, M.balbisiana, M.acuminata và M.velutina thành một nhóm nhỏ với 
khoảng cách di truyền từ 0,005 - 0,01 (phụ lục Bảng 19). Do đó, kết quả phân nhóm 
dựa vào đoạn 787 nucleotit này cho thấy đoạn gen matK đã phân loại được đến chi 
Musa. Kết quả này tương tự với tác giả Saifuldeen và cs (2018) khi sử dụng mã 
vạch ADN dựa trên trình tự ITS khi nghiên cứu phân biệt 11 giống chuối. 
3.3.3. Phân tích mã vạch ADN dựa trên trình tự vùng gen matK của các giống 
nh n đại diện 
Phân tích trình tự các giống nhãn trong nhóm thu được kết quả như sau các 
trình tự nhãn nghiên cứu có chiều dài biến thiên từ 677bp (N10 - Bản Nguyên) đến 
829bp (N8 - Đoan Hùng). Tiến hành căn chỉnh và so sánh với trình tự của toàn bộ 
hệ gen lục lạp (BLAST với dữ liệu trình tự NCBI), kết quả cho thấy trình tự của các 
giống nhãn nằm trong vùng cấu trúc gen của gen matK. 
Hình 3.29. So sánh trình tự gen matK của các giống nhãn nghiên cứu 
Kết quả so sánh các trình tự đoạn gen matK thu được từ 20 mẫu nhãn cho 
thấy: các trình tự của đoạn gen matK gần như hoàn toàn tương đồng. Tuy nhiên, có 
sự khác biệt một alen của 9 giống với cả tập đoàn nhãn nghiên cứu tại vị trí 939bp 
T>G (vị trí của gen matK, tham chiếu từ trình tự có số đăng ký NCBI AY 2428 .1). 
9 giống có sự khác biệt là N10 - nhãn Bản Nguyên, N14 - Long Gia Sần, N16 - Tiêu 
96 
Vũng Tàu, N1 - Tiêu Da Me, N19 - Nhãn Sài Gòn, N22 - Cơm Vàng Bánh Xe, 
N26 - Xuồng Cơm Ráo, N28 - Long Tiêu và N29 - Xuồng Cơm Vàng Bà Rịa (Hình 
3.29). 
Tiến hành BLAST các trình tự này với ngân hàng dữ liệu trình tự NCBI, kết 
quả thu được như sau: Mức độ tương đồng của trình tự đoạn gen matK giữa các loài 
nhãn trong chi Dimocarpus có 36/1000 trình tự, biến thiên từ 99,5 lên đến 100% 
(phụ lục Hình 11). Đột biến dị hoán (T>G) tại vị trí 939bp của đoạn trình tự ở cả 9 
giống nhãn khác biệt hoàn toàn với toàn bộ các đoạn trình tự trên ngân hàng gen, 
chỉ xuất hiện trên 9 giống nhãn của Việt Nam đến thời điểm đăng ký. Các trình tự 
này có mã số trên NCBI lần lượt là KR073235, KR073239, KR073240, KR073241, 
KR073243, KR073245, KR073249, KR073251 và KR073252. 
Các trình tự của đoạn gen matK gồm các giống nhãn nghiên cứu và một số 
trình tự tham chiếu từ NCBI tương ứng đại diện cho chi Dimocarpus, Litchi họ 
Sapindaceae, bộ Sapindales được sử dụng để phân tích tương quan di truyền giữa 
các mẫu giống trong tập đoàn nghiên cứu, bằng phương pháp lập sơ đồ hình cây NJ 
(Saitou và Nei, 1987), với giá trị bẫy lặp lại 1000 lần và nhóm ngoài là trình tự của 
loài Oryza sativa - AY176644 đại diện nhóm cây 1 lá mầm. Các trình tự tham chiếu 
được chọn với tiêu chí là các trình tự có tương đồng từ gần nhất đến xa nhất trong 
danh sách BLAST-hit. Các trình tự này có phân loại Dimocarpus longan - 
JN407206, D.longan var echinatus - KY174151, Paullinia pinnata (Sapindoideae) 
- GU26380, Arytera - KM894441, Cupaniopsis - KM894879, Ungnadia 
(Sapindaceae) - AY724338 và Aphanmixis (Meliaceae) - KU159154 (Hình 3.30). 
Kết quả cho thấy cây phả hệ đã phân nhóm các trình tự thành 2 nhóm chính: 
cây 1 lá mầm và 2 lá mầm (Hình 3.30). Trong họ Sapindaceae, các trình tự của chi 
Dimocarpus longan được nhóm thành một nhóm lớn, phân biệt rõ ràng với chi 
Litchi, Arytera, Paullinia và Cupaniopsis. 9 trình tự nhãn (N10, N14, N16, N17, 
N19, N22, N26, N28 và N29) đứng tách biệt đứng tách biệt và có khoảng cách di 
truyền với các giống nhãn trong tập đoàn nghiên cứu là 0,001 (phụ lục Bảng 20). 
Các đột biến điểm của 9 giống nhãn có thể là các biến dị do phân bố địa lý vì thế nó 
có ý nghĩa trong việc nhận loại các giống nhãn đặc sản của Việt Nam. 
97 
Hình 3.30. Cây phân loại dựa tr n đoạn gen matK của các giống nhãn 
Để cụ thể hơn,